С С-11 дело было так: новейшая средняя подлодка, командиром которой Середу назначили в первые дни войны, с середины июля действовала на позиции в районе Мемеля (ныне Клайпеда). После завершения патрулирования она должна была вернуться в Таллин через пролив Соэлозунд. Днем 2 августа перед входом в пролив ее встретили тральщики и повели «домой». Внезапно около 18 часов под кораб лем прогремел мощный взрыв, после которого С-11 мгновенно затонула. Погибли и Середа, и старший на борту командир дивизиона Иван Тузов, а кроме них, еще 42 моряка. Спастись удалось только троим матросам, находившимся в кормовом отсеке, – они сумели покинуть уже лежащую на дне моря субмарину через торпедный аппарат. Гибель «эски» приписали атаке подводной лодки, а после беглого ознакомления с донесением командира «трески» кое-кому в штабе показалось, что виновен в гибели С-11 именно Петров. Масла в огонь подлил комиссар Заикин, который заявил, что он не знает, чью именно подлодку они потопили – в ходе атаки Петров с ним не советовался, своего решения атаковать не согласовывал. Это не могло не задеть комиссарское самолюбие, ведь по положению он был равен командиру, и все решения они должны были принимать совместно. Однако обвинения в потоплении своей подлодки представляются слишком жестокой местью за подрыв комиссарского авторитета. На самом же деле подлодка Середы подорвалась на магнитной донной мине, которую советские тральщики, не имевшие неконтактных тралов, не могли ни вытралить, ни обнаружить.
Для того чтобы понять последующие события, важно понять обстановку тревожного августа 1941 года. Немецкие войска глубоко вклинились в нашу территорию, заняли Минск и Смоленск, вели бои на ближних подступах к Ленинграду, Киеву и Одессе. Одна военная неудача следовала за другой, и многие начали сомневаться в окончательном успехе нашей борьбы. У некоторых эти драматические переживания усиливались потерей близких людей. Так было и с Петровым, который получил известие о том, что в бою под Шушарами Ленинградской области погиб его брат Иван Иванович, командовавший минометной батареей.
На фронте не раз имели место и паника, самовольное оставление позиций, и даже массовая сдача в плен. Для борьбы с этими явлениями проявлялась максимальная жесткость, обусловленная законами военного времени. Один из командиров подводных лодок КБФ был расстрелян за трусость, несколько других преданы суду военного трибунала или просто сняты с должностей. Далеко не всегда у командования имелось время, чтобы детально разобраться, кто прав, а кто виноват. Тогда в середине августа жертвой такого скорого суда чуть было не стал сам Николай Иванович Петров. По некоторым данным, он был арестован сотрудниками 3-го управления (военной контрразведки), которые завели дело по печально известной 58-й статье. Лишь детальное изучение боевых документов Щ-307 и опрос членов экипажа удостоверили командование, что он атаковал не лодку Середы (та погибла 2 августа, а Петров атаковал 10-го, места гибели С-11 и U-144 находятся в 30 милях друг от друга), а все-таки немецкую субмарину. Его боевой успех признали, и даже одним из лучших, на что, в частности, указывает факт беседы Петрова со Всеволодом Вишневским, который начал готовить большую статью про Щ-307 и ее командира. 18 сентября командование бригады подписало представление на награждение Николая Ивановича орденом Боевого Красного Знамени. Тем не менее дело по 58-й статье не уничтожили – даже по состоянию на декабрь 2015 года оно числилось только приостанов ленным!