В 1772 году императрица Екатерина приняла решение в целях ознакомления с положением в стране созвать законодательную Комиссию из представителей всей страны. От Донского Войска были отправлены шесть человек, избранные двустепенной подачей голосов. В состав избранных вошли: Суслин Никифор, Иван Янов, Димитрий Мартынов, П. Дулимов и два старика – Тимофей Набоков и Василий Ерофеев. Наказом Войска намечены были изменения порядка присутствия членов войсковой канцелярии, чтобы не допускать в состав ее неграмотных, «которые по делам воинским и гражданским чинят без подписывания определений, с одной только краткой пометкой и в конце краткой от писаря запиской. Посему, – указывалось в наказе, –
Проекты эти не получили пока высочайшего утверждения, но они показывали на желаемые изменения в управлении Войском. Дело атамана Ефремова продолжалось до его смерти, последовавшей в 1774 году в таганрогской крепости, куда он был переведен из Перлова. Ему вменялась в обвинение и государственная измена. Атаман Кирсанов и старшина Юдин обвиняли его в сношениях с кабардинскими князьями и с пограничными татарами, говорили о заявлении его, как будто грозившем «натрясти бед России, о которых она не скоро забудет…». Обвинение это против Ефремова заставляло русское правительство во время пугачевщины внимательно посмотреть на положение на Дону.
Донские казаки оказались не причастными к пугачевскому бунту, и, наоборот, из 2-й против турок действующей армии были отпущены 14 донских полков «для усмирения народного бунта, поднятого государственным злодеем Пугачевым». Во главе казачьих полков стояли: Иловайский, Платов и Луковкин. Луковкин со своими полками нанес поражение отрядам Пугачева, с которыми последний имел намерение укрыться на Дону, у станиц Етеревской и Медведицкой. Платов уничтожил отряды мятежников в Воронежской и Казанской губерниях. Иловайский преследовал Пугачева за Волгу и принял его из рук выдавших его казаков в Яицком городке. После разгрома мятежников 14 казачьих полков оставались на случай усмирения бунта в центральных губерниях 5 лет.
В июле 1774 года Потемкин, состоявший вице-президентом Военной коллегии и генерал-губернатором Новороссийского края, был назначен начальником всей легкой кавалерии иррегулярных войск, в число которых входили: Донское, Яицкое, Волжское казачьи войска и Хоперский, Моздокский, Азовский, Таганрогский, Кизлярский и Чугуевский казачьи полки. Ему было поручено произвести необходимые преобразования на Дону и завершить окончательное замирение Яицкого войска. Яицкое войско было переименовано в Уральское. Казачье представительство было отменено, назначение атамана предоставлено высочайшей власти, артиллерия была отобрана, и в Яике был поставлен постоянный гарнизон регулярных войск.
В 1775 году, по представлению Потемкина, императрицей были утверждены положения об управлении Войска Донского, которыми указывалось:
«1) Учредить на Дону гражданское правительство, под именем войсковой канцелярии, которой, на основании общих империи законов, предоставить как и расправу земскую, так и все хозяйственные распоряжения, сборы доходов, проверку расходов, и все до промыслов и торговли относящееся.
2) Правление это подчинено главнокомандующему Донского Войска кн. Потемкину, которому, по избранию его, назначить из старшин двух непременных членов, а четырех других определить по общему выбору на год.
3) Войсковому атаману, под ведением главнокомандующего, управлять военной частью так, как генералы управляют вверенными им войсками, по указанию Военной коллегии или иного высшего правительства.
4) Ему же, атаману, присутствовать в канцелярии как председателю, дела же решать по большинству голосов, а в случае спора представлять на разрешение кн. Потемкина.
5) Как казацкие старшины и прочие выборные люди, не имея чинов, оставались во всю жизнь без производства и повышения, то в отвращение сего повелено: старшинам, командовавшим полками в походе, объявить штаб-офицерский чин и считать их за уряд младшими перед армейскими секунд-майорами. При производстве их в полковники выдавать им из Военной коллегии патенты. Есаулов же и сотников признавать и обращаться с ними, как с обер-офицерами».
Войсковым атаманом был утвержден Иловайский, и 5 мая 1775 года ему позволено было иметь при себе для внутренней службы один казачий полк, которому называться – атаманский. Казаки не были довольны этим постановлением, ибо чины и достоинства уничтожали права их Круга и существовавшее до сих пор между ними равенство, устранялось также право свободного выбора. Императрица Екатерина поэтому и не торопилась проводить эти меры в жизнь, и при ее жизни производств в чины было не много.
