Самая кровавая часть сражения произошла во время преследования беглецов. Английские и гасконские всадники преследовали разбитых испанцев бежавших на запад, уничтожая испанскую пехоту на своем пути. Тысячи запаниковавших солдат достигли берегов реки Нахерилья, которая превратилась в бурный поток из-за дождя и таяния снегов. Путь к отступлению был для них отрезан отрезан, и многие были там убиты. Другие собрались на подступах к единственному мосту через реку, у деревни Нахера; в начавшейся давке сотни людей упали в воду, другие сами бросились в нее, погибая от утопления или переохлаждения, в то время как стрелы дождем сыпались на тех, кто пытался выйти на берег. Великие магистры орденов Калатрава и Сантьяго с несколькими сотнями человек укрылись в домах и узких улочках Нахеры, где продолжалась резня; магистр Калатравы был пойман в подвале, магистр Сантьяго — в тупике.
Несоразмерность потерь сторон ошеломляет, но подтверждается по меньшей мере пятнадцатью различными хрониками, независимо от того, на чьей стороне они находятся: около пятнадцати тысяч погибших на одной стороне, по сравнению с примерно сотней на другой;
Что касается пленных, то их насчитывалось почти две тысячи, в том числе около двухсот французов. Самыми важными были брат, сын и племянник Энрике, два епископа, Великие магистры Калатравы и Сантьяго, Великий приор госпитальеров, Великий камергер короля, графы Дения и Кастанеда, маршал Одрегем и, конечно же, Дю Геклен. Последний был слишком большим призом для сэра Томаса Чейни, который продал его Черному принцу за 1.483 ливра, 6 су, 6 денье.
С точки зрения Педро Жестокого Дю Геклен был главной причиной его бедствий. Поэтому он хотел избавиться от него. В конце сражения он попытался убить его нанеся смертельный удар, но Бертран уклонился в сторону и вывел кастильца из равновесия, который этого не ожидал. Затем Педро попросил Черного принца отдать пленника ему, на что получил достойный отказ. Только теперь рыцарственный Эдуард увидел истинное лицо Педро Жестокого, хотя ранее друзья напрасно советовали ему не доверять кастильцу. С отвращением принц узнал, что Педро бродил по полю боя, добивая раненых, расправляясь с предавшими его кастильскими дворянами, он даже брал пленных из рук англичан, чтобы убить их, как, например, рыцаря Иниго Лопеса де Ороско. Когда он попросил Эдуарда выдать всех кастильских пленников, тот согласился только при условии, что Педро оставит в живых тех, кто попросит прощения. Скрывая свое разочарование, Педро согласился, но сделал исключение для великого камергера Гомеса Карильо, которому он перерезал горло на глазах у англичан. Великого магистра ордена Сантьяго постигла та же участь. Черный принц победил, но теперь он сильно сомневался, что выступил на той стороне.
Эдуард должен был свести счеты с Арнулем д'Одрегемом, но сделает это в духе рыцарства. Арнуль, захваченный в плен при Пуатье, был освобожден в 1360 году при условии, что он не возьмет в руки оружие против Черного принца, пока за него не будет уплачен выкуп. Однако часть долга все еще не была выплачена. Эдуард обвинил Арнуля в том, что тот нарушил рыцарскую клятву. Старый маршал, который по-прежнему хорошо сражался, несмотря на свои шестьдесят семь лет, защищал себя перед почетным судом, состоявшим из четырех англичан, четырех гасконцев и четырех бретонцев. Его защита строилась на том, что при Нахере, принц Уэльский был всего лишь союзником Педро Жестокого, поэтому Одрегем сражался именно против последнего. Присяжные решили дело в его пользу, и Эдуард охотно согласился.
