В целом внутреннее положение Империи при Марке Аврелии было относительно спокойным, хотя это не означало, что все социальные противоречия в сложном имперском обществе были разрешены. На протяжении всего своего правления Марку Аврелию пришлось не только решать проблему смягчения социальной напряженности через проведение умелой внутренней политики, но и применять силу оружия против недовольных инсургентов. Так, в 162 г. вспыхнуло восстание в Британии. В 175 г. произошло провозглашение императором наместника Сирии Авидия Кассия, которого поддержали оппозиционные центральному правительству круги восточных провинций и Египта. Несколько раньше, в 172 г., в Нижнем Египте разразилось сильное восстание египетских пастухов (их называли буколами), которых возглавил «пророк», видимо, местный священнослужитель Исидор (восстание буколов). Восставшие создали некоторую военную организацию, сумели разогнать местные гарнизоны и охранные римские отряды, и лишь прибытие в Египет легионов, вызванных из Сирии, смогло успокоить восставшее население.
Однако большие осложнения произошли в правление Марка Аврелия на внешних границах Империи. По иронии судьбы один из самых миролюбивых по своей натуре римских императоров, склонный к занятиям философией и риторикой, проявляющий большой интерес к проблемам образования, был вынужден почти все годы своего правления проводить в тяжелых войнах, которые угрожали Империи большими неприятностями. Вскоре после провозглашения императором Марк Аврелий был вынужден начать трудную войну с Парфянской державой. В 162 г. энергичный парфянский царь Вологез III направил свои войска в Армению и подчинил ее своему влиянию. Попытка римского наместника Каппадокии вытеснить парфян из Армении закончилась поражением римских войск у города Элегеи. Развивая свой успех, Вологез III переправился через Евфрат и захватил часть ключевой в системе римских владений на Востоке провинции Сирии. Положение становилось угрожающим для всей системы римской власти на Востоке. Нужно было срочно принимать решительные меры. В помощь восточной армии пришлось переводить часть рейнских и дунайских легионов, вынужденно ослабляя дунайскую и рейнскую границы. Во главе сильной военной группировки был поставлен соправитель Марка Аврелия Луций Вер, а его помощниками были назначены лучшие полководцы Империи Авидий Кассий и Стаций Приск. Парфяне были вытеснены из Сирии и Армении, а римские войска оккупировали большую часть Месопотамии, включая парфянские столицы Селевкию и Ктесифон. Однако закрепиться в захваченной Месопотамии римлянам не удалось, население их не поддержало. К тому же в Месопотамии в это время вспыхнула эпидемия чумы, которая была занесена и в римскую армию. Римляне спешно покинули Месопотамию, понеся большие потери от эпидемии и от парфян. Более того, отступающие римские войска занесли страшную болезнь на территорию восточных провинций, откуда она распространилась в Италии, а затем и в некоторых западных провинциях, свирепствуя в Империи до середины 180 г., опустошая города и поселения. Несмотря на эти неудачи, римлянам удалось заключить с Парфией довольно выгодный мирный договор, по которому к Империи отходила Северная Месопотамия, а Армения признавалась входящей в сферу римских интересов (166 г.)