Как и многие российские законы, «Положение» 1804 г. страдало одним, но кардинальным недостатком: оно создавалось без учета всех сторон социально-экономической, религиозной и культурной жизни еврейского народа, вне реального контекста его существования в чуждой христианской среде и, наконец, без учета интересов всех сторон: помещиков, крестьян и еврейского населения. Меняя жизнь одной только части населения, авторы законов заранее обрекали эту группу на страдания, а сами постановления делали чисто репрессивными.
В 1808 г. началось объявленное в «Положении» 1804 г. выселение евреев из деревень. Выселению подлежало не менее шестидесяти тысяч семей, око продолжалось целый год и сопровождалось обычными в таких случаях насилием, ограблением и разорением тысяч людей. К концу года бедствия достигли таких масштабов, что даже местная администрация обратилась в Петербург с ходатайством приостановить выселение. Александр I повелел прекратить изгнание евреев из деревень. Вскоре был создан новый комитет по еврейским делам во главе с тайным советником В.С. Поповым. Доклад этого комитета, представленный царю в 1812 г., по глубине понимания еврейской проблемы может быть сравним с лучшими европейскими работами на эту тему той эпохи. Его авторы писали, что источник бедствий и пьянства крестьян не в деятельности евреев, проживающих в деревнях, а в том, что право на винокурение составляет главную статью дохода помещиков. Они доказывали, что евреи не обогащаются за счет крестьян — они столь же бедны, как и те, а выполняют совершенно необходимые в экономике функции посредников. Комитет предлагал отменить статью из «Положения» 1804 г. о выселении евреев. Александр I согласился с этим мнением, тем более что оно было подкреплено весьма веским доводом: губернии, о значительной части населения которых шла речь, вот-вот должны были стать ареной войны с Наполеоном.
Война 1812 г, прокатилась по губерниям Белоруссии и Литвы, и многочисленное еврейское население приняло в ней непосредственное участие. Симпатии евреев оказались на стороне России по целому ряду причин. Во-первых, планы по выселению не были выполнены до конца, во-вторых, французские войска были с восторгом встречены польским дворянством, а в-третьих, потому, что по законам Российской империи евреи сохранили свою общественно-религиозную автономию, а новая власть неминуемо должна была разрушить национальную жизнь евреев. Поэтому против армии Наполеона выступили и сторонники ортодоксального иудаизма, и хасиды, В развернувшихся военных действиях евреи, освобожденные от военной службы, сыграли большую роль в качестве разведчиков и интендантов,
Одним из результатов гибели наполеоновской империи стал очередной раздел Польши. Россия получила еще одну часть ее территории, на которой проживало много евреев. Все вопросы, связанные с еврейским населением, было поручено решать министерству духовных дел и народного просвещения, при котором создавался совещательный комитет из выборных «депутатов еврейских обществ». Эта коллегия, просуществовавшая семь лет (1818–1825), пыталась защищать права еврейского народа, через ее членов влиятельным сановникам подавались прошения и жалобы кагалов. Между тем поворот в политике Александра I, наметившийся вскоре после окончания войны, коснулся и евреев. Положение резко ухудшилось после падения министра просвещения и духовных дел А.Н. Голицына и прихода в министерство А.С. Шишкова. Новый министр добился роспуска совещательного комитета.
В последние годы своего правления Александр I увлекся проблемами религии. Его заветным желанием стало приобщение евреев к христианству, для этой цели было даже учреждено «Общество израильских христиан». Однако затея провалилась, напротив, тяга к религиозному реформаторству, всегда жившая в душах православных, нашла неожиданный выход: выяснилось, что в течение нескольких лет в иудейство перешло несколько тысяч крестьян Воронежской, Саратовской и Тульской губерний. Они образовали секты субботников и иудействующих. Новая ересь привела в панический ужас не только руководство церкви, но и императора. Сектанты подверглись репрессиям. Одно за другим последовали и новые антиеврейские распоряжения: христианам было запрещено служить в качестве прислуги в еврейских домах, вновь были введены запреты и ограничения на аренду земли. А главное — было решено начать выселение евреев из деревень в города и местечки. Это коснулось главным образом Могилевской и Витебской губерний, откуда в одночасье было изгнано 20 тысяч евреев.
