Вскоре стало известно о назначении вместо Фалейры родственника кардинала Бургосского, доверенного лица Фонсеки, Хуана де Картахены. Разве можно сопоставить этих двух совершенно разных людей? Фалейра – прекрасный ученый, постоянно чувствовал сословное превосходство рыцаря Магеллана, человека с голубой кровью, предназначенного рождением повелевать. Даже в пылу ссор астролог сохранял уважение к нему. Картахена – представитель высшей знати, презирал португальского выскочку, хотя до отплытия экспедиции не выказывал это открыто. Напрасно поздние исследователи говорят о желании Магеллана устранить Фалейру от участия в походе. При сопоставлении фактов легко убеждаешься, кому оно принесло больше пользы.
Иногда высказывается предположение, будто Фалейра поругался с королем. Звездочет не понимал, почему затягивается снаряжение экспедиции, волновался, досаждал Карлу письмами и жалобами на нерасторопность подчиненных. Он не знал о событиях в Мексиканском заливе, о трагической судьбе испанских капитанов. Из Нового Света долетали отрывочные вести, Королевский совет не спешил приподнять завесу таинственности, рассекретить карты своих владений. Это создавало обстановку подозрительности и недоверия. Будучи человеком экспансивным, обидчивым, неуступчивым, самонадеянным, ученый невольно вызывал к себе враждебность со стороны окружающих. Вероятно, этот факт тоже послужил поводом для почетной отставки, хотя были более серьезные причины.
Разгневанный король не стал бы устраивать комедию со служебным повышением астролога, выгнал бы несостоявшегося адмирала из Испании, сделал подарок Мануэлу и лиссабонской инквизиции. Впрочем, так оно и произойдет. Никому не нужный, забытый двором Фалейра, отчаявшись возглавить вторую флотилию и поддавшись уговорам Алвариша, вернется в Португалию в надежде получить корабли, отправиться по пути Магеллана к южной оконечности американского материка. Вместо роскошной капитанской каюты он увидит сырые каменные стены узилища. У Мануэла достаточно талантливых отважных капитанов, ему не нужны изменники. Король не простит Фалейре математические расчеты, неправильно доказавшие расположение островов в испанской зоне владений.
Астролог выйдет из казематов тюрьмы, отправится в Испанию требовать выполнения пунктов «Капитуляции». Королевский совет даст ему пожизненную пенсию. Он проживет долгую жизнь и умрет в 1556 году, лишившись рассудка и возомнив себя адмиралом на кораблях. Он станет буйным. По свидетельству современников, «пятеро мужчин не могли скрутить его».
