Как и османская армия, османский флот имел то, что можно назвать провинциальными и центральными компонентами. Понимание османского флота требует понимания того, что Джон Фрэнсис Гилмартин называет средиземноморской системой ведения войны. В своей книге "Порох и галеры", одной из самых важных работ в военной историографии последних десятилетий, он отличает средиземноморскую систему от типа морской войны, изображенного Альфредом Тайером Мэхэном. Военные галеры доминировали в Средиземном море, но галерные флоты не могли оставаться в море достаточно долго для установления и поддержания блокады. Торговля и ее следствие, пиратство, продолжались независимо от того, выигрывали ли сражения османы, Габсбурги или венецианцы. Поскольку контроля над морем не существовало, ни одна из воюющих сторон не пыталась его получить. Морская война существовала на двух уровнях. Центральная деятельность основных участников боевых действий, которая привела к великим сражениям, таким как Превеса и Лепанто, и осадам, таким как османское завоевание Кипра и неудачная попытка взять Мальту в 1565 году, была связана с завоеванием точек на суше. Такие кампании дополняли постоянную морскую малую войну, в которой набеги, пиратство и торговля пересекались и взаимодействовали. Таким образом, мусульманские корсары в Средиземноморье были помощниками Османской империи в войнах против Венеции и Габсбургов, хотя и не оплачивались и не содержались из османской казны. Эти силы составляли то, что можно назвать османским провинциальным флотом. Эти два уровня военных действий взаимодействовали. Габсбурги стремились захватить Джербу, чтобы отбить ее у пиратов-гази; османы атаковали Мальту, чтобы вывести из строя пиратов-крестоносцев из рыцарского ордена Святого Иоанна и сделать базу доступной для своих рейдеров, или провинциального флота.
Османы создали собственный центральный флот как вспомогательный для своих экспансионистских войн в Европе. Союз с Генуей сделал возможной османскую экспансию в Европу, но отсутствие флота под контролем Османской империи сильно ограничивало ее операции. Османский флот впервые появился в 1416 году; он постоянно рос и развивался на протяжении XV века и стал способен эффективно противостоять венецианцам в ходе Османо-венецианской войны 1499-1502 годов. Когда позже, в XVI веке, османы столкнулись с Габсбургами, на стороне которых выступал грозный генуэзский адмирал Андреа Дориа, им пришлось адаптироваться, чтобы принять вызов. Османский флот, построенный и обслуживаемый на крупных военно-морских верфях в Галлиполи и Галате, был физически грозным, но ему не хватало эффективного руководства. Таким лидером стали североафриканские корсары.
Растущее влияние османов привело к тому, что в 1487 году мусульмане Гранады, последнего мусульманского государства на Пиренейском полуострове, попросили о помощи. В ответ Баязид II снарядил экспедицию во главе с корсаром Камалем Рейсом, чтобы изучить ситуацию в западном Средиземноморье. Эта экспедиция положила начало османским связям в Северной Африке, которые привели к созданию Алжира и Туниса в качестве османских провинций и распространению борьбы между Габсбургами и османами на эту арену. Османские корсары использовали североафриканские базы с 1487 по 1495 год, когда Баязид отозвал их для усиления имперских войск. Но моряки также иммигрировали в Северную Африку из восточного Средиземноморья. Эти новые корсары стали лидерами мусульманского сопротивления испанской и португальской экспансии в Северной Африке. К правлению Селима I они уже не могли справиться с силами Испании, и их лидер, знаменитый Хайр ад-Дин Барбаросса, бежавший с османской территории после поддержки Коркуда против Селима, попросил помощи у Константинополя. Он предложил османам суверенитет над Алжиром, который в 1519 году стал бейлербейликом (провинцией; см. раздел о провинциальном управлении).
Морское соперничество между двумя империями продолжалось до середины XVI века, когда османы обратились к своим континентальным заботам, а испанцы - к своим трансатлантическим. Это изменение фокуса совпало с упадком средиземноморской системы ведения войны. Оба этих изменения были чрезвычайно сложными по своим причинам и последствиям. Гильмартин связывает эти изменения с рядом технических разработок и тактических реакций, а также с финансовыми и демографическими факторами. В Османской империи использование осадной артиллерии при взятии Константинополя и таких менее значительных осадах, как завоевание Корона и Модона в 1500 году, показало эффективность новых осадных орудий. Укрепления нового поколения сделали осаду Родоса в 1522 году долгой и трудной и не позволили османам взять Мальту в 1565 году. И снова взятие крупной крепости, будь то на суше или с помощью амфибийной кампании, стало дорогостоящим и длительным мероприятием. Этот военный тупик привел к территориальной стабильности в средиземноморском мире.