Когда Бабур вторгся в Индостан в 1526 году, от связи Тимуридов с этим регионом не осталось ничего, кроме памяти. Афганские племена, мигрировавшие в Индостан, стали доминирующей военной группой. Один из афганских вождей, Бахлул Лоди, основал династию в Дели в 1451 году. Правители Лоди стали важными покровителями, тесно связанными с мусульманской культурной элитой региона. Султан Бахлул Хан правил до 1488 года. Его сын и преемник, султан Сикандар, основал Агру в качестве новой столицы. После его смерти его сыновья Ибрагим и Джалал разделили королевство между собой, и оно пришло в упадок. Эта ситуация дала возможность Тимуридам вернуться на субконтинент.
Вставка 5.1 Делийский султанат
Хотя омейядский полководец Мухаммад ибн Касим завоевал Синд (нижняя часть долины Инда) в 692 году, а Махмуд из Газны совершил ряд набегов на Индо-Гангскую равнину в конце X века, постоянное мусульманское правление в Северной Индии началось только в начале XIII века, при династии Гуридов. Кутб аль-Дин Айбак (р. 1206-1211), военачальник рабов при правителе Гуридов Муизз аль-Дине Мухаммаде, стал правителем независимого княжества, господствующего над Северной Индией, когда его господин умер в 1206 году. Его преемником стал раб Айбака Ильтутмиш (р. 1211-1236), получивший от аббасидского халифа титул султана Индостана. Его столица находилась в Дели, который стал политическим, культурным и духовным центром мусульманской жизни на субконтиненте, а сам он и его преемники были известны как Делийские султаны. Монархия из военных рабов, похожая на современное королевство мамлюков в Египте и Сирии, правила султанатом до 1290 года. Две последующие династии, Халджи (1290-1320) и Туглуки (1320-1412), постоянно расширяли Делийский султанат на юг и восток, пока Мухаммад ибн Туглук (1325-1351) не объединил на короткое время субконтинент под своей властью, но его империя начала дробиться на региональные королевства еще до его смерти. После вторжения Тимура в Индостан в 1398 году султанат стал лишь одним из нескольких региональных королевств. Хизр-хан, назначенный Тимуром губернатором Дели, основал династию Сайидов, которая управляла Дели как данник Тимуридов. Княжество Сайидов было наименьшим из мусульманских региональных султанатов, среди которых были Гуджарат, Мальва, Джаунпур, Бенгалия и Бахманийский султанат в Декане.
Династия Сайидов продержалась в Дели до 1448 года. Ее армия состояла в основном из афганских племен. Один из их предводителей, Бахлул Лоди, вытеснил последнего правителя Сайидов в Дели и основал династию Лоди, а также эпоху афганского господства в Индостане. При Лоди Делийский султанат вернул себе значительную часть территории на востоке и юге, включая Джаунпур. Сын Бахлула Лоди, Сикандар, основал новый город Агру в 1505 году. Правители Лоди стали крупными покровителями исламской культуры и образования и установили тесные связи с ведущими уламами и суфийскими семьями. Бабур вторгся в Индостан в ответ на приглашение Даулат-хана Лоди, губернатора Пенджаба, который возмущался попытками Сикандара создать более централизованное правительство.