Было отмечено, что подходы к проектированию водохранилищ ГЭС в СССР и России условно разделяются на три периода: до 1976 г.; 1976–1992 гг.; с 1992 г. по настоящее время. До 1976 г. проектирование и реализация мероприятий по подготовке территорий водохранилищ осуществлялись на основании ведомственных инструкций подразделений Минэнерго СССР и регламентировались Постановлениями Совмина СССР и Госстроя СССР по каждому конкретному гидроузлу, методическими указаниями Минфина СССР, регулирующими вопросы компенсации убытков объектам народного хозяйства, сельхозпроизводителям и др.
В 1976 г. Постановлением Совмина СССР было утверждено «Положение о порядке проведения мероприятий по подготовке зон затопления водохранилищ в связи со строительством гидроэлектростанций и водохранилищ», которое конкретизировало условия реализации мероприятий, законодательно подтвердило ряд льгот, учитывающих масштабы работ и их государственное значение. С учетом этого Положения в институте «Гидропроект» были разработаны «Временные нормы по проектированию водохранилищ», которые были обязательны к исполнению во всех отделениях института.
С 1992 г. в Российской Федерации стала складываться новая система законодательства с использованием ранее принятых нормативов и упомянутого Положения. При этом принятые законодательные документы, и, в их развитие, подзаконные акты, все больше входят в противоречие действующим документам. В связи с этим возникла необходимость выполнить анализ состояния нормативно-правовой базы по проектированию, строительству и эксплуатации водохранилищ и в сжатые сроки привести её в соответствие с имеющимися нормами. Например, существуют проблемы с проведением договорных работ согласно Федеральному закону от 21.07.05 № 94-ФЗ “О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд”. Оказание услуг стало возможно без предварительного запрашивания у подрядчика его технического состояния и кадровой оснащенности. Данная ситуация вполне может приводить к выполнению работ неквалифицированным персоналом или с использованием неисправного технического оборудования.
Комиссия отметила нарушения в части подготовки ложа водохранилищ. Так, в соответствии с «Санитарными правилами проектирования, строительства и эксплуатации водохранилищ» лесоочистка обязательна на всей затапливаемой территории. Однако на Саяно-Шушенской ГЭС выполнение работ было заранее запланировано не в полном объеме, что и привело к существующим там проблемам. В декабре 2010 года планируется пуск первых трех агрегатов Богучанской ГЭС. Наполнение водохранилища до отметки 185 м, необходимой для пуска агрегатов, как отмечала комиссия, начнется в сентябре – октябре 2010 года. Однако по состоянию на 01.10.2009 лесоочистка произведена на площади всего 4,2 тыс. га, тогда как общая площадь, покрытая древесной и кустарниковой растительностью и подлежащая затоплению, составляет 126,5 тыс. га. В случае невыполнения в полном объеме работ по лесосводке и лесоочистке, при затоплении ложа водохранилища может оказаться затопленной на корню древесно-кустарниковая растительность с общим запасом более 8 млн. куб. м., что в 3,5 раза больше, чем в ложе водохранилища Саяно-Шушенской ГЭС. Соответственно будет и больше проблем.
Много претензий вызывает волновая и оползневая переработка берегов водохранилищ. Колебание уровней воды водохранилищ сезонного и многолетнего регулирования стока активизирует процессы абразивной переработки береговых склонов, способствует захламлению и загрязнению акватории водохранилищ упавшими деревьями, кустарниками, а также значительными объемами взвешенных частиц и глинистых осадков, что ведет к образованию мелководий, уменьшению объема призмы регулирования, ухудшению качества водных ресурсов. Крайне остро вопросы сокращения полезного объёма водохранилищ, переработки берегов и ухудшения качества воды стоят для реки Волга. Это требует оценки масштаба накопленных негативных явлений, а также выполнения работ по минимизации вредного воздействия вод, в том числе путем строительства берегоукрепительных сооружений капитального характера в переделах городов и поселений.
Серьёзные трудности возникают в связи с нерегулируемой застройкой нижнего бьефа водохранилищ. Вовлечение в хозяйственный оборот и активная застройка расположенных там территорий, затопляемых в период пропуска половодья и паводков, приняли массовый характер, что приводит к нарушению проектных режимов пропуска паводков через гидроузлы водохранилищ, ограничению их регулирующих возможностей. Особенно остро эта проблема стоит для водохранилищ Волжско-Камского каскада, когда даже при соблюдении установленных Правил использования водных ресурсов соответствующих водохранилищ происходит подтопление объектов экономики и транспортной инфраструктуры, выстроенной в нижнем бьефе, к тому же значительно снижается эффективность использования их регулирующих мощностей.