Аурангзеб оставил трех сыновей: Султан Муаззам, правитель Кабула; Мухаммад Азам Шах, который поддерживал своего отца в войнах с маратхами; и Кам Бахш, который был правителем Биджапура. Каждый из них имел значительную личную поддержку, но две основные фракции офицеров не были связаны ни с одним из них. Асад-хан, визирь Аурангзеба, и его сын Зуль Фикар-хан возглавляли первую фракцию; Гази аль-Дин-хан Фируз-и Джанг, самый успешный полководец Аурангзеба, и его сын Чин Кулич-хан, который позже основал княжество Хайдарабад, возглавляли вторую. Характер группировок, а также их отличие от более ранних группировок среди офицеров Моголов подробно рассматривается в разделе этой главы, посвященном упадку. В отличие от предыдущих войн за престолонаследие, две фракции сохраняли собственные планы, а не просто поддерживали принцев. Фракция Фируз-и Джанга не принимала никакого участия в борьбе, ожидая, пока победитель сам придет к ним. Мухаммад Азам Шах находился всего в нескольких шагах от двора, когда умер его отец, и быстро вернулся туда. Он сразу же заручился поддержкой Асад-хана и предложил фракции Фируз-и Джанга большие стимулы, чтобы присоединиться к нему, но безуспешно. Азам отправился на север, чтобы противостоять брату, оставив свою артиллерию. Султан Муаззам получил в свое распоряжение императорские сокровищницы и артиллерийские парки в Лахоре и Агре. Два брата встретились в бою при Джаджу, недалеко от Самугарха, 18 июня 1707 года. Азам Шах был разбит и убит; Зуль Фикар Хан досрочно отозвал свои войска. Обе группировки приняли правление Бахадур-шаха.
Султан Муаззам получил титул Шах-Алам как принц и стал править как Бахадур-шах. За свое короткое правление он уладил конфликты с маратхами и сикхами, которые так долго мучили его отца. Он был эффективным правителем, но его успех был временным и поверхностным. Сначала он разобрался с Раджастаном и Пенджабом. В Раджастане Аджит Сингх воспользовался войной за престолонаследие, чтобы изгнать могольские войска из Джодхпура и заручиться поддержкой двух других важнейших раджпутских правителей - Джай Сингха из Амбера (внука Джай Сингха времен Аурангзеба) и Амара Сингха из Мевара. В Джодхпуре Аджит Сингх приказал разрушить мечети и запретил мусульманские молитвы. После двух лет могольских экспедиций и сложных политических маневров все три раджпутских князя получили право на управление своими княжествами в качестве ставленников Моголов. Бахадур-шах, по-видимому, считал возобновившееся восстание сикхов, расположенных ближе к Лахору/Дели/Агре, большей угрозой, чем раджпуты.
Лидер сикхов, Гуру Гобинд Сингх, участвовал в борьбе против могольского губернатора Сирхинда Вазир Хана в последние годы правления Аурангзеба. Вскоре после Джаджу он посетил Бахадур-шаха, надеясь заручиться его поддержкой в борьбе с Вазир-ханом. Прежде чем Гобинд Сингх смог договориться с Бахадур Шахом, его убили убийцы, вероятно, агенты Вазир Хана. Его смерть положила конец линии десяти сикхских гуру и положила начало новой эре сикхского сопротивления могольской власти под руководством его агента Банды, который мобилизовал крестьян-джатов Пенджаба. Сикхские войска начали крупные операции в ноябре 1709 года и разгромили Вазир-хана в мае 1710 года. В течение нескольких месяцев они господствовали в Пенджабе, за исключением Дели, Лахора и нескольких других городов. Банда принял титул падишаха (императора) и отчеканил монеты, тем самым заявив о своем суверенитете. Бахадур-шах двинулся на север, чтобы устранить эту угрозу, но умер в Лахоре 27 февраля 1712 года, так и не успев вступить в бой с сикхами.
Ситуация с маратхами с самого начала была неподконтрольна Бахадур-шаху. Сразу после смерти Аурангзеба Азам Шах позволил Шауджи, сыну Шамбхуджи, который воспитывался в качестве заложника при дворе Великих Моголов, уехать и бороться за лидерство в маратхах против своей тети Тары Бай, вдовы Раджарама, действующей от имени своего сына Шиваджи. Когда Бахадур-шах прибыл на юг, чтобы противостоять Кам Бахшу, он наградил Шахуджи высоким чином в обмен на его сотрудничество. Когда Бахадур-шах вернулся на север, он назначил Зуль Фикар-хана губернатором Декана. Зуль Фикар Хан, чья фракция последовательно поддерживала компромиссный мир с маратхами, предложил Шахуджи заключить соглашение, по которому последний становился губернатором Декана с 35-процентной долей доходов провинции. Тара Баи сделала встречное предложение, потребовав лишь 10 процентов доходов. Бахадур-шах отказался выбирать, и до конца его правления армии маратхов, хотя бы формально связанные с Шахуджи или Тара Баем, опустошали большую часть южных и центральных провинций империи. Незадолго до смерти Бахадур-шаха Дауд-хан Панни, исполнявший обязанности губернатора Декана, предоставил Шахуджи желаемые условия, но это соглашение не оказало существенного влияния. Моголы потеряли эффективную власть в Декане.
Заключительная фаза