Помещение крипты состоит из трех нефов, поперечных по отношению к нефам верхней церкви, и трех апсид. Двенадцать колонн поддерживают двадцать один свод. Стены, своды, колонны — все покрыто фресками, рассказывающими историю Спасения, от сотворения человека до конца времен. Программа фресок удивительна и не имеет себе подобных. Крипту в Ананьи в некоторых источниках также называют Сикстинской капеллой романики. В настоящее время специалисты видят в цикле руку трех мастеров (или трех мастерских), однако они так и остаются анонимными. Для удобства их называют Первый мастер Ананьи, Второй мастер и Третий мастер.
Фрески на сюжет Апокалипсиса размещены в конхе центральной апсиды, на примыкающих к ней сводах и стенах над алтарем и вокруг него с мощами святого Магнуса. Такое расположение довольно специфично, если исходить из известной нам практики размещения сцен Страшного суда на западной стене церкви.
Во многих римских памятниках мы уже наблюдали в апсиде вид
Языческое и христианское, философия, религия и наука сплелись в удивительный разноцветный ковер, сплошь покрывающий стены и своды крипты. Сотворение космоса и сотворение человека, причем изображенное с философско-научной точки зрения, истории из Ветхого Завета, житий святых и, конечно же, святого Магнуса, которому посвящена крипта, теория стихий, взятая из «Тимея» Платона, и даже Гален и Гиппократ, великие языческие врачи, и, наконец, Апокалипсис — всему нашлось место в этой сложной системе убранства, которую мы, к сожалению, не можем рассмотреть во всех подробностях, так как сосредоточимся на Апокалипсисе — ему отведено самое важное место.
В своде непосредственно над алтарем помещено вид
Господь с белыми волосами изображен в мандорле, в правой руке Его — семь звезд, символизирующих семь церквей Азии, к которым обращается Иоанн, в левой — ключи от ада и смерти, а из уст Его исходит меч, за мандорлой — семь ангелов семи церквей. Церкви помещены в нижней части сцены в виде семи возвышающихся зданий, в левом нижнем углу — святой Иоанн, взирающий на Всемогущего.
В конхе центральной апсиды изображено вид