Захир аль-Дин Мухаммад Бабур Падишах Гази (1483-1530) предпринял это предприятие не по своей воле, а за неимением альтернативы. Он был Тимуридом в пятом поколении; сын Тимура Миран-шах был его прадедом. Дед Бабура, Абу Саид, был главным тимуридом до своей смерти в 1469 году; его отец, Умар Шайх, управлял долиной Фаргана из Андижана. Когда Умар Шайх умер в 1494 году, он оставил Бабуру (имя означает "Тигр") свое небольшое княжество и, очевидно, большие устремления. Мать Бабура была чингизханидской монгольской принцессой; таким образом, он соединил в себе как тимуридское, так и чингизханидское происхождение, но сам он считал себя тюрком и тимурийцем. Последствия коллективного суверенитета привели к тому, что царство Тимуридов превратилось в лоскутное одеяло из враждующих между собой княжеств. С 1494 по 1514 год Бабур стремился объединить тимуридские княжества под своим руководством и, прежде всего, защитить тимуридские земли от натиска узбеков. Он сотрудничал с Сефевидами в победе над Шайбани-ханом при Марве в 1510 году и в поражении при Гуждуване в 1512 году. Трижды он занимал старую столицу Тимура Самарканд, которая символизировала его амбиции; трижды ему приходилось ее покидать. В поисках надежной базы он взял город Кабул в 1504 году. В 1505 году он совершил короткий набег на Индостан, свой первый поход туда, но направил свои амбиции на юг только после 1514 года. Хотя точная история вторжений Бабура в Индостан неясна, одно из них, имеющее значение, началось поздней осенью 1525 года. Он получил приглашение от Даулат-хана Лоди, губернатора Лахора, помочь ему в восстании против своего хозяина, султана Ибрагима Лоди. В Панипате 21 апреля 1526 года тимуридская армия встретилась с гораздо более многочисленными силами Ибрагим-хана. Бабур использовал крепость из повозок, и эта тактика сработала для него так же хорошо, как и для османов в том же году при Мохаче. Через шесть дней он вошел в Дели. 16 марта 1527 года Бабур одержал еще одну великую победу в Хануа близ Агры над Раной Сангой из Мевара, ведущим индуистским правителем Индостана. Благодаря этим двум победам Бабур избавился от двух главных претендентов на главенство на северном субконтиненте. В 1529 году афганцы собрали против него коалицию. Бабур выиграл третье крупное сражение на реке Гогра 6 мая. Он умер в 1530 году, так и не сумев превратить свое военное превосходство в прочные политические договоренности. Бабур написал одну из величайших автобиографий в мировой литературе, "Бабур-Намах", и был чрезвычайно привлекательным персонажем, но не основателем империи Великих Моголов.
Бабур оставил четырех сыновей - Хумаюна, Мирзу Камрана, Мирзу Аскари и Мирзу Хиндала, каждый из которых получил удел. Хумаюн получил трон Индостана, а Камран - Кабул, Кандагар и Пенджаб. Его правление с 1530 по 1556 год напоминало правление Бабура с 1494 по 1526 год: ему противостояли как могущественные внешние враги, так и угроза со стороны соратников Тимурида. Ему противостояли два крупных противника - новый афганский лидер Шир Хан (позже Шир Шах) Сур и Мирза Камран. Шир-хан был афганским офицером на службе у Лоди, но стремился получить власть в свои руки и изгнать Моголов из Индостана. Он добился обеих целей. Первые несколько лет своего правления Хумаюн потратил на попытки установить контроль над Индостаном и поглотить региональные королевства Гуджарат и Мальва. Это отвлекло внимание Шир-хана и дало ему возможность установить контроль над Бихаром и Бенгалией. Когда Хумаюн наконец вступил в бой с Шир Ханом, афганцы дважды разгромили моголов - при Чаусе 26 июня 1539 года и при Канаудже 17 мая 1540 года. Хумаюн бежал в Лахор, где встретились четыре брата. Вместо того чтобы объединиться против афганской опасности, они разделились. Мирза Камран сотрудничал с Шир-шахом, претендовавшим на трон Индостана, против Хумаюна. В конце концов Хумаюн бежал через Синд и Кандагар и укрылся у шаха Тахмаспа в Казвине в 1544 году. Мирза Камран управлял остатками царства Бабура из Кабула, а Шир-шах господствовал в Индостане.
Шир-шах умер в 1545 году. Шах Тахмасп предоставил Хумаюну небольшую армию. Он, очевидно, потребовал и получил взамен принятие Хумаюном шиитского ислама, а также ожидал, что Хумаюн уступит ему жизненно важную крепость и торговый центр Кандагар. Хумаюн взял Кандагар в 1545 году и Кабул в 1547 году, вернув себе неоспоримое первенство среди оставшихся в живых Тимуридов и в Афганистане. К 1552 году он окончательно ликвидировал угрозу со стороны своих братьев. В Индостане сын Шир-шаха Ислам-шах занял трон после смерти отца, но не был эффективным правителем. После его смерти в 1554 году за трон боролись три претендента. Этот разлад создал неоспоримые возможности для Хумаюна, который в декабре выступил из Кабула, разбил три афганских войска и 23 июля 1555 года взял Дели. Шесть месяцев спустя, 26 января 1556 года, он умер от ран, полученных при падении.
Акбар