Смерть в 1678 году Джасванта Сингха Ратхора, правителя Марвара и одного из самых выдающихся раджпутских мансабдаров того времени, без явного наследника положила начало кризису. Могольские правители традиционно следили за процессом престолонаследия в раджпутских княжествах и часто вмешивались в него, поэтому действия Аурангзеба не были неожиданными. Могольские войска заняли Марвар, что было обычным и временным шагом в наблюдении за передачей княжества новому радже, но в данном случае оккупация вызвала всеобщее недовольство. В конце концов Аурангзеб назначил на трон племянника Джасванта Сингха, хотя две жены Джасванта Сингха родили ему посмертных сыновей. Этот шаг вызвал широкое противодействие в Марваре, которое выразилось в возведении на престол малолетнего сына Джасванта Сингха - Аджита Сингха. Ратхорские повстанцы обратились за помощью к Ране Радж Сингху Сисодии из Мевара, самому авторитетному из раджпутских правителей, хотя и гораздо менее известному на службе у Великих Моголов, чем Джасвант Сингх. Хотя у него не было личных претензий к Аурангзебу, Радж Сингх опасался концентрации власти Великих Моголов в Раджастхане и поддержал повстанцев Ратхора. В ответ Аурангзеб предпринял масштабную экспедицию против сисодов и ратхоров. Моголы без труда разгромили войска Сисодии и Ратхора в полевых условиях, причем командовал ими сын Аурангзеба султан Акбар. Однако события приняли неожиданный оборот, когда 3 января 1681 года принц при поддержке повстанцев провозгласил себя императором.
Аурангзеб эффективно справился с угрозой. Умело используя дезинформацию, он оттолкнул от себя большинство раджпутских сторонников султана Акбара, оставив принца слишком слабым для борьбы. Рана Джай Сингх, сменивший своего отца Радж Сингха, сдался Аурангзебу на щедрых условиях. Султан Акбар и небольшой отряд мятежных ратхоров в конце концов нашли убежище у сына и преемника Шиваджи, Шамбхуджи, в Декане. Ситуация в Марваре оставалась неурегулированной до 1699 года, когда Аджит Сингх поступил на императорскую службу, но имела лишь местное значение.
После разрешения раджастанского кризиса Аурангзеб отправился из Аджмера в Деккан, куда прибыл в начале 1682 года. Он оставался там в течение оставшихся двадцати пяти лет своего правления и жизни, пытаясь установить порядок и власть моголов, а также покорить маратхов. Шамбхуджи воспользовался тем, что Аурангзеб отвлекся на Раджастан, и совершил набег на окрестности двух главных могольских центров в Декане - Бурханпура и Аурангабада. Союз султана Акбара с Шамбхуджи создавал возможность союза Маратха-Биджапур-Голконда, в котором принц обеспечивал моголам легитимность. Некоторые историки считают, что султан Акбар мог получить широкую поддержку могольских офицеров, которые не одобряли религиозную политику Аурангзеба, его отношение к раджпутам и экспансионистскую политику в Декане. Но свидетельств значительной поддержки принца среди правящего класса Великих Моголов мало.
Аурангзеб начал энергичные действия, как только достиг Декана, но столкнулся с теми же проблемами, которые до этого преследовали могольские армии в Декане. Маратхи по-прежнему не могли противостоять Моголам в полевых условиях, но их нападения на линии снабжения Моголов затрудняли проведение длительных кампаний, особенно осад. С 1682 по 1684 год могольские армии одерживали непрерывный поток мелких побед и взяли под контроль значительную часть территории маратхов, не изменив при этом стратегической ситуации. В это время Аурангзеб переключил свое внимание с маратхов на Биджапур.
Аурангзеб ожидал, что Адил-Шахи, которые теоретически были подчиненными правителями, поддержат его против Шамбхуджи, но Адил-Шахи боялись Моголов больше, чем маратхов. Когда они не отреагировали на его приказ, Аурангзеб начал операции против Биджапура, надеясь также усилить давление на Шамбхуджи. Адил-шахи сдали свою столицу, город Биджапур, 12 сентября 1686 года после двадцатидвухмесячной осады. Проблемы со снабжением, а не трудности самой осады, затянули ее. Осаждающие были близки к голодной смерти. Голконда, последнее оставшееся автономное мусульманское княжество в Декане, пала 21 сентября 1687 года. Как и в Биджапуре, голод и болезни нанесли осаждающим тяжелый урон.
Завоевание города Биджапур и форта Голконда не привело к тому, что Моголы автоматически получили эффективный контроль над всем Биджапуром и Голкондой. Провинциальные администрации Адил-Шахи и Кутб-Шахи были раздроблены; Моголам пришлось восстанавливать порядок и управление на большей части территории, ставшей двумя новыми провинциями. В некоторых частях Биджапура и Голконды, особенно на побережье Хайдарабада, им это так и не удалось. Борьба за утверждение власти Великих Моголов над новыми завоеваниями накладывалась на продолжающуюся войну с маратхами.