Джелал ад-Дин Мухаммад Акбар был возведен на трон правителя Индостана в Каланауре в Пенджабе 14 февраля 1556 года. Ему было менее четырнадцати солнечных лет, его сторонники слабо удерживали Пенджаб и область Дели-Агра, а неспособность его отца удержать империю, завоеванную его дедом, вряд ли могла вызвать доверие. Когда Акбар умер почти пятьдесят лет спустя, он был одним из самых могущественных и богатых монархов в мире. Империя Великих Моголов была его достижением. Однако вначале ему и его опекуну Байрам-хану Хан-и-Ханану (хану ханов; титул подразумевал первенство среди могольских офицеров) приходилось думать о выживании. По крайней мере, борьбы за престолонаследие не было: у Акбара было всего два близких родственника мужского пола - его малолетний брат Мирза Мухаммад Хаким в Кабуле и двоюродный брат, который не был известным человеком. Но у Акбара было множество других врагов. Наибольшая угроза исходила от афганских войск Сур, которые теперь возглавлял индусский полководец Химу. Химу разбил могольских губернаторов Дели и Агры, но 5 ноября 1556 года основная армия моголов встретила его войска в Панипате, на том же поле, где тридцатью годами ранее Бабур разбил Ибрагима Лоди. Обе стороны сражались упорно, но Моголы одержали победу. В течение двух лет Моголы избавились от претендентов из Сури и распространили свою власть на юг до Гвалиора и на восток до Джаунпура.
Байрам-хан управлял империей в качестве регента Акбара в течение четырех лет. Он укрепил власть Великих Моголов в западной и центральной частях Индостана и начал экспансию на юг и восток. Но его положение регента не продлилось долго: его власть раздражала его коллег и в конечном итоге Акбара. Молодой правитель сместил Байрам-хана в 1560 году. Махам Анага, его приемная мать, руководила режимом в течение следующего года, работая с различными офицерами. Офицеры, занимавшие высокие посты при Хумаюне, были особенно недовольны и подстрекали сына Махам Анаги, Адхам Хана, убить Шамс ад-Дина Мухаммад Хана Атгаха, мужа мокрой кормилицы Акбара и последнего кандидата Махам Анаги на пост главного офицера. После того как Адхам Хан убил Шамс ад-Дина Мухаммад Хана, Акбар приказал немедленно казнить Адхам Хана; Махам Анага умерла через сорок дней. С этого времени Акбар стал править сам.
Во время правления Махама Анагаха началось расширение империи. Мальва, региональное королевство к югу от Дели-Агры, погрузилось в хаос под властью Баз Бахадура, известного как музыкант-новатор, но не как политический лидер. Весной 1561 года экспедиция Моголов завоевала провинцию. Позже в том же году могольские войска под командованием Али Кули-хана Хан-и-Замана, губернатора Джаунпура, разгромили афганскую атаку на этот город, который составлял восточную границу империи. В 1562 году Акбар совершил свое первое паломничество в святилище Хваджа Муин аль-Дин Чишти в Аджмере в Раджастане - обычная практика мусульманских правителей, стремящихся утвердить свою легитимность. В это время он заключил свой первый союз с раджпутским князем, раджой Бихара Малом из княжества Амбер (недалеко от современного Джайпура). Чтобы показать, что он признает суверенитет Акбара, Бихара Мал предложил Акбару в жены свою дочь. В период с 1561 по 1563 год Моголы также взяли ряд мелких крепостей и добились подчинения нескольких небольших княжеств. Когда правитель Мальвы попытался завоевать Кхандеш, самое маленькое из княжеств Декана, он был разбит Баз Бахадуром, который затем вновь занял Мальву. Баз Бахадур сдался карательной экспедиции Моголов.
Когда Акбар сам возглавил правительство, его главным политическим и военным подчиненным стал Муним-хан, чагатаец, который был одним из главных офицеров Хумаюна. Он получил титул хан-и ханан. Первым финансовым министром Акбара стал Итимад-хан, занимавший аналогичный пост при Сурах. Экспансия продолжалась. В 1563 году могольским экспедициям сдались два княжества - Бхатх, или Панна, недалеко от знаменитых храмов Кхаджурахо, и страна Гаккар в Пенджабе. Моголы также завоевали часть великого раджпутского княжества Марвар, включая его столицу Джодхпур. В случаях с Гаккаром и Марваром один из членов правящей семьи княжества поступал на службу к Моголам и добивался помощи в изгнании своего родственника с трона.