Когда Дара был мертв, Шах-Джахан немощен и заключен в тюрьму, Мурад Бахш тоже в заточении, а Шуджа разбит и бежал, Аурангзебу было нечего бояться. Неоднократные победы в сражениях доказывали его легитимность, а среди офицеров не было широко распространенной оппозиции. В 1659 году его старший сын, Мухаммад Султан, титулярный командующий армией, преследовавшей Шуджу, перешел на сторону дяди, и Аурангзеб подготовил экспедицию на восток, чтобы восстановить ситуацию. Фактический командир экспедиции, Мир Джумлах, решил проблему до того, как Аурангзеб смог присоединиться к нему, а Мухаммад Султан вернулся и был заключен в тюрьму.
В Декане началась борьба, которая должна была стать доминирующей во времена Аурангзеба. Маратхи были горным народом, зародившимся в районе Насика, Пуны и Сатары в западном Декане, на возвышенности от современного города Мумбаи. Их местные вожди были второстепенной проблемой для правителей Декана, но крестьяне маратхов имели давнюю традицию военной службы, в том числе при Моголах. Первый великий предводитель маратхов Шиваджи Бхонсле был сыном Шахджи, который попеременно служил низам-шахам, адил-шахам и моголам. Шахджи все еще находился на службе у Биджапури, когда Шиваджи, без его согласия, начал пытаться создать собственное княжество, взяв под контроль небольшие крепости и округа, принадлежавшие его отцу. В 1648 году Адил-шах заключил Шахджи в тюрьму, и Шиваджи сдал свои завоевания, чтобы добиться освобождения отца. В 1656 году он установил контроль над областью вокруг Пуны и Сатары. Это привело к конфронтации с моголами, поскольку совпало с попыткой принца Аурангзеба завоевать Биджапур. Пофлиртовав с возможностью союза с Моголами, Шиваджи присоединился к Адил-Шахам. Когда Адил-шах заключил мир с Моголами, он также предложил им подчинение. Однако они с Аурангзебом не смогли договориться до того, как принц отправился на север, чтобы побороться за трон. Во время войны за престол Шиваджи завоевал прибрежный район Конкан и разбил посланные против него силы Адил-Шахи. Таким образом, Аурангзеб столкнулся с растущим могуществом маратхов в западном Декане.
В 1660 году Моголы и Адил-Шахи начали серию походов против Шиваджи. Они имели значительный успех до 1663 года, когда Шиваджи совершил дерзкий ночной набег на лагерь моголов. В следующем году он совершил набег на Сурат, торговый центр Западной Индии. Аурангзеб назначил против Шиваджи своего лучшего полководца, раджу Джай Сингха из Амбера. Мастерски проведя кампанию, Джай Сингх вынудил Шиваджи сдаться, но на щедрых условиях. В обмен на выплату дани, сдачу двух третей крепостей и содержание значительных сил для службы в могольской армии Шиваджи было позволено сохранить оставшуюся часть своих владений и освободить его от необходимости лично поступать на могольскую службу. Его сын Шамбхуджи должен был стать могольским офицером. Однако Шиваджи согласился сопровождать Джай Сингха, очевидно, надеясь получить высокий чин и важный пост в Декане.
Однако прием не оправдал его ожиданий. Полученное им звание поставило его позади нескольких других офицеров, в том числе тех, кого он унизил в бою. Посчитав это серьезным унижением, он пожаловался, что Аурангзеб нарушил свое слово, и подал прошение о более высоком звании и должности. Из-за его ужасающей репутации Аурангзеб приказал заключить его в тюрьму. Шиваджи сбежал и скрылся в Декане. Неспособность Аурангзеба предоставить бесстрашному вождю маратхов желаемый статус положила начало войне маратхов, которая продолжалась до конца его правления. После победы над Шиваджи Джай Сингх двинулся на Биджапур. Не встретив сопротивления в полевых условиях, он достиг города Биджапур, но не смог выдержать осаду. Эта неудача оставила Шиваджи в безопасности, хотя его бегство от двора Великих Моголов было расценено как мятеж. Он заключил с моголами трехлетний мир.
Вскоре после бегства Шиваджи Аурангзеб столкнулся с кризисом на северо-западе. Юсуфцы подняли восстание, угрожая сообщению между Индостаном и Кашмиром и совершая набеги на имперскую территорию. Карательная экспедиция Моголов разгромила их. Пять лет спустя другое афганское племя, африди, бросило вызов власти Великих Моголов в районе Джелалабада, перерезав дорогу на Кабул. Они нанесли сокрушительное поражение посланным против них могольским войскам. Хушхал-хан из племени хатаков, величайший пуштунский поэт и основатель пуштунского национализма, присоединился к сопротивлению могольской власти. Несколько могольских правителей безуспешно пытались восстановить власть и порядок в восточном Афганистане и открыть путь через Хайберский перевал. Летом 1674 года Аурангзеб сам отправился в Хасан Абдал, расположенный недалеко от Пешавара, чтобы руководить операциями. Афганская проблема поглотила его внимание на четыре года, прежде чем порядок был восстановлен; даже тогда Хушхал-хан продолжал сопротивление. Моголы вновь открыли дорогу между Кабулом и Пешаваром, но мало чего добились.