Церковная цензура сильно влияла на науку и определяла круг дискутируемых источников, который вплоть до выхода в свет посланий Филофея был крайне далек от задач полновесной интеллектуальной истории данной доктрины. Для сравнения: богословские сочинения и переводы князя Андрея Курбского в то же время были просто запрещены, бесценный источник по истории церковной жизни в России XVI–XVII вв. «Стоглав» только начал обсуждаться в научной литературе благодаря исследованиям И. Д. Беляева (1863 г.), были впервые опубликованы сочинения Максима Грека, одного из крупнейших мыслителей эпохи создания учений о Третьем Риме (1859–1862 гг.), многолетняя публикация Никоновской летописи под редакцией А. Ф. Бычкова и С. Ф. Платонова только началась (1862–1910 гг.), «Сказание о князьях владимирских» и послания митрополита Даниила все еще было неизвестно (вплоть до исследований В. И. Жмакина и И. Н. Жданова)[1159], да и сами послания Филофея оставались минимально изучены вплоть до прорывных научных интерпретаций рубежа XIX–XX вв.
Синодальные инициативы по опубликованию учения о Третьем Риме ближе всего к той интерпретации, которая возродилась в науке благодаря критике имперского милленаризма в работах Х. Шедер, Д. Стремоухова, Ф. Кемпфера, П. Ниче, Й. Раба, Д. Роуленда, в советской и постсоветской науке. Как показала Н. В. Синицына, первые исследователи учения – В. О. Ключевский и Н. Ф. Каптерев – видели в нем главным образом выражение независимой позиции церкви по отношению к государству. Впрочем, Маршалл По представил совершенно иную предысторию научной разработки проблемы Третьего Рима, в которой основания в геополитическую интерпретацию закладывает В. С. Иконников[1160]. «Третий Рим» ожил на фоне бурно растущих греческих и панславянских проектов и заполнял научные работы выводами о «Новом Риме» как внешнеполитической имперской доктрине. Как ни странно, никто из историографов Третьего Рима не обратил внимания, что самая глубокая научная работа о старце Филофее, книга В. Н. Малинина, построена на гипотезе о воплощении в доктрине Третьего Рима идеала христианской империи. Не случайно вслед за Малининым, как видно уже по работам Н. И. Ефимова и Х. Шедер, стало принято рассуждать о том, какую именно «политическую окраску» имеют взгляды псковского книжника начала XVI в. и можно ли считать эти взгляды соответствующими имперской или национальной программе.
Третий Рим как геополитическое учение, далекое от своих источников и своих исторических контекстов, был воспринят через «Византизм и славянство» К. Н. Леонтьева (1875) и Д. С. Мережковского переводчиком русской литературы А. Меллер ван ден Бруком, автором книги «Третье Царство» (1923). Это понятие в российской культуре принято называть, забывая о его российских аналогах, «Третьим рейхом». Леворадикальной формулой «Третьего Рима» в советское время стало учение о единении мирового пролетариата в Третьем интернационале. Возможно, хотя и менее вероятно, влияние на Третий рейх и Третий интернационал доктрины Иоахима Флорского и, соответственно, его представления о Третьей эпохе, периоде Святого Духа в человеческой истории[1161]. Н. А. Бердяев считал, что большевизм и Третий интернационал напрямую наследуют учению о Третьем Риме[1162]. Символической параллелью идее Бердяева можно считать, на мой взгляд, хронологическое совпадение отказа от Третьего интернационала и возрождения интереса к Третьему Риму в культуре эпохи Сталина. Как показывают исследователи, реконструкция Третьего Рима в фильме С. М. Эйзенштейна «Иван Грозный» и ряде современных ему драматических произведений тесно сопряжена с восстановлением православной патриархии[1163].