В ходе анализа состояния Саяно-Шушенского водохранилища выявлен ряд хронически накапливающихся недостатков системного характера, касающихся вопросов проектирования, строительства и эксплуатации водохранилищ. Так, в связи с длительными и неоднократными структурными и имущественными преобразованиями в энергетике и в водохозяйственном комплексе страны, резким спадом объемов бюджетного финансирования водного хозяйства и одновременным возложением на него ответственности и финансовых обязанностей по содержанию, эксплуатации и очистке водохранилищ ГЭС, ранее осуществлявшихся с участием эксплуатирующих предприятий гидроэнергетики, к началу 2000-х годов обострились проблемы состояния таких водных объектов, а принимаемые с 2004 года Министерством природных ресурсов и экологии и Федеральным агентством водных ресурсов меры пока ещё недостаточны и нуждаются в более длительных сроках и финансовой поддержке.
Обостряется проблема обновления и приведения в соответствие с законодательством, в том числе и в природоохранной сфере, старой нормативно-правовой базы, действующей с 60-х – 70-х годов в области проектирования, подготовки и эксплуатации водохранилищ ГЭС. В результате проблемы Саяно-Шушенского водохранилища, связанные с затопленной древесиной, будут повторены на подготавливаемом к заводнению водохранилище Богучанской ГЭС, но в значительно больших масштабах.
За многолетний период эксплуатации водохранилищ крупных ГЭС значительно ухудшилось их состояние и сокращен полезный объём в результате переработки береговых склонов, захламления, заиления, загрязнения дна. Приведение в режим безопасной эксплуатации Саяно-Шушенского водохранилища, комплексное обследование и изучение его берегов, обследование состояния водохранилищ других крупных ГЭС нуждается не только в обновлении и принятии новых нормативно-правовых актов, но и в значительном усилении служб наблюдения, контроля и эксплуатации, подчинённых Росводресурсам и Росгидромету и их техническом перевооружении. Необходимо восстановить часть обязанностей и ответственности организаций, эксплуатирующих ГЭС, за состоянием водохранилищ в соответствии с Водным кодексом Российской Федерации и Федеральным законом «О безопасности гидротехнических сооружений».
В итоге Комиссия рекомендовала Правительству РФ организовать работу по пересмотру, обновлению и приведению в соответствие с действующим законодательством подзаконных нормативно-правовых актов, регулирующих вопросы проектирования, подготовки, эксплуатации и охраны водохранилищ ГЭС. В то же время она отметила, что, несмотря на актуальность указанных работ по подготовке и приведению в порядок лож водохранилищ, наметился серьёзный дефицит финансирования. В частности, не решены эти вопросы с утилизацией плавающей и затонувшей древесины, хотя, как показало изучение, реальные источники для этого есть. В частности, Саяно-Шушенской ГЭС в 2008 году внесено в бюджетную систему 69,6 млн. руб. водного налога и 199,1 млн. руб. платы по договорам водопользования. Кроме того, депутаты сочли необходимым поставить перед Росводресурсами задачу комплексного обследования состояния всех крупных водохранилищ ГЭС, оказать ведомству поддержку в техническом перевооружении и укреплении кадрового состава управлений по эксплуатации водохранилищ. В связи с этим было бы целесообразно предусмотреть восстановление объемов финансирования до уровня 2009 года и целевым назначением выделить средства на очистку водохранилища Саяно-Шушенской ГЭС и осуществлять его до полного завершения указанного выше Проекта.
Сделаны выводы по ряду других проблем. Например, о том, что после аварии на Саяно-Шушенской ГЭС в результате принятых мер МЧС России, Росводресурсами, правительством Республики Хакасия и РусГидро оперативно ликвидирован очаг экологического загрязнения воды и берегов Майнского водохранилища. Минприроды и Росводресурсами организована текущая работа по установлению безопасных режимов наполнения и сработки Саяно-Шушенского водохранилища с целью безаварийной его эксплуатации в непроектном режиме.
Очень серьёзное внимание обращено на тот факт, что имеются противоречивые мнения о состоянии плотины СШГЭС и о характере и последствиях происходящих в ней деформаций, что предопределяет необходимость специального рассмотрения всех факторов техногенного и природного свойства, оказывающих влияние на выбор режимов дальнейшей эксплуатации гидроузла. При этом должен быть рассмотрен вопрос о достаточности и необходимости развития сети станций и пунктов наблюдения за эндогеодинамическими процессами и сейсмичностью прилегающей территории.
