Хотя Аурангзеб оставался в Декане с 1687 по 1707 год, конфликты в других частях империи требовали внимания. Помимо продолжающихся мелких беспорядков в Марваре, существовало еще несколько проблем. Крестьянство джатов в районе Агры и Матхуры, возглавляемое местными землевладельцами, бросило вызов власти Великих Моголов еще во времена Шах-Джахана. Длинная серия экспедиций против них в период с 1680 по 1705 год не смогла положить конец беспорядкам. Были небольшие восстания в Малве и Бихаре. Важнее было то, что Гуру Гобинд Сингх начал собирать армию и превращать недовольство сикхов моголами в воинствующую веру. В 1686 году его растущее могущество встревожило местных вождей, которые до сих пор укрывали его. Он победил их в битве и стал лидером регионального восстания против власти Моголов. Они разгромили первую карательную экспедицию, посланную против них, но затем покорились, чтобы избежать второго имперского вторжения. Моголы не предприняли никаких карательных мер против Гобинд Сингха в это время. Следующие двенадцать лет он посвятил укреплению своей власти в горной стране между Джумной и Сатледжем, построил ряд крепостей и придал сикхской вере ту форму, которую она сохранила до сих пор. Рост могущества сикхов вновь заставил местных заминдаров обратиться за помощью к Моголам, и между Моголами и сикхами вновь начались военные действия. Военные действия продолжались до самой смерти Аурангзеба.
Однако последние двадцать лет жизни Аурангзеба прошли под знаком маратхских войн. Долгая, мучительная борьба, изобилующая бесплодными победами Моголов, делает эффективное повествование чрезвычайно трудным. Борьба началась достаточно хорошо, но даже успех не помог Моголам. Взятие Шамбхуджи в 1689 году не положило конец сопротивлению маратхов.
После его пленения остатки руководства маратхов, включая его младшего брата и преемника Раджарама, были осаждены в крепости Райгарх, расположенной к юго-востоку от современного Мумбаи. Раджарам бежал оттуда и основал новую штаб-квартиру в Джинжи, на другом конце полуострова к северо-востоку от форта Сент-Дэвид и французской колонии Пондишери. Райгарх и множество других фортов маратхов на территории современной Махарастры пали под ударами моголов в 1690 году, но побег Раджарама не позволил этим победам стать решающими. Могольские войска начали осаду Джинджи, но не добились значительных успехов. В 1692 году другая могольская армия начала операции против крепости Панхала. Маратхи не смогли отбить у моголов крепости или разгромить могольские армии в полевых условиях. Но огромная продолжительность и стоимость осад, а также неспособность Моголов извлечь политическую выгоду из своих постоянных побед делали борьбу невозможной для победы любой из сторон.
Бегство Раджарама в Джинджи заставило Моголов ускорить свои усилия по покорению близлежащего региона, восточного Карнатика. Этот регион был разделен между Биджапуром и Голкондой, поэтому могольские войска уже действовали там. Присутствие Раджарама сделало восточный Карнатик (ныне южный Андхра-Прадеш и северный Тамилнад) центром операций. Моголы достигли Джинджи в 1691 году, приостановили осадные работы в 1693 году, возобновили их в конце 1694 года и, наконец, взяли крепость в том же году. С 1699 по 1705 год Моголы захватили восемь крупных маратхских крепостей, иногда с помощью массированных осадных операций, иногда с помощью подкупа. Но эти победы не положили конец сопротивлению маратхов. Хотя смерть Шамбхуджи лишила маратхов эффективного и единого руководства, она также лишила их лидера, который мог бы заключить мир. Хотя преклонный возраст Аурангзеба не сказывался на его энергичности до последних лет жизни, перспектива его смерти и борьбы за престол отвлекала его сыновей и офицеров от текущих операций; маратхи были такими же потенциальными союзниками в будущих конфликтах, как и врагами в нынешних.
В 1705 году Аурангзеб, очевидно, потерял надежду победить маратхов. Он перенес тяжелую болезнь и отошел от дел. Он стремился прежде всего предотвратить войну за престол между своими сыновьями и особенно защитить самого младшего и наименее способного, Кам Бахша, от гнева своих братьев. Он надеялся на мирный раздел империи. Он умер в отчаянии 21 февраля 1707 года. Борьба, которую он надеялся предотвратить, началась почти сразу.
Бахадур-шах