Шиваджи возобновил военные действия в 1670 году. Маратхи снова разграбили Сурат и разгромили отряд моголов в упорном сражении. Перед смертью в 1680 году Шиваджи установил свой контроль над западным побережьем субконтинента от Сурата до Гокарна, за исключением португальских анклавов Даман и Гоа. Он также распространил свою власть на восток, в Карнатик, вплоть до крепостей Веллоре и Джинджи, расположенных рядом с французской колонией Пондишери (ныне Пудучерри) и британской колонией Форт-Сент-Дэвид (позднее Мадрас, ныне Ченнай). Он добился этих успехов благодаря постоянным набегам, смене союзов и враждебных отношений с Биджапуром и Голкондой, завоеванию крепостей и уклонению от сражений с превосходящими силами Великих Моголов. В 1674 году Шиваджи короновал себя как чатрпати (повелитель вселенной), что означало его притязания на независимый и абсолютный суверенитет. С момента воцарения Шиваджи до его смерти в 1680 году он расширил свои владения на юг и восток за счет Биджапура и Голконды.
Другие инициативы Аурангзеба в период с 1659 по 1679 год отражают его пуританский характер и преданность суннитскому исламу Шари. Они включали в себя отказ от солнечного календаря илахи, запрет на исполнение музыки при дворе и прекращение императорского покровительства музыкантам, изменения в придворных ритуалах, попытки подавить употребление алкоголя и проституцию, а в некоторых случаях и разрушение индуистских храмов. Как и мусульманские правители Индии на протяжении веков, он относился к индусам как к зимми, а не как к идолопоклонникам, но он нарушил модель Акбара, который не налагал на зимми предписания шариата. Шариат разрешает разрушать храмы при завоеваниях и запрещает строить и улучшать их в районах, находящихся под властью мусульман, но разрешает существующим храмам продолжать функционировать. Аурангзеб стремился применить это постановление, что означало разрушение новых храмов в Варанаси и других местах, а также преднамеренное разрушение храмов во время военных кампаний на имперской территории. Однако он не отдавал приказ о поголовном разрушении храмов по всей империи.
Хар Рай, седьмой сикхский гуру, продолжил неудачную привычку своих предков поддерживать не тех претендентов на могольский трон, будучи другом Дара Шукуха. Хотя Аурангзеб не предпринял никаких прямых действий против него, он держал его сына Рам Рая в качестве заложника, надеясь использовать его как инструмент для контроля над сикхами. Однако Хар Рай назначил своим преемником другого сына, Хари Кришена. Хари Кришен умер в 1664 году после восьми лет пребывания на троне и назначил своим преемником своего двоюродного деда Тегх Бахадура. Тех Бахадур завоевал преданность сикхов Пенджаба и вдохновил их на сопротивление могольской власти. Аурангзеб вызвал его в суд и, когда тот не ответил, арестовал, а затем казнил 11 ноября 1675 года. Преемником Тех Бахадура стал его сын Гобинд Сингх, последний из сикхских гуру. Неудивительно, что он стал злейшим врагом Моголов.
В 1679 году Аурангзеб вновь ввел джизью. Этот шаг свидетельствовал о его намерении править в соответствии с шариатом и вновь определить мусульман как правящий класс империи Великих Моголов. Не будучи ни попыткой склонить индусов к исламу, ни просто мерой по увеличению доходов, это решение, очевидно, вызвало широкое недовольство в Дели, где находился Аурангзеб в момент его введения, но его политические последствия, прямые и косвенные, неясны. Поначалу, по крайней мере в Дели, это вызвало протест и пассивное сопротивление выплате, по крайней мере на первых порах. Однако последовательность событий, известная как восстание раджпутов, не была реакцией на религиозную политику Аурангзеба.