Каждая проверка предприятия комиссиями, особенно после аварий, начиналась с выяснения наличия всех этих удостоверений и срока их годности. Только через два года после создания РАО удалось вновь возродить эту систему переподготовки персонала, хотя и с серьёзными недостатками. В годы правления Чубайса она была похерена из-за отсутствия в руководстве специалистов. Поэтому, например, трудно сказать, на каком основании принимал в эксплуатацию последние агрегаты Саяно-Шушенской ГЭС и тем более всю электростанцию как председатель рабочей комиссии А. Дьяков – экс-президент РАО. И в акте об этом не говорится. Диссертацию он защищал по плавке гололёда на ЛЭП, в глубоких знатоках гидросооружений не числился, как в это время и в руководителях холдинга. Разве что, как он писал в своей книге, состоял в дружеских (?) отношениях с его главой. То есть, опять та же презренная коррупция.
Не назвала комиссия и наличие необходимой квалификации самого хозяина энергетики. Хотя, как говорилось в первой части книги, в её наличии заподозрить его было крайне сложно. Его знания были стерильно чисты перед корифеями этой науки. Поэтому, если правительство в нарушение всех правил и законов официально назначило неуча председателем приёмной комиссии ГЭС, то оно должно нести за происшедшую трагедию уголовную ответственность. И непонятно, почему этот вывод не прозвучал в протоколе парламентской комиссии как суровое предупреждение подобному головотяпству в будущем.
Для вынесения точного диагноза трагедии, и других её причин очень важно определить хронологию основных событий. В изложении Комиссии она выглядит так. 17 августа 2009 года гидроагрегат (ГА) № 2 работал под нагрузкой, ротор вращался с номинальной частотой. Согласно выводам комиссии, начало аварии связано со срабатыванием пожарной сигнализации на Братской ГЭС, которая объединена в единую энергосистему с Саяно-Шушенской. В результате загорания в цепях управления какое-то время между ними отсутствовала связь. СШГЭС перешла автоматически в режим регулирования частоты в этой минисистеме, и взяла на себя максимум нагрузки, к которой не была готова. В том числе и второй гидроагрегат, имевший аварийную вибрацию после некачественно выполненного ремонта несколько месяцев назад, из резервного состояния был переведён в рабочее, и начал участвовать в регулировании режима в энергосистеме.
Проявленная несогласованность в действиях энергетиков на станции и «Системного оператора» стала одной из главных причин трагедии. Существенным фактором являлось здесь одно из принятых направлений реформирования отрасли, которая законодательно разорвала прежде единый организм в виде эксплуатационной части территориальной энергосистемы и её диспетчерской службы. Это наглядно продемонстрировала и вскрытая комиссией хроническая неинформированность «Системного оператора» о фактическом состоянии оборудования. Формальное отношение между ними, основанное на подаче заявки «гидроагрегат в ремонте», служит основанием для введения малообоснованных режимов регулирования, воплощающихся в ручно-автоматических манипуляциях дежурного персонала, однако мало что подсказывает диспетчеру в его действиях. В свою очередь руководители СШГЭС знали, что подобные нагрузки критичны для агрегатов ГЭС, но не поставили остро вопрос об этом перед диспетчерами, которые отдали приказ об увеличении загрузки электростанции. Замдиректора ОАО «Института микроэкономики» А. Кузовкин считает, что именно этот случай стал главной причиной аварии. В то же время он явился, как уже сказано, результатом одного из существенных фактов ухудшения эксплуатации в электроэнергетике при её реструктуризации и точной копией ситуации в Москве в 2005 году, когда «из-за несогласованности диспетчерских служб и самих энергетиков город и несколько областей осталось на длительное время без электричества после пожара на подстанции «Чагино». Чтобы выгородить Чубайса, комиссия, расследовшая катастрофу, сделала вид, что не заметила этот тяжёлый порок реформы. Теперь за этот их спасательный круг реформатору остались без помощи и утонули 74 работника ГЭС.
Кстати, обстоятельством, способствовавшим развитию аварии и также связанным с послереформенным отсутствием тесного взаимодействия диспетчеров со станционниками, стали неплановые перетоки мощности (более 1000 МВт) в нарушение действующих соглашений между ЕЭС Казахстана и ЕЭС России, приводящие к значительным увеличениям объёмов регулирования СШГЭС.