Условия в узбекских княжествах благоприятствовали шансам Моголов. Назр (или Надир) Мухаммад-хан, узбекский принц, напавший на Кабул в 1628 году, стал верховным ханом узбекских княжеств в 1641 году. Его политика вызвала широкую оппозицию, и в 1646 году он обратился к Шах-Джахану с просьбой о помощи против своих соперников. Шах-Джахан собрал большую армию под командованием своего младшего сына Мурада Бахша, чтобы завоевать Балх и Бадахшан и распространить власть Великих Моголов на север от Амударьи. Могольские войска без особого труда заняли Бадахшан и Балх, но Назр Мухаммад-хан стал опасаться своего могущественного союзника. Он бежал на территорию Сефевидов. Вместо того чтобы продолжать наступление через Амударью, Мурад Бахш вернулся в Индостан без приказа. Он оставил могольские войска в отдаленной и труднодоступной стране, без эффективного лидера, перед лицом рассеянного и мобильного противника. Шах-Джахан отправил на смену Мураду Аурангзеба, своего третьего сына и способного воина. Он прибыл в Балх как раз вовремя, чтобы встретить контрудар Абд аль-Азиз-хана, нового правителя Бухары. Моголы разгромили узбеков в битве 31 мая 1647 года. Эта битва, настолько малоизвестная, что не имеет названия, была, возможно, последним крупным сражением между пороховой империей и племенной конфедерацией; она очень напоминала триумф Фатиха Мехмеда над Узун Хасаном Аккюнлу в 1473 году. Несмотря на эту победу, Моголам ничего не оставалось, как отступить в Кабул, оставив Балх и Бадахшан узбекам. Народная этимология объясняет название гор Гиндукуш (убийца индусов) как указание на множество индусских войск, убитых в этой кампании.
В следующем году Аббас II вновь завоевал Кандагар. Шах-Джахан посылал экспедиции для возвращения города в 1649 и 1652 годах при Аурангзебе и в 1653 году при своем старшем и любимом сыне Дара Шукухе. Все три экспедиции потерпели неудачу; несмотря на победы над полевыми войсками Сефевидов, моголы не смогли взять крепость. Кандагар оставался в руках Сефевидов вплоть до восстания Гальзая. Таким образом, Моголам не удалось удержать ни одно из северо-западных завоеваний в правление Шах-Джахана.
В то время, когда Шах-Джахан был занят северо-западной границей, он начал строительство новой имперской столицы, примыкающей к существующему городскому центру Дели. Названная Шах-Джаханабадом и теперь называемая Старым Дели, она заменила здания Акбара в Агре в качестве символического центра империи, хотя фактическая столица всегда находилась там, где находился правитель. И Агра, и Лахор были тесными и доминировали над более ранними сооружениями Великих Моголов; Дели сохранял престиж традиционной мусульманской столицы и был крупным центром паломничества. Строительство началось в 1639 году; основными проектами стали цитадель, ныне называемая Красным фортом, и прилегающая к ней мечеть Джама. Шах-Джахан символически вошел в завершенный комплекс в 1648 году. Его строительная программа также включала Тадж-Махал, мраморные здания внутри форта Агры и усовершенствование императорского комплекса в Лахоре.
Эпоха стабильности в Декане закончилась в 1653 году. Аурангзеб, теперь уже губернатор Декана, нашел предлоги для вторжения в Голконду и Биджапур. В 1656 году Аурангзеб вторгся в Голконду и осадил столицу, но, не получив разрешения отца на ее завоевание, отступил. В том же году Биджапур пришел в беспорядок, и Аурангзеб попросил и получил разрешение на его аннексию. Однако в разгар успешных операций Шах-Джахан передумал, и Аурангзеб снова отступил, получив репарации и несколько пограничных округов. В 1652 году рана Джагат Сингх из Мевара начал ремонт крепости Читор, нарушив соглашение, которое Шах-Джахан навязал его деду тремя десятилетиями ранее. Масштабная экспедиция моголов разрушила ремонт, и Рана Радж Сингх, преемник Джагат Сингха, покорился без сопротивления.
В сентябре 1657 года Шах-Джахан, которому уже исполнилось шестьдесят пять лет, тяжело заболел. Его болезнь спровоцировала величайшую из войн за престолонаследие в пороховых империях. Спорящие принцы были ведущими офицерами империи. Старший, Дара Шукух, которого Шах Джахан назначил своим законным наследником, фактически выполнял функции главного офицера при дворе своего отца и управлял провинциями Лахор, Мултан и Пенджаб через своих заместителей. Второй сын, Мухаммад Шуджа, управлял богатой провинцией Бенгалия, третий, Аурангзеб, - Деканом, а четвертый, Мурад Бахш, - Гуджаратом. Три младших брата ревновали и относились к Даре с подозрением. Когда болезнь Шах-Джахана не позволяла ему появляться на публике, они считали отца мертвым или недееспособным, а Дара - обеспечивающим себе престолонаследие, что и было на самом деле.