В обличительном письме А.И. Дубровина поднимался столь волновавший православных владык вопрос о патриаршестве. Обращаясь к митрополиту Антонию, вождь черносотенцев вопрошал: «Вы уверенно и надежно шествуете к Патриаршеству. Над каким же народом Вы будете Патриархом? Ведь создалось такое положение: народ шел к Вам, Вы от него; Вы идете к кадетам и всякого рода освободителям, а они от Вас. И кому же из святителей Русских вы захотели подражать? Святым Петру, Алексею, Ионе, Филиппу? Каким Патриархам Вы подражали: Гермогену, Филарету, Никону? Но Никон, хотя и из полумордовского рода, хотя и загнанный в ссылку и обиженный, не согласился все-таки пойти ни к бунтовщику Стеньке Разину, ни даже в Киев на святительство, ибо «не мыслил зла Царю Богоданному» (даже обидчику) и народу Русскому». Письмо вождя черной сотни завершалось требованием к митрополиту либо встать на сторону патриотов, либо покинуть свой пост: «Уступите свое место иному, могущему. Среди архипастырей русских найдутся, мы уверены, крепкие столпы Веры, патриотизма и преданности Царю Русскому, Самодержавному, народу святорусскому, Православному. Пусть такой первосвятитель не угоден будет евреям и еврействующим, пусть бешено опрокинутся на него либералы, кадеты, революционеры, пусть даже мученически прольется его кровь от руки злодеев-крамольников! Лилась же и льется на Руси кровь Русских невинных людей и многих верных слуг царевых. Мы окружим такого первосвятителя благоговейной преданностью, мы станем около него стеной, а по смерти сама могила его станет нам источником живой силы и вечного воодушевления».
Обращает на себя внимание, что письмо А.И. Дубровина содержало сведения о внутрицерковных делах, списанных из богословских диссертаций, интригах между синодалами, обстоятельствах назначения на кафедры и прочих подробностях, которые вряд ли могли быть известными мирянину. По свидетельству биографов Антония (Вадковского), митрополит Санкт-Петербургский прекрасно понимал, что А.И. Дубровин только поставил свою подпись под письмом, подготовленным гораздо более осведомленными лицами. По слухам, циркулировавшим в церковных кругах, обличение первоприсутствующего члена Синода исходило от архиепископа Антония (Храповицкого) и протоиерея Иоанна Восторгова.
Митрополит Антоний (Вадковский) писал обер-прокурору Синода П.П. Извольскому: «На гнусное письмо г. Дубровина отвечать не буду. Оно все почти лживо и тенденциозно». Однако перед обер-прокурором митрополит посчитал нужным оправдаться в возводимых на него обвинениях. Прежде всего он открестился от дружбы с графом С.Ю. Витте и поддержки Георгия Талона: «Его пустили руководителем в рабочие союзы не только без моего ведома, но и вопреки моему запрещению». Митрополит поведал обер-прокурору свою версию конфликта с делегацией Союза русского народа, ставшего поводом для открытого письма. Из его рассказа следовало, что он отказался совершить службу для черносотенцев и «счел необходимым заметить, что ими, очевидно, руководит не желание молиться, тогда и простой священнической службы было бы достаточно, — а тщеславие, — стремление выделить себя из других. При этом указал на их нетерпимость, употребление насилия и террора, разумеется газетную травлю достойнейших Архиепископов — Ярославского и Херсонского». Митрополит Антоний заключал: «Дубровину угодно приписать меня к левым. Это гнусная клевета. Никогда моих симпатий к ним не было и быть не может. Их стремления противны моему духу и моим убеждениям, как христианина и священника. За веру Православную, за Царя Самодержавного и за народ Русский православный я душу отдам, но не под знаменем таких людей, как Дубровин и ему подобных»650.
Борьба первоприсутствующего члена Святейшего синода с черносотенцами продолжалась до 1908 г. В феврале 1908 г. съезд председателей и уполномоченных отделов Союза русского народа с прискорбием констатировал, что духовенство не вступает в союз. Съезд просил Синод, «чтобы всему русскому православному духовенству преподано было от Святейшего синода открытое и официальное разрешение и благословение на безбоязненное служение в составе Союза русского народа»651. Капитуляция первоприсутствующего члена Синода была предрешена. На монархическом съезде в феврале 1908 г. произошло публичное примирение и лобызание митрополита Антония с А.И. Дубровиным. Трудно сказать, насколько искренним было примирение митрополита со своим обличителем, но уже в марте Синод определил предоставить епархиальным преосвященным, по ближайшему их усмотрению, разрешать и благословлять участие подведомственного им духовенства в деятельности Союза русского народа. В этот период почетными и действительными председателями отделов Союза являлись 2 митрополита, 9 архиепископов и епископов. Особенно широко было представлено духовенство в низших звеньях черной сотни.