В куполе изображены Христос и Богородица, окруженные ангелами. Повествовательный цикл начинается в барабане купола с эпизодов из Книги Бытия, от сотворения мира и до спасения Иосифа из колодца. На четырех стенах ниже продолжается изложение Священной истории. Южная стена в основном посвящена жизни Иоанна Крестителя, на западной, северной и восточной стенах представлена история Христа, а на восточной стене — огромное Распятие во всю высоту стены.
Цикл Апокалипсиса помещен в люнетах апсиды и начинается на северной стене, слева от алтаря. В первом люнете — вид
Цикл продолжается в проемах между окнами и на внутренних сторонах арок. Непосредственно под первым люнетом в верхнем регистре изображены бедствия, обрушившиеся на человечество, вызванные семью трубами (Откр. 9–11).
Второй регистр продолжает повествование: Жена, облеченная в Солнце, ее новорожденный и дракон, угрожающий им (Откр. 12: 1–6), бегство Жены и битва на небе (Откр. 12: 7–16), зверь, выходящий из моря (Откр. 13: 1–3), и Агнец на горе Сион (Откр. 14: 1), явление второго зверя (Откр. 13: 11), лжепророк, чаши гнева Божия (Откр. 16). И наконец, в самом нижнем регистре — вавилонская блудница и ее гибель (Откр. 17–18), Христос на белом коне, возглавляющий небесное воинство (Откр. 19: 11–14), ангел, заковывающий Сатану (Откр. 20: 1–3), и Небесный Иерусалим (Откр. 21).
Несмотря на масштабность и сложность цикла Апокалипсиса, обычно ему уделяется не так много внимания в литературе, а что касается любителей искусства, приезжающих в Падую, то они по большей части устремляются в капеллу дельи Скровеньи, оставляя без внимания этот не менее интересный памятник. Джусто, несомненно, находился под влиянием искусства Джотто, даже его Христос навеян образом Христа со свода капеллы дельи Скровеньи, правда, Джусто внес в него существенный «апокалиптический» элемент. У Джотто Христос держит в руках закрытую книгу, тогда как книга в руках Христа у Джусто открыта и содержит надпись Ego sum alpha et omega — «Я есть Альфа и Омега», что отсылает к Апокалипсису.
Тем не менее апокалиптический цикл является значимым компонентом повествовательной программы, что особенно интересно, учитывая назначение здания. Уместно ли было украшать помещение подобного рода, предназначенное для крещения, столь жуткими образами, повествующими об ужасах и мучениях? В современной картине мира такое вряд ли пришло бы кому-нибудь в голову, однако средневековые люди мыслили иначе, и мы уже касались этого вопроса, когда говорили о витражах. Для средневековых толкователей Апокалипсис был пронизан аллюзиями на таинство крещения, посредством которого человек может войти в Царствие Небесное. С эпохи раннего христианства толкователи Апокалипсиса находили связи между его текстом и таинством крещения. Уже один из самых ранних комментаторов, Викторин Петавский, толкует строку «И голос Его был как шум многих вод» (Откр. 1: 15) как «дар крещения, который Он ниспослал», как «дар крещения» толкуется и стеклянное море (Откр. 5: 6), о котором мы уже говорили. Впоследствии эти толкования получали дополнительные объяснения и обоснования. «Белые как снег» волосы Сына Человеческого (Откр. 1: 14) рассматриваются как аллюзия на неофитов, только что принявших крещение, поскольку как в раннем христианстве, так и в Средние века новокрещеные носили белые одежды в знак своего состояния. Белые одежды неофитов связывали и с белыми одеждами мучеников из Откр. 6: 11. Крестившийся получал белые одежды, под которыми подразумевалась невинность, утраченная людьми через первых родителей, но вновь обретенная через Христа в крещении.
Подобные толкования множились, разные экзегеты предлагали все новые и новые версии того, «что хотел сказать автор», и новые интерпретации. Так, объяснение посредством таинства крещения получила даже Жена, облеченная в Солнце:
С крещением, что совершенно логично, обычно ассоциировались библейские строки, связанные с темой омовения, и такие строки повторяются в Апокалипсисе — но теперь средством очищения является не вода, а спасительная кровь Христа, жертвенного агнца.
Отрывки из текста Откровения иногда включались в крещальные литургии.