С другой стороны, основной базой колонизации по-прежнему являлись редукции — поселения, предназначенные исключительно для индейцев, — энкомьенды и репартимьенто, несмотря на неудовлетворительные результаты такой организации. Сначала редукции, вызывающие возражения с других точек зрения, не являлись средством притеснения индейцев. В этих поселках, где жили одни туземцы, не смешиваясь с испанским населением, где алькальдами были индейцы, а единственными представителями белых являлись священник и коррехидор или королевский чиновник, очевидно, не было места злоупотреблениям, тем более, что там, как мы знаем, уважались старинные обычаи (если они не противоречили христианству). Однако вскоре начали проявляться злоупотребления, иногда вследствие административного произвола, а главным образом в силу того, что представители власти, являясь одновременно и сборщиками податей, и единственными поставщиками продуктов питания (подобно заводчикам, содержащим лавки в современных рабочих поселках), могли притеснять индейцев экономически. Кроме того, от борьбы вокруг вопросов юрисдикции, завязавшейся между священниками и коррехидорами, страдали те же индейцы, которые обычно платились за чужие провинности и недовольство. По этим причинам через некоторое время многие редукции опустели. Законы, касающиеся Индий, разрешали индейцам в известных случаях жить в своих прежних поселениях (например, в Новой Испании) со своими старыми касиками, но этого было недостаточно, чтобы устранить все недостатки редукций, которые, впрочем, как увидим дальше, в других отношениях заслуживали одобрения.
В изучаемый период королями нередко жаловались новые энкомьенды, например, в Перу — грамота от 8 марта 1533 г.; в Гватемале — распоряжение от 20 февраля 1534 г.; в Мексике, в Ла Плате. Кроме того, приказано было соблюдать условия энкомьенд, дарованных ранее (грамота от 25 октября 1523 г.), запрещалось покидать их без предварительного судебного решения (распоряжение от 30 марта 1536 г.), причем признавалось право передачи их по наследству (приведенный выше документ), но запрещались продажа, отказ, передача в другие руки, обмен и другие действия, из которых проистекало немало зла (различные законы начиная с 1540 г. и до царствования Карла II). Однако в этом вопросе было немало колебаний. В инструкциях 1523 г., относящихся к Мексике, были решительно запрещены новые энкомьенды и отменены пожалованные ранее, что являлось следствием петиции кортесов того же года, направленной против энкомьенд; в общем уставе 1542 г. речь шла об уничтожении или отмене всех репартимьенто; однако грамота 1545 г. восстанавливала старый обычай, санкционированный снова законом от 1 апреля 1580 г., который был вызван серьезными беспорядками в Перу и случаями неповиновения в других областях.
Наконец, к злоупотреблениям привело также разрешение использовать индейцев на работе в рудниках, посылать их на общественные работы и т. д.; на рудниках, принадлежавших королю, эта повинность была обязательна, она называлась мита (