Музаффар-хан спровоцировал восстание в Бенгалии, введя резкое сокращение жалованья, назначенного Ширази для офицеров, и попытавшись взыскать их долги в казну. Восстание возглавили чагатайские офицеры из клана Кахшаль. Восставшие взяли штурмом столицу провинции, Танду, и казнили Музаффар-хана. Они создали правительство Тимуридов, в котором императором стал далекий Мирза Мухаммад Хаким, регентом - Масум-хан Кабули, лидер бихарских повстанцев, имевший личные связи с Мирзой, а губернатором Бенгалии и главным офицером - Баба-хан Кахшал, фактический лидер повстанцев. Столкнувшись с этим кризисом, Акбар отправил на восток вторую армию, на этот раз под командованием Хан-и-Азама Мирзы Азиза Кукаха, своего приемного брата, и Шахбаз-хана Камбу, одного из административных реформаторов. Несмотря на их личную связь, Акбар уволил Хан-и Азама со службы из-за его несогласия с новыми правилами. Его повторное назначение свидетельствовало о готовности Акбара идти на компромисс с противниками его политики. Хан-и Азам достиг Монгира в сентябре 1580 года. Силы повстанцев рассеялись, прекратив угрозу, но операции против них продолжались до 1583 года.
Повстанцы призвали Мирзу Мухаммада Хакима вторгнуться в Индостан, чтобы вынудить Акбара воевать на два фронта и придать дополнительную легитимность своим усилиям. Но Акбар остался в Агре, а не отправился на фронт, потому что ожидал похода своего брата. Когда Мирза вторгся в Индостан в 1581 году, Акбар выступил из Агры навстречу ему, и захватчики рассеялись. Акбар двинулся на Кабул, был хорошо принят там и оставил на месте своего ошарашенного брата. Хотя угроза со стороны Мирзы Мухаммада Хакима была незначительной, она привела к казни Хваджа-шаха Мансура Ширази в результате ложного обвинения в том, что он поддерживал Мирзу. Таким образом, ведущие офицеры устранили своего врага.
ИМИДЖ 5.2 Акбар благодарит, услышав о победе в Бенгалии в 1579 году: фолиант из рукописи Акбарнама. Эта копия "Акбарнамы" считается самой ранней иллюстрированной версией текста и содержит надписи, указывающие на то, что она находилась в библиотеке Джахангира и Шах-Джахана.
После восстаний Акбар скорректировал многие административные правила, которые их спровоцировали. Восстания, а также компромисс, к которому они привели, завершили становление империи Великих Моголов. В течение столетия после этого институты и практика, разработанные Акбаром и его советниками, функционировали эффективно и без существенных изменений. Кроме того, Моголы установили неоспоримое господство в Северной Индии и стали искать другие земли для завоевания. Было всего четыре возможных варианта: север, юг, восток и запад. Хотя Моголы в конечном итоге поглотили Кашмир и часть Тибета на севере, эти страны не принесли им ни богатства, ни престижа. Восточная граница Бенгалии, а за ней и Ассам, на протяжении многих лет привлекали значительное внимание Моголов, но не имели крупных городов и больших княжеств. Губернаторы Бенгалии продолжали экспансию на востоке, но она никогда не была основным направлением политики Моголов. На западе лежала бесплодная пустыня Белуджистан. Основные возможности открывались на северо-западной границе, за Кабулом и в долине Инда, и на южной границе, в Декане. События за пределами империи заставили Акбара обратить внимание в первую очередь на северо-запад. Великий узбекский правитель Абдулла-хан заставил Акбара обратить внимание сначала на северо-запад.
Абдулла-хан установил свое господство над всеми узбекскими княжествами в 1582 году и, как и Акбар, смотрел вдаль. В 1584 году он вторгся в Бадахшан, единственную сохранившуюся территорию Тимуридов к северу от Гиндукуша, и завоевал ее. Но Абдулла-хан был слишком занят Хурасаном, чтобы пересечь горы. Однако ни один Тимурид не мог сбросить со счетов узбеков, и успех Абдулла-хана заставил Акбара почти на десятилетие сосредоточиться на северо-западе. Чтобы парировать узбекскую угрозу, Акбар перебрался в Пенджаб. Лахор стал центром его деятельности на большую часть следующего десятилетия. В 1585 году умер Мирза Мухаммад Хаким. Акбар взял под свой непосредственный контроль Кабул.