В сентябре того же года в Чингистауском (ныне Абайский), Абралинском и Чубартауском районах вспыхнуло восстание казахов, издавна населяющих эти места, против советской власти. Поводом послужила всеобщая коллективизация, с насильственным изъятием в колхозы в общее пользование всего наличного скота. Бунт нескольких сотен безоружных людей ни к чему не привел. Например, в Чингистауском районе они не смогли даже взять районный центр — Караул, разбежались после первых выстрелов отряда А. Карасар-това. Однако при этом были зверски убиты супруги-учителя, открывшие начальную школу в колхозе «Байкошкар», и начальник районной рабоче-крестьянской инспекции. На подавление бунта из Семипалатинска прибыл отряд красноармейцев. Под предводительством того же А. Карасартова этот боевой отряд потопил в крови стихийно возникшее волнение, отдельные участники его едва унесли ноги, попрятались по ущельям Чингизских гор. Вылавливание беглецов продолжалось почти месяц. Каратели никого не щадили. Даже не спрашивая, кто этот человек, почему бродит по горам, пешего, верхового ли — всех брали на мушку и расстреливали на месте…
Кстати, в архиве сохранились письменные свидетельства многих очевидцев о том, что предводители восстания, прежде чем выступить, были у Шакарима-каджи и просили его возглавить народное сопротивление, наверное, хотели воспользоваться его высоким авторитетом. Но он сказал им: «Вы напрасно это затеяли. Советскую власть сейчас, на ее 14-м году безраздельного правления, не одолеете. Погубите себя и ваших детей, много крови напрасно прольется. Лучше откажитесь от выступления!..» Увы, никто его не послушался. И случилось то, от чего он предостерегал.
…Злодеяние над поэтом свершилось ранним утром 2 октября 1931 года. День выдался пасмурным, видимость была плохая. И это тоже сыграло определенную роль. Семидесятитрехлетний поэт спустился с небольшой сопки в сопровождении среднего сына по имени Зият и еще одного аулчанина. Сам старик шел пешком, держа в поводу своего коня, а спутники были верхом на лошадях. Карасартов со своими людьми сидел в укрытии, по-видимому, это была своеобразная волчья тактика, так удавалось врасплох настигать беглецов, не подозревавших о засаде. И эти трое также сами шли навстречу ему. Когда они оказались ближе, Карасартов дал команду своему подопечному, начальнику районной милиции Халикову, сразить первым почему-то пешего. Грянул прицельный выстрел. И тот высокий, с тымаком на голове, вскрикнув «Ах!», опустился на колени, бывшие позади быстро развернулись, кони их были резвые, и следующие пули их не достали, да и густой туман помог им скрыться. А раненый человек остался на месте. Стрелявший начальник милиции, Карасартов и неизменный спутник его, рядовой милиционер Шарабаев Абдраим, подошли к нему, все трое сразу узнали Шакарима. Он тоже узнал их и дрожащим голосом закричал: «Не стреляйте, вы же мусульмане! Прошу вас, отвезите меня к представителям власти, за что же мне такое наказание?..» Те двое, услышав его отчаянную мольбу, растерялись, стояли как вкопанные, наверное, еще испугались последствий содеянного. А Карасартов не дрогнул. Должно быть, у него уже созрел коварный план. И он заорал: «Идиоты, чего вы стоите?! Вот он, перед вами — главный бандит, вдохновитель всех этих бунтовщиков. Наконец попался нам. Стреляйте, пора заткнуть ему глотку, стреляйте же!..» Не раздумывая, Халиков выстрелил в него в упор. Старый поэт вскрикнул в последний раз и сразу затих…
Так был убит Шакарим Кудайбердиев. Вдали от людских глаз, двумя выстрелами — сначала в ногу, а затем — и в самое сердце. Тело его было без всяких почестей и прочтения молитвы сброшено в старый колодец. Каратели думали, что тем самым они навсегда сотрут из памяти людей его имя и следы преступления. Но не получилось, нашелся смельчак, который, несмотря на угрозу быть пойманным и также расстрелянным, высмотрел, куда было спрятано тело покойного каджи. И когда через тридцать лет Ахат Шакари-мулы в преклонных годах начал поиск останков своего отца, он-то ему и показал то место…
Как уже догадываетесь, хитрый и коварный начальник политического сыска сделал всё, чтобы замести следы кровавой расправы над известным поэтом, представить убийство в другом свете. Спешно был составлен акт, ложно свидетельствовавший о том, что во время завязавшейся перестрелки с двух сторон был убит главарь антисоветского бунта, он же духовный вдохновитель сопротивления колхозному строю, бывший волостной, известный богослов исламист-каджи Шака-рим Кудайбердиев. И это «клеймо» на светлом облике Шакарима по воле Абзала Карасартова оставалось много лет, вплоть до 1988 года. Кстати, все действия и отчаянные попытки оправдаться, угрозы, высказанные в адрес секретаря ЦК КП Казахстана, — все это говорило о том, что Карасартов не хотел остаться в памяти народа беспощадным, зловещим убийцей выдающегося поэта и ученого…