Хотя походы Тимура прошли от Смирны до Дели и от Персидского залива до евразийских степей, он не пытался установить прямой контроль над завоеванными территориями. Он предпочитал создавать правителей-клиентов, как правило, из ранее существовавших династий. Его реорганизация османских территорий отражала эту практику. Он восстановил бейлики, завоеванные Баязидом, и разделил оставшуюся османскую территорию между тремя сыновьями Баязида, внедрив таким образом коллективный суверенитет и систему уделов. Сулейман управлял европейскими владениями, а Иса и Мехмед разделили османские владения в Анатолии. Баязид умер в плену у Тимура в 1403 году. Коалиция западных держав, включая Венецию, Геную и Византийскую империю, заставила Сулеймана отказаться от Салоники в том же году.
Османская империя оставалась разделенной до 1413 года; последствия разделения длились еще несколько десятилетий. Схема событий, приведших к воссоединению, трудно поддается детальной реконструкции. Балканские княжества искали выгоду, поддерживая разных претендентов на османский престол; не было эффективной христианской солидарности. Мехмед победил Ису, Сулеймана и третьего брата, Мусу, чтобы воссоединить империю. Окончательная победа Мехмеда I над Мусой отразила изменение баланса сил в империи. Муса вступил в союз с гази и их формой ислама, даже сделал одного из популярных суфийских шейхов своим главным религиозным чиновником. Его поддержка популярного мистицизма оттолкнула религиозный истеблишмент Османской империи, а последующие попытки установить контроль над газисами настроили их против него. Воссоединение не положило конец серьезным проблемам с положением Мехмеда. В Анатолии главную угрозу представлял Караман; в Европе и на Адриатике Венеция поддержала против Мехмеда еще одного брата, Мустафу. Мехмед также столкнулся с двумя восстаниями гулатов - под предводительством шейха Бадр аль-Дина в Добрудже, на побережье Черного моря близ устья Дуная, и в западной Анатолии. Мехмед эффективно справился со всеми этими проблемами. К моменту своей смерти в 1421 году он укрепил империю как в Европе, так и в Азии, хотя она была меньше, чем в 1402 году.
Своим преемником Мехмед назначил своего сына Мурада. Мурад II столкнулся с двумя соперниками, обоих звали Мустафа. Старший Мустафа, его дядя, укрывшийся в Константинополе после поражения Мехмеда, при поддержке византийцев получил контроль над Румелией (османскими владениями в Европе) и вторгся в Анатолию в 1421 году. Мустафа получил значительную поддержку от газисов румелийского пограничья, а также от византийцев, но Мурад пользовался поддержкой центральной администрации, включая янычар. Гази, которые поддерживали Мустафу в надежде, что он даст им свободу действий в Европе, не поддержали бы его в кампании против Мурада в Анатолии.
Мурад разбил Мустафу в битве под Бурсой, а затем осадил Константинополь из-за того, что император поддержал Мустафу. Однако он усилил осаду, чтобы справиться с младшим Мустафой, своим родным братом. При поддержке восстановленных бейликов Мустафа вторгся в Османскую Анатолию в 1422 году. Мурад победил брата в битве и в 1422-1428 годах отвоевал все бейлики, кроме Карамана и Джандара, которые составляли буфер против сына и преемника Тимура, Шах-Руха. После этой кампании Мурад стремился к стабильности, а не к экспансии на востоке.
В Европе Мурад столкнулся с двумя основными конкурентами за византийское территориальное наследие, Венецией и Венгрией, а также с самими византийцами. У османов было два крупных вассальных государства - Валахия и Сербия. Венеция стремилась защитить и расширить свои морские владения вокруг Адриатического и Эгейского морей, в первую очередь город Салоники, который византийцы уступили Венеции в 1422 году. Король Венгрии Сигизмунд стремился завоевать сюзеренитет над Боснией, Сербией и Болгарией, распространив свою власть вниз по Дунаю, но не смог этого сделать и в 1428 году заключил перемирие с Мурадом. Военные действия между османами и Венецией закончились завоеванием Салоники в 1430 году. Через год после смерти короля Сигизмунда, в 1437 году, Мурад ввел свои войска в Трансильванию, продемонстрировав свою способность вторгнуться в Венгрию, а в 1439 году османы заняли Сербию. В 1440 году Мурад совершил первую из многих османских атак на венгерскую крепость Белград, которая контролировала Дунай.
Теперь Мурад встретил грозного противника в лице Иоанна Хуньяди, трансильванского дворянина, который стал эффективным правителем Венгрии. Хуньяди разгромил османские экспедиции в Трансильвании в 1441 и 1442 годах и возглавил наступление через Дунай в 1443 году. В 1444 году, столкнувшись с нападением Карамана, Мурад подписал договор с Хуньяди в Эдирне, согласившись на восстановление сербской монархии в обмен на гарантии венгров не переходить Дунай. Мурад заключил аналогичный договор с Караманом, пойдя на территориальные уступки в обмен на стабильную границу.