В 1905 году Рутенберг встречался с Бурцевым на партийных совещаниях, но общего дела у них не было. Сейчас он как раз расследовал и раскрыл провокатора Азефа, получая информацию и помощь бывших сотрудников царского сыска Леонида Меньщикова и Михаила Бакая и даже бывшего директора Департамента полиции, действительного статского советника Алексея Александровича Лопухина. Он жил в Париже, где возобновил издание своего журнала «Былое». Ольга Николаевна дома Бурцева не застала и заявление не передала, о чём сразу же сообщила мужу телеграммой. Рутенберг узнал из газет, что Владимир Львович вернулся, взял на работе неделю отпуска и сам отправился в Париж. Он хотел повидаться с ним лично, передать ему весь материал и попросить взять на себя ведение всех дел и переговоров. Увы, Бурцева опять не застал: он уехал по каким-то делам. Тогда он решил обратиться к Герману Лопатину, революционеру и литератору, с которым познакомился в Италии, но и его тоже не застал в Париже.
Но случай представился: на следующий день должно было состояться заседание ЦК. Появление Рутенберга вызвало некоторое удивление среди членов ЦК. Они подходили и здоровались с ним, но он чувствовал их неловкость и напряжение.
— Марк Андреевич, я хотел бы выступить, — обратился он к Натансону.
— До меня дошли слухи, что ты намерен всё-таки публиковать свои материалы.
— Да, но только после согласования текста с ЦК, — ответил Рутенберг.
— Конечно, я предоставлю тебе слово, — после некоторого раздумья сказал Натансон. — Только учти, что партия находится сейчас после разоблачения Азефа в тяжёлом кризисе.
— Я это знаю и хочу миром закрыть вопрос о Гапоне.
Рутенберг сел возле Савинкова. После выступления Владимира Михайловича Зензинова ему предоставили слово.
— В прошлом я несколько раз обращался к ЦК по делу о ликвидации Гапона, но не получал от него ожидаемого отношения. Я понимаю, что этому препятствовал Азеф. Теперь же, после его разоблачения, ситуация прояснилась. Поэтому из уважения к переживаемому партией несчастью и партийной дисциплине довожу до сведения ЦК, что я намерен опубликовать заявление, и прошу дать свои замечания и дополнения сегодня.
— Хорошо, Василий Фёдорович, — произнёс Натансон. — Текст у нас. Мы ещё раз его рассмотрим. Я предлагаю уполномочить Чернова и Савинкова выполнить совместную проработку текста заявления.
Его предложение приняли единогласно. После заседания, когда все разошлись, Виктор Михайлович и Борис Викторович сели за работу. Они внесли в текст ряд изменений, с которыми Рутенберг согласился.
— Мы сделаем перевод и опубликуем заявление во французских газетах, — заверил его Чернов.
— Спасибо, Виктор Михайлович. Спасибо, Борис, — с удовлетворением произнёс Рутенберг. — Сегодня я должен вернуться в Геную. Надеюсь, скоро мы забудем это дело.
Прошла неделя, в течение которой он следил за прессой, но его заявление в газетах так и не появилось. Рутенберг снова послал письмо в ЦК. «Если во вторник в утренних газетах не появится моё заявление, — написал он, — я в тот же день сам сдам его в печать». Во вторник вечером пришла телеграмма из газеты «L'Humanité»— его сообщение находится у них в редакции. А в письме представителя ЦК, последовавшем за телеграммой, его ошарашили, переслав ему текст дополнения ЦК. Он был совершенно другим. Написанное Черновым ЦК посчитал неприемлемым.
Это письмо, в котором ЦК вновь не желал взять на себя ответственность за совершённую по его указанию ликвидацию Гапона и продолжал вести себя бесчеловечно и жестоко по отношению к нему, стало причиной окончательного разрыва отношений с ЦК партии эсеров. Рутенберг почувствовал себя, наконец, свободным и от этой продолжающейся годы зависимости. Он послал заявление в редакцию газеты «Знамя труда» с указанием опубликовать. В феврале оно было напечатано.
Получив ответ ЦК, Рутенберг вновь написал Савинкову, которого продолжал считать верным товарищем. Он признался ему, что решил опубликовать рукопись у Бурцева. Савинков попытался его отговорить от этого, но Рутенберг был непреклонен. Он написал Бурцеву о своём намерении и разрыве с руководством партии. Передать Владимиру Львовичу рукопись он попросил жену Ольгу Николаевну.
Бурцев немедленно дал согласие. Его готовность основывалась на желании ответить за обиды, недоверие и разочарование, накопившиеся к ЦК в период его тяжбы по делу Азефа. Даже после разоблачения провокатора и признания правоты Бурцева, некоторые члены ЦК продолжали находиться в оппозиции к нему и не поддерживали его деятельность.
