Политическая обстановка заставила Артаксеркса и его преемников радикально изменить свою дипломатию и натравливать одни греческие государства на другие, прибегая при этом к подкупу. Но это не помогло остановить дальнейшее ослабление империи. В конце V в. до н. э. в Малой Азии, Мидии и Египте почти непрерывно вспыхивали восстания против центрального правительства. К тому же сатрапы Малой Азии постоянно враждовали между собой и нередко выступали даже против царя. В первой половине IV в. до н. э. от державы отпали страны Малой Азии — Кария, Лидия и Киликия. В 359 г. на престол вступил Артаксеркс III, который стремился возродить былое величие империи. Но прежде всего он истребил всех своих братьев для предотвращения дворцовых переворотов и лишь после этого занялся государственными делами. В 342 г. ему удалось подавить восстание в Египте, который за несколько десятилетий до этого стал независимым государством. В 336 г. до н. э. Артаксеркс пал жертвой дворцовых интриг. На престол взошел Дарий III, которому предстояло вступить в войну против Александра Македонского. Эта война началась весной 334 г. до н. э. Первая же битва у устья р. Граник на берегу Геллеспонта летом того же года была проиграна персами. После этого армия Александра захватила греческие города Малой Азии. Следующее крупное сражение состоялось у г. Исс на границе Киликии с Сирией, в котором победа также досталась македонянам. Отклонив просьбу Дария о мире, осенью 332 г. Александр захватил Египет, а затем вернулся в Сирию. 1 октября 331 г. до н. э. близ г. Арбелы у д. Гавгамелы в Северной Месопотамии произошла решающая битва. Дарий еще до ее окончания счел, что она уже проиграна и бежал в Восточный Иран, где был убит своими сановниками. Персидская держава перестала существовать, и вся ее территория досталась Александру Македонскому.
Первые три десятилетия истории Персидской державы прошли в бесконечных войнах и завоевательных походах, в результате чего возникла настоятельная необходимость упорядочения государственного аппарата и создания устойчивой административной и налоговой систем.
Эти задачи в основном были осуществлены в период царствования Дария I. Перед ним стояло много сложных задач, поскольку в Персидской державе существовали самые разнообразные экономические и политические структуры, и для империи в целом был характерен симбиоз тысячелетних и вновь создаваемых социальных институтов. Наряду с областями Малой Азии, Элама, Месопотамии, Сирии, Финикии и Египта с их многовековыми государственными и политическими институтами и культурными традициями, в империю входило также много народов, которые стояли на уровне первобытнообщинных отношений или где лишь начиналось формирование государственных механизмов. Кроме того, наряду со странами с ярко выраженным монархическим строем (например, финикийские города или Киликия) имелись и регионы с демократическим строем (например, полисы в Малой Азии).
Дарий разделил государство на двадцать административно-податных округов (позднее их количество менялось), которые назывались сатрапиями. Каждая сатрапия в основном сохраняла свои социальные институты, внутреннюю структуру, а также местные законы и традиции. В ряде случаев их границы совпадали с территориями стран, которые ранее были самостоятельными государствами (например, Египет).
Округа возглавлялись сатрапами (букв, «хранитель царства»), и в большинстве случаев эту должность занимали персы и мидийцы. Если до реформ Дария I гражданские и военные функции находились в руках одних и тех же лиц, то при Дарии и после него сатрапы в основном занимались управленческими делами в своих областях, а также осуществляли судебную власть и сбор податей. Что же касается военных контингентов, теперь они передавались в распоряжение независимых от сатрапов военачальников, которые подчинялись непосредственно царю. Однако при преемниках Дария такое разграничение военных и гражданских функций часто не соблюдались строго. При этом некоторые области (например, Кипр, финикийские города и Киликия) пользовались автономией во внутренних делах, и управление ими оставалось в руках местных царьков.
В столице державы Сузах был создан центральный государственный аппарат с царской канцелярией. В столицах сатрапий и других крупных городах также имелись государственные канцелярии со значительным штатом писцов. Сатрапы и военачальники находились под бдительным оком царя и его советников, особенно чиновников тайной полиции («уши и око царя»). Высший контроль над всем чиновничьим аппаратом осуществлял «тысяченачальник» (греки называли его «хилиархом»), который одновременно был начальником и личной гвардии царя.