После захвата моста и вокзала в город прибыл эшелон махновской пехоты под командованием А. Калашникова. Вместо того чтобы перейти в наступление и закрепить успех, пехота бросилась к оставленному петлюровцами оружию и начала грузить винтовки, пулеметы и боеприпасы в свои вагоны. Разработанный накануне план был под угрозой срыва: красногвардейские отряды, оставив станцию на махновцев, двинулись в глубь города. Начались упорные уличные бои. Главнокомандующий не спешил к месту боя, предоставив войска самим себе на несколько часов. Лишь в 9 часов утра на вокзал прибыл Махно с членами губштаба. Ему сразу же доложили, что махновцы, привыкшие к боям на открытой местности, то и дело попадают в устраиваемые петлюровцами ловушки. Спрятавшись в домах, на чердаках и в подвалах, они пропускали махновцев и красногвардейцев вперед, а затем из укрытий расстреливали их. Против повстанцев начали боевые действия вышедшие из подполья офицеры, юнкера, гимназисты. Бой шел буквально за каждый дом, за каждый квартал. Среди наступавших было много раненых.
Махно не нашел ничего лучшего, как открыть ураганный артиллерийский огонь по городу из захваченных орудий. Казалось, забыв обо всем, он с любопытством ребенка сам стрелял из пушки. Не ясно, куда целился «батько», но многие дома получили множество пробоин. В здание духовной семинарии попало 18 снарядов.
Немного опомнившись, петлюровцы перешли в контрнаступление и потеснили красногвардейцев и махновцев. Среди красных командиров росло недовольство из-за отсутствия всякого руководства боем со стороны Махно.
Вернувшись 28 декабря в Екатеринослав, Махно приступил к реализации своей главной цели похода. Он приказал грузить орудия, снаряды и практически все, что попадало под руку, в эшелоны и отправлять в Гуляйполе. Кроме этого, им были вызваны из Гуляйполя крестьяне, которые, не приняв участия в боях за город, получили трофейное оружие и отправились обратно. 29 декабря военно-революционный комитет Екатеринославской губернии своим приказом № 2 в целях восстановления нормальной жизни в городе впредь до утверждения Советом рабочих, крестьянских и солдатских депутатов временно назначил Махно главнокомандующим Советской Революционной Рабоче-Крестьянской армии Екатеринославского района.
В понедельник 30 декабря Екатеринослав полностью оказался в руках революционных войск. В течение всей «гражданской войны в городе», как окрестили екатеринославские обыватели бои между большевистско-махновскими войсками и петлюровцами, войско Махно занималось разбоем и грабежами. Махновцы под предлогом поиска стрелявших из окон петлюровцев и их сообщников врывались в квартиры и безжалостно грабили жителей города. Отказались они и от предложения ревкома взять их на довольствие, заявив, что они за лозунг «От каждого по способностям, каждому по потребностям». Нареканиям и жалобам на махновцев не было конца.
Махно вынужден был выпустить воззвание, в котором говорилось:
«При занятии гор. Екатеринослава славными партизанскими революционными войсками во многих частях города усилились грабежи, разбои и насилия. Творится эта вакханалия в силу определенных социальных условий (или это черное дело совершается контрреволюционными элементами с целью провокации). Во всяком случае это делается. И часто делается именем славных партизан-махновцев, борющихся за независимость, счастливую жизнь всего пролетариата и трудового крестьянства.
Чтобы предотвратить этот разгул пошлости, совершаемый бесчестными людьми, позорящими всех честных революционеров, не удовлетворяющихся светлыми завоеваниями революционного народа, я именем партизан всех полков объявляю, что всякие грабежи, разбои или насилия ни в коем случае допущены не будут в данный момент моей ответственности перед революцией и будут мною пресекаться в корне. Каждый преступник, совершивший преступление, вообще и в особенности под именем махновцев, или других революционных отрядов, творящих революцию под лозунгами восстановления советского строя, будет беспощадно расстреливаться, о чем объявлено всем гражданам, призывая их также бороться с этим злом, подрывающим в корне не только завоевания революции, но и вообще жизнь честного гражданина.
Главнокомандующий Батько Махно».
Этот документ, появившийся в городе 31 декабря 1918 г., практически никак не повлиял на прекращение грабежей. Да Махно и не очень заботился об этом, его целью было обелить махновцев в глазах ревкома красных бойцов и жителей Екатеринослава.
Махновцы расценили этот приказ так: «грабь, но на глаза батьке не попадайся». Этот девиз бытовал в армии Махно практически до ее окончательного разгрома в 1921 г. В ряде случаев Махно при народе даже лично расстреливал попадавшихся ему под горячую руку мародеров, грабителей и насильников, чем укреплял свою популярность как защитника крестьянских масс.
Члены ревкома делали попытки помешать вывозу в Гуляйполе оружия и награбленного богатства, но принять крутые меры не решались. В Махно крепла уверенность во вседозволенности и ненаказуемости.