Императрица Евдокия, отчасти из-за раздоров с Пульхерией и императорским семейством, симпатизировала монофизитству, как и тогдашний епископ Иерусалима Ювеналий. Против этого учения резко выступал епископ Рима папа Лев Великий, которого большинство служителей церкви признавали преемником святого Петра и своим главой. Папа всей силой своего авторитета поддержал доктрину вочеловечения, написав
Евдокия и иерусалимские христиане не без оснований расценили поведение Ювеналия как чудовищное предательство и провозгласили своим новым епископом монофизита Феодосия. Из монастырей Иудеи в город хлынули возмущенные монахи, так что когда Ювеналий, сделавшийся патриархом, прибыл со свитой с Халкидонского cобора, его встретила разгневанная толпа. Ювеналию пришлось бежать; он скрывался в пустыне к западу от Кумрана. Но церковная смута удручала правительницу, и когда в 457 г. Феодосий умер, она обратилась за советом к знаменитому сирийскому аскету Симеону Столпнику, а тот, в свою очередь, отправил ее к вдохновителю монашества, великому Евфимию. Вняв словам Евфимия, Евдокия вернулась в православие. Она выстроила неподалеку от ротонды Анастасис новый дворец для православного патриарха Анастасия, назначенного вместо Ювеналия, а под конец жизни – церковь и монастырь Святого Стефана. Комплекс разместился на месте скромной часовни, которую Евдокия освятила в свое первое паломничество в 439 г. 15 июня 460 г. туда торжественно перенесли останки мученика, а спустя четыре месяца там упокоилась и сама Евдокия.
Иерусалим теперь был центром никейского православия, однако богословский конфликт продолжал бушевать в других церквях, поскольку многие восточные христиане видели в решениях Халкидонского cобора недостойный компромисс. Их также раздражал контроль со стороны императорского двора. Правившие после Феодосия II императоры Зенон (474–491) и Анастасий (491–518) пытались усмирить несогласных, опасаясь раскола империи. Существовали и другие группы, отвергавшие власть Византии. В 485 г. самаритяне объявили о своей независимости от Константинополя и провозгласили собственного царя. Их бунт был беспощадно подавлен Зеноном, который осквернил жертвенник на горе Гризим и построил там в честь своей победы церковь Марии Теотокос.
Деспотизм христианских императоров вызывал растущую враждебность подданных, что в итоге наносило империи огромный вред. Так, великий император Юстиниан (527–565), который был преданным последователем халкидонской традиции, пытаясь покончить с монофизитством, восстановил против себя целые области в восточных провинциях. Евреев же он поставил в положение, исключавшее для них поддержку империи. Считая, что он в качестве православного императора обязан заниматься истреблением иудаизма, Юстиниан своими указами фактически лишил эту религию статуса разрешенной законом. Евреи не могли занимать выгодные административные должности, гражданские и военные, даже в таких городах как Тивериада и Сепфорис, где они составляли большинство населения. В синагогах было запрещено употребление древнееврейского языка, а если еврейская пасха выпадала перед христианской, ее не разрешалось праздновать в правильный день. Но евреи не сдались – об этом можно судить по мозаикам на полу синагоги Бейт-Альфа в Галилее, построенной, по всей видимости, в те времена. Мозаики изображают сцену жертвоприношения Исаака – сюжет, традиционно связанный с Храмовой горой, – и различные предметы, использовавшиеся в храмовой службе, в том числе менору, а также пальмовые ветви и цитроны – атрибуты праздника Суккот, который в некоторых школах иудаизма связывается с приходом Мессии.
