В 1572 году Акбар столкнулся с двумя оставшимися региональными королевствами на северном субконтиненте - султанатами Гуджарата и Бенгалии. Оба королевства были важными центрами торговли; Бенгалия, которой правила афганская династия Карарани, воплощала в себе афганские притязания на главенство в Индостане. Летом 1572 года Акбар возглавил экспедицию в Гуджарат, добился капитуляции ведущих гуджаратских офицеров и овладел столицей Ахмадабадом. Цитадель портового города Сурат, удерживаемая одним из мятежных мирз, требовала осады. Гарнизон сдался в феврале 1573 года, что, по всей видимости, обеспечило моголам контроль над Гуджаратом. Однако, как только Акбар отбыл, гуджаратские офицеры напали на могольского губернатора. В одном из самых известных эпизодов своей карьеры Акбар поспешил на помощь, преодолев 450 миль от Агры до Ахмадабада за девять дней с небольшим отрядом и разгромив гораздо более многочисленную армию гуджаратцев. Эта победа обеспечила Моголам контроль над Гуджаратом.
Акбар послал Муним-хана против Дауд-хана Карарани в Бенгалии. После длительной осады Моголы взяли пограничную крепость Патна. Акбар отправил Муним-хана преследовать Дауд-хана и завоевать Бенгалию и Бихар. В сентябре 1573 года могольские войска без особого сопротивления заняли столицу провинции, Танду. Следующие два года Муним-хан провел, нанося подробные поражения разрозненным афганским войскам. 3 марта 1575 года Муним-хан разбил Дауда и основную афганскую армию в тяжелом сражении при Тукарое; Дауд сдался. Семь месяцев спустя Муним-хан умер, армия и администрация Моголов в Бенгалии развалились, и Дауд вернул себе власть. Акбар отправил на восток вторую армию под командованием Хан-и-Джахана Хусайн Кули Хана, племянника Байрам Хана. Он разбил Дауд-хана в очередной битве при Радж-Махале 12 июля 1576 года. После этой победы Моголы заняли несколько крепостей, которые держались в Бихаре и Бенгалии. Таким образом, борьба за господство в Индостане между моголами и афганцами, начавшаяся в первом Панипате, подошла к концу.
Акбар также продолжил операции против Мевара. Переговоры с Раной Пратапом, который сменил своего отца Удай Сингха в 1572 году, не увенчались успехом. Тогда Акбар послал против Раны Пратапа Ман Сингха, внука раджи Бихара Мала из Амбера. Два раджпута встретились в битве при Халдигати 18 июня 1576 года; силы Сисодии были разбиты. Рана Пратап бежал и уклонился от ряда экспедиций в период с 1576 по 1585 год. Рана не смог бросить вызов могольским войскам в полевых условиях или помешать им пронестись по его княжеству, но он один из раджпутских династов отказался подчиниться Акбару.
Параллельно с экспансией продолжались административные изменения. В 1574 году Акбар, опираясь на кадры экспертов-бюрократов, создал определяющий институт режима Великих Моголов - систему мансабдари. В соответствии с ней все офицеры империи были объединены в единую иерархию с числовыми рангами, которые соответствовали количеству войск, которые они должны были содержать. Эти меры, наряду с одновременными изменениями в управлении провинциями, уменьшили политическую и финансовую автономию могольских офицеров. Естественно, многие офицеры возмущались этими изменениями, особенно чагатаи, такие как Муним-хан. Акбар справился с их недовольством, назначив их на восточную границу и смягчив исполнение новых правил. Диссиденты завоевали Бихар и Бенгалию. Концентрация чагатаев на востоке привела к самому большому кризису в правлении Акбара после второго Панипата.
В 1580 году Акбар отменил освобождение офицеров, находившихся в Бихаре и Бенгалии, от новых административных правил. Офицеры в обеих провинциях, где по-прежнему преобладали чагатаи, подняли восстание, направив свои действия против офицеров, которых Акбар послал для обеспечения соблюдения новых правил. Историки чаще всего интерпретируют эти восстания как реакцию на религиозные нововведения Акбара, о которых речь пойдет ниже. Такая интерпретация не соответствует историческим данным. У бихарских повстанцев не было единого лидера, и Акбар разгромил их без труда. Затем войска Великих Моголов под командованием Тудара Мала, одного из архитекторов программы Акбара, защитили от повстанцев форт Монгхир на Ганге. Бенгальские повстанцы напали на имперские войска.