Казалось бы, большая самостоятельная должность, служить и радоваться, но нет. Дивизион оказался не боевым, а строящимся. В него входили четыре субмарины XII серии, которые строились на горьковском заводе «Красное Сормово» и по плану должны были вступить в строй Балтфлота осенью 1941 года. На лодках еще не было командиров и имелось не более трети от числа положенного личного состава. Моряки помогали рабочим достраивать субмарины, параллельно практически осваивая новую технику. Фактически Мохов оказался не комдивом, а прорабом, командиром четырех корпусов и большого числа матросов, из которых только в отдаленной перспективе могли получиться экипажи подводных кораблей. К тому же он оказался вдалеке от моря. Это было совершенно не то, к чему стремился Мохов. В феврале 1941-го последовала реорганизация подводных сил КБФ, в соответствии с которой Николай Константинович стал командиром другого подразделения. Это снова был дивизион «малюток», но не строящихся, а, наоборот, тех самых первых VI-бис серии, на которых когда-то начиналась его служба и которые теперь нуждались в капитальном ремонте. В то же время судостроительные заводы были завалены заказами на строительство новых кораблей, а мощностей для ремонта старых не хватало. Завод «Судомех» принял для ремонта только одну из пяти субмарин дивизиона, а остальные поставили в гавани Кронштадта в отстой до лучших времен. Из-за нехватки командных кадров уже к марту 1941-го на дивизионе практически не осталось начсостава. Мохов фактически оказался на той же должности, что и раньше, с той лишь разницей, что место службы находилось непосредственно на Балтике, а отсутствие ремонтных работ обрекало его и подчиненных матросов на вынужденное безделье. Николай Константинович начал хлопотать о переводе, и именно в этот момент и началась Великая Отечественная война.
В новых условиях обстановки ремонт устаревших субмарин с незначительными боевыми возможностями стал и вовсе никому не нужен. Зато очень скоро стали нужны солдаты и офицеры морской пехоты, которых командование Северо-Западного направления с утроенной энергией бросало на закрывание дыр в обороне юго-западных подступов к Ленинграду. Уже в начале второй декады июля разгорелись бои на лужском рубеже, который являлся дальними подступами к городу Ленина. Тогда на сухопутный фронт направили немало подводников, причем в первую очередь из береговых и учебных подразделений, а также ремонтирующихся кораблей. Не обученные премудростям общевойскового боя, моряки несли тяжелые потери, и мало кто из них впоследствии смог вернуться на флот. Николаю Константиновичу, скорее всего, предстояло стать командиром морской роты или батальона, но, как говорится, не было бы счастья, да несчастье помогло. 6 июля двум «малюткам» предстояло выйти из Таллина на позиции в Балтийское море. Через миноопасный район они шли за тральщиком, на борту которого находился старший на переходе комдив Евгений Юнаков. Незадолго до полуночи тральщик подорвался на донной мине. Раздался сильный взрыв, разломивший корабль пополам. Стоявший на мостике Юнаков был выброшен в море и сильно контужен. К счастью, его спас сторожевой катер, но полученные травма и контузия не позволили ему исполнять служебные обязанности. Лучшей кандидатурой на замену оказался Николай Мохов, которого 31 июля назначили командиром 8-го дивизиона подводных лодок типа М.
К моменту начала войны этот дивизион включал девять подлодок XII серии, но к моменту назначения Мохова командиром две из них успели погибнуть. Четыре субмарины находились в Таллине и в районе Моонзундских островов, где использовались для несения дозоров и ведения разведки перед входом в Финский залив и в Рижском заливе. Три других корабля находились в районе Ленинграда – Кронштадта, где проходили ремонт. Вскоре последовало указание отправить М-90 и М-96 по железной дороге на Каспийское море, где они должны были использоваться в качестве учебных кораблей. Организацией ремонтных и погрузочных работ, по всей вероятности, и был занят Николай Константинович в течение августа 1941-го. Пока все эти указания выполнялись, обстановка резко изменилась – ядро Балтийского флота прорвалось из захваченного немцами Таллина в Кронштадт, а Ленинград оказался отрезан от остальной страны тисками блокады. Наступили самые черные дни в истории российского Балтийского флота.
