В противоположность архиереям, поддерживавшим черносотенцев, наметилась группа православных владык, осуждавших деятельность крайне правых. Резкую отповедь получили черносотенцы от владимирского архиепископа Николая. Главным оппонентом крайне правых являлся первоприсутствующий член Святейшего синода митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (А. В. Вадковский). Он заявил черносотенцам: «Правым вашим партиям я не сочувствую и считаю вас террористами: террористы-левые бросают бомбы, а правые партии, вместо бомб, забрасывают камнями всех с ними несогласных». Отрицательное отношение к крайне правым со стороны первоприсутствующего члена Святейшего синода было особенно досадным, поскольку митрополит Антоний (Вадковский) являлся наиболее вероятным кандидатом на патриарший престол. В те годы в церковных кругах и в обществе широко обсуждалась мысль о восстановлении патриаршества, упраздненного при Петре Великом.
Черносотенцы также высказывались за восстановление патриаршеской власти. Но Николай II после долгах колебаний решил отложить созыв собора и избрание патриарха, сочтя эту мысль несвоевременной. Дело ограничилось предсоборными присутствиями и совещаниями. Черносотенцы также изменили свою точку зрения и заговорили о патриаршестве скептически: «Еще большой вопрос, можно ли ожидать от него блага для православной церкви»646. Одной из причин было опасение, что на патриарший престол вступит митрополит Антоний (Вадковский) или другой архиерей, близкий к нему по взглядам.
Осенью 1906 г. черносотенная пресса развернула кампанию по дискредитации ряда влиятельных архиереев Газета «Вече» напечатала статью-донос «Святительская измена», подписанную анонимным «патриотом», в которой архиереи обвинялись в пособничестве революционерам и прочим изменникам647. Но главный удар был направлен против первоприсутствующего члена Святейшего синода. В декабре 1906 г. председатель Главного совета Союза русского народа А.И. Дубровин опубликовал в газете «Русское знамя» открытое письмо митрополиту Антонию (Вадковскому)648. Поводом для письма стал отказ митрополита совершить богослужение в Главном совете Союза русского народа: «Мы ждали и жаждали первосвятительского благословения. Для людей нашего духовного склада ведь это так понятно, как, наоборот, совершенно непонятно представителям наших либеральных партий, которые, под видом и предлогом веротерпимости и свободы совести, давно стали свободны и от Веры и от совести. Оказалось, к удивлению, все Ваши симпатии тяготеют к последним». Вождь черной сотни обрушился на «формально-бездушный» отказ митрополита, мотивированный тем, что духовенство должно оставаться вне политики: «...не умываете ли Вы руки подобно Пилату? И водою ли? Не кровью ли Русского народа?! Можно ли, в самом деле, при переживаемых обстоятельствах стоять «вне и выше политики»?!»
АИ. Дубровин обвинял митрополита Антония в союзе с графом С.Ю. Витте и потворстве «рясофорным крамольникам» в лице священника Георгия Гапона, устроившего шествие к Зимнему дворцу, и священника Григория Петрова, депутата Думы и члена кадетской фракции. Лидер Союза русского народа бросил митрополиту самое страшное для черносотенцев обвинение в покровительстве евреям: «В Вашей Петербуржской Духовной Академии возрос и был профессором еврей, и архимандрит Михаил, открытый социалист. Вы его держали, когда вся верующая Россия возмущалась его еврейскими брошюрками, растлевавшими Православие». И наоборот, по мнению автора открытого письма, первоприсутствующий член Синода неистово преследовал мужественных пастырей, осуждавших крамольников. Например, по указке князя АД Оболенского, занимавшего пост обер-прокурора Синода в кабинете С.Ю. Витте, «постыдно передал на общецерковное глумление доблестного Московского митрополита». АИ. Дубровин имел в виду порицание, которое Синод вынес митрополиту Московскому Владимиру (Богоявленскому) за произнесение взбудоражившего столичное духовенство слова в Успенском соборе. «Один ли митрополит Московский пострадал? — вопрошал АИ. Дубровин и сам отвечал на свой риторический вопрос: — ГНали и гонят всякое духовное лицо, если оно выступит откры то за патриотическое дело. Услали в Соловки игумена Арсения; изгнали из Москвы епископа Никона; изгнали из Ярославля отца Илиодора».
Председатель Союза русского народа обвинял митрополита Петербургского в кощунстве: «Вы опозорили торжество открытия мощей Преподобного Серафима, предав гласности, на соблазн верующим, тайный по существу протокол осмотра останков Святого, как будто это был обычный полицейский протокол осмотра могилы». Следует подробнее остановиться на этом обвинении, так как решение о канонизации Серафима Саровского привело к разногласиям между высшими церковными иерархами. Инициаторами канонизации стали духовные лица, позже известные как сторонники черной сотни. Среди них был архимандрит Серафим (Чичагов), член Русского Собрания и почетный член Аккерманского отдела Союза русского народа.
