Несмотря на явные преимущества турбореактивных силовых установок, руководство люфтваффе не торопилось отказываться от идеи использования боевых машин с ракетными двигателями. Не в последнюю очередь исследования в этой области были связаны с именем выдающегося немецкого инженера, доктора Александра Липпиша, внесшего весомый вклад в теорию аэродинамики.
В 1928 году Липпиш впервые в истории произвел эксперимент по созданию летательного аппарата с реактивной тягой. Произошло это благодаря знакомству с владельцем пиротехнической компании «H.G. Cordes» Фридриха Зандера и основателя «Немецкого общества космоплавания», фаната ракет Макса Вальера. Необычные планеры конструкции Липпиша привлекли внимание Зандера и Вальера, в рекламных целях проводивших опыты с установкой ракет на автомобили фирмы «Опель». Ими завладела идея установить ракетный движитель вместо автомобиля на летательный аппарат. 11 июня 1928 года созданный Липпишем планер «Энте» (нем. Ente – «Утка»), название которого соответствовало его схеме, пролетел 1500 метров, используя тягу двух закрепленных на нем твердотопливых ракет.
Новый стимул работа над ракетным самолетом получила после создания реактивного двигателя Гельмута Вальтера. Хотя первый поднявшийся в воздух с использованием этого двигателя самолет He.176 не произвел особого впечатления на руководство Министерства авиации, глава исследовательского отдела министерства доктор Боймкер и его заместитель доктор Лоренц предложили совместить преимущества ЖРД с особенностями «бесхвостки». Так был дан старт работе над «проектом Х», к которой под руководством Липпиша приступила в 1937 году группа сотрудников Немецкого института планеризма (нем. Deutsche Forschungsanstalt für Segelflug – DFS). За основу был взят сперва созданный чуть ранее экспериментальный самолет «Delta» IVc (DFS.39), а затем претерпевший некоторые изменения опытный самолет, получивший рабочее наименование DFS.194.
Постройку планера будущей машины поручили компании «Хейнкель». Однако по ряду причин сроки исполнения работ затянулись до такой степени, что возмущенный Липпиш отказался от услуг Хейнкеля и перевел свое бюро к Мессершмитту, что впоследствии определило и индекс, которое получил самолет – сперва Me.194, а позже, уже окончательно – Me.163.
Обнадеживающие результаты дали уже продувки макета в аэродинамической трубе и полеты прототипа – вначале без мотора на буксире, а затем с поршневым двигателем, установленным в ожидании все еще дорабатываемого ЖРД. Летом 1940 года машина была доставлена в исследовательский центр Пенемюнде-Карлсхаген, где проводились основные работы, связанные с ракетной техникой Третьего рейха. Тут опытный DFS.194 совершил летом 1941 года свой первый полет на реактивной тяге, показав скорость 550 км/ч и вполне приличные летные качества.
Как свидетельствуют некоторые источники, впоследствии Липпиш утверждал, что самолет создавался как переходный экспериментальный образец, не предназначенный для боевого применения. Этим, в частности, объясняли и отсутствие у машины привычного шасси – для взлета использовалась сбрасываемая тележка, а посадка осуществлялась на специальную выдвигаемую лыжу (хотя и впоследствии подобная схема предусматривалась большинством проектов самолетов с ЖРД). Однако руководство RLM настояло на своем, и опытный самолет превратился в ракетный перехватчик.
Самолет имел фюзеляж длиной 5,8 м, изготовленный преимущественно из дюраля, с использованием стали – в частности, в подверженной воздействию высоких температур хвостовой части. Носовую часть защищал 15-мм бронированный конус. Защитой негерметизированной кабины пилота служили три бронеплиты толщиной 8 мм и 13 мм и 90-мм бронестекло. Деревянное крыло имело стреловидность от 26° до 31° – как оказалось позднее, Липпиш интуитивно избрал оптимальную форму крыла для полета на максимальных дозвуковых скоростях.
Двигатель Walter RI-203 относился к двигателям так называемого «холодного типа», принцип работы которого основывался на разложении топлива с помощью катализатора, сопровождающимся выделением тепловой энергии. Нужно сказать, что подобная технология являлась достаточно небезопасной – упоминается случай, когда вытекшее из лопнувшего при неудачной посадке бака топливо буквально растворило находящегося в кабине летчика, а взрывы и пожары и вовсе не были редкостью, как при выполнении опытных полетов, так и при эксплуатации серийных машин.
Уже в первых полетах самолет превысил скорость 800 км/ч, побив существующий рекорд, а 2 октября 1941 года поднятый буксировщиком на высоту около 4000 м прототип достиг скорости более 1000 км/ч.
В декабре 1941 года началась постройка предсерийных самолетов типа Me.163В, усовершенствованного варианта, предназначавшегося уже для боевого применения, оснащаемого двигателем R-II-211 (HWK 109–509), и вооружением, состоявшим из пары 20-мм пушек МG 151/20 (позже их сменили две МК 108 калибром 30 мм).