В 1564-1567 годах Акбар столкнулся с серьезным вызовом - восстанием узбеков. Речь идет об узбеках из рода шайбани, родственниках правителей узбекских княжеств. Их предводитель, Хан-и Заман, был губернатором Джаунпура и, таким образом, защищал восточную границу империи от афганской угрозы из Бихара и Бенгалии. Один из самых важных офицеров Чагатая, Хан-и Заман не стремился свергнуть Акбара; его недовольство касалось условий службы офицеров Акбара. Многие другие чагатайские офицеры, в том числе Муним Хан-и Ханан, симпатизировали узбекам. Акбар неоднократно пытался найти с ними компромисс, но восстание не прекращалось до тех пор, пока Хан-и Заман не был убит в бою 9 июля 1567 года, более чем через два года после первого похода Акбара против него. Вместо Хан-и-Замана Акбар назначил Муним-хана губернатором Джаунпура. Этот шаг удалил лидера чагатаев и офицеров, служивших Хумаюну, из центра политической активности.
В течение тех же трех лет Акбар столкнулся с двумя угрозами со стороны других Тимуридов. Мирза Мухаммад Хаким вторгся в Пенджаб в 1566 году, возможно, потому, что его советники полагали, что он получит поддержку узбеков. Акбар поспешил на северо-запад из Агры, и его приближения оказалось достаточно, чтобы оттеснить брата в Кабул. В следующем году, во время последней фазы узбекских беспорядков, сыновья Мухаммад Султан Мирзы подняли восстание в Пенджабе. Мухаммад Султан Мирза, потомок сына Тимура Умара Шайха и, таким образом, дальний кузен Акбара, служил при Бабуре и Акбаре; его сыновья последовали его подданству. Весной 1567 года они подняли восстание в Пенджабе, затем присоединились к Хану-и-Заману и в конце концов бежали в Мальву, а затем в независимое княжество Гуджарат. Восставшие мирзы снова беспокоили Акбара в 1568 году, во время завоевания Гуджарата в 1572-1573 годах и еще раз в 1577 году. В конце концов Акбар помиловал последнего мятежника.
Далее Акбар выступил против сисодов из Мевара. Даже после победы Бабура над Раной Сангой при Кханве Сисодии оставались самой престижной индуистской династией и знаменосцами индуистского суверенитета. Их столица-крепость Читор была одной из самых сильных на субконтиненте. Если Акбар сможет смирить рану Удай Сингха, другие раджпутские правители могут покориться. Надеясь выманить Удай Сингха на битву, он подошел к Читору с небольшой армией. Но Удай Сингх бежал, оставив Читор готовым к осаде. Акбар отправил за раной полевые войска; моголы неоднократно разбивали войска Сисодии, но не смогли захватить Удай Сингха. Хотя рана не подчинился Акбару, сомнений в превосходстве Моголов больше не оставалось. Основные силы осаждали крепость в течение четырех месяцев и в конце концов взяли ее штурмом. Триумф Моголов в Читоре способствовал завоеванию в 1569 году двух других крупных крепостей - Рантхамбора, расположенного между Агрой и современным Джайпуром, и Калинджара близ Аллахабада.
Между завоеваниями Читора и Рантхамбора Акбар предпринял еще один важный шаг. Он разогнал по домам членов своей приемной семьи, известной как Атга Кхайль. Акбар дал высокие должности сыну и братьям Шамс ад-Дина Мухаммад-хана Атгаха, своего приемного отца, убитого Адхамханом. Им принадлежала практически вся провинция Пенджаб. В 1568 году Акбар призвал своих приемных дядей ко двору и назначил им новые джагиры (земельные наделы, на языке Великих Моголов) в разных областях империи. Это мирное рассеивание мощной группировки свидетельствовало о растущей личной власти Акбара.
В 1569 и 1570 годах у Акбара родились сыновья Салим, будущий Джахангир, и Мурад. Акбар приписывал их рождение духовному вмешательству Шейха Салима Чишти, потомка и духовного последователя святого, похороненного в Аджмере. Отшельничество шейха Салима находилось в Сикри, деревне к западу от Агры. Обе жены Акбара родили там детей. В ответ на это знамение благоприятного местоположения Сикри Акбар в 1570 году приказал построить там новый столичный комплекс, который получил название Фатехпур Сикри. Он также продолжил регулярные паломничества в Аджмер.
ИМИДЖ 5.1 Буланд Дарваза (1521-1522-1574 гг.) в Фатехпур Сикри, штат Уттар-Прадеш. Буквально "Великие ворота", этот монументальный портал ведет в мечеть общины Фатехпур Сикри и гробницу Шайха Салима Чишти. Весь этот дворцовый комплекс воплощает концепцию суверенитета Акбара в красном песчанике, сочетая среднеазиатские и исконно индийские архитектурные формы и декор.