Если Папа продолжал вести политику промедления, то епископы стали сами проявлять активность. Епископ Парижа Гийом де Бауфет выдал инструкции по проведению допросов, и можно предположить, что они были применены: обвиняемого, после принесения клятвы на Евангелии говорить правду, допрашивали о месте, дате и обстоятельствах его приема в орден. К тем, кто упорно отрицал преступления, должен был быть применен все более жесткий режим содержания: сначала перевод на хлеб и воду, затем проведение очных ставок, затем угрозы пытками путем демонстрации пыточных инструментов и способов их применения, затем собственно сами пытки, сначала "без излишеств", затем более серьезно. Тем, кто дал признательные показания, следовало дать отпущение грехов и "относиться с добротой в отношении таинств, тюрьмы и пищи"; к тем, кто отказывался признаваться, следовало применять тот же режим, что и к тем, кого еще не допрашивали. Применение пыток подтверждается несколькими свидетельствами, из которых следует, что допросы всегда проводились под давлением людей короля, которые, несмотря на соглашения с Папой, эксплуатировали земельные владения ордена и продали много движимого имущества, не дожидаясь приговора суда, как будто осуждение было неизбежным.
Важнейшим моментом является содержание допросов. Недостаточно было, как в 1307 году, попросить обвиняемых рассказать, что им известно, так как они многого не скажут. Поэтому их нужно было направлять, задавая им точные вопросы, список которых был составлен. На самом деле сохранилось несколько списков: один из одиннадцати пунктов, который зафиксирован в
Рассмотрим наиболее полный список, состоящий из 127 статей. В нем мы находим, вперемешку, такие вопросы как: отрицали ли вы Христа, Бога, Богородицу; был ли Христос лжепророком, преданным смерти за свои собственные преступления; плевали или мочились ли на крест; топтали ли его; поклонялись ли кошке, которая иногда появлялась во время собрания членов ордена; верите ли в церковные таинства, а священники ордена соблюдали ли канон мессы; выслушивали ли великий магистр и прецепторы исповедь братьев, даже если они не были священниками; целовали ли во время приема в орден послушники восприемников в рот, пупок, анус, позвоночник или пенис; являлась ли эта церемония тайной, и заставляли ли вступающего поклясться не покидать орден; могли ли братья ордена вступать друг с другом в сексуальные отношения, и могли ли они от этого отказаться, если их об этом просили; поклонялись ли идолам, трехлицым головам, человеческим черепам и особенно знаменитой голове, которую почитали как своего спасителя, который может сделать людей богатыми, заставить деревья цвести и растения расти; давали ли во время приема новому брату шнуры, которые касались головы идола; и должен ли он был носить их на своем теле; должен ли был новый брат поклясться под страхом смерти или тюремного заключения никогда ничего не рассказывать об этих обрядах, которые соблюдались во всем ордене в течение долгого времени; должен ли был каждый брат работать над увеличением богатства ордена всеми средствами, законными и незаконными; проходили ли собрания в абсолютной тайне, с часовыми на крышах, чтобы не пускать любопытных; знали ли все братья об этих мерзостях и никогда не раскрывали о них, хотя некоторые покинули орден в отвращении. Как можно видеть, список обвинений значительно вырос со времен предварительных допросов 1307 года.
Список из одиннадцати пунктов в