Путь движения Пугачева сопровождался пожарами деревень, грабежом имений и обезображенными трупами владельцев. Михельсон гнался за ним по следам. Отступление Пугачева по центральным губерниям походило на бегство. Отступая на юго-восток, Пугачев имел в виду отойти в земли Войска Донского, но, получив сведения, что атаман Войска Сулин приготовил несколько полков для встречи мятежников, повернул к Волге. Михельсон настиг Пугачева у Черного Яра и нанес ему сокрушительное поражение. 25 августа Пугачев с несколькими казаками переправился через Волгу, имея в виду овладеть городком Гурьевом, пополниться и идти на Каспийское море. В отряд Михельсона прибыл Суворов и, переправившись через Волгу, приказал всем отрядам двигаться к одному пункту, где старались укрыться остатки мятежников с «императором Петром».
14 сентября казаки в селении Узени обезоружили Пугачева, привели его в Яицкий городок и передали генералу Иловайскому, начальнику отряда донских казаков, и туда прибыл Суворов. Приняв пленника, Суворов, лично наблюдая за ним, отправился в Симбирск и затем в Петербург. В начале 1775 года Пугачев был казнен на Болотной площади. Смертной казни были преданы пять ближайших соратников Пугачева.
По Кучук-Кайнарджийскому миру Россия приобрела Азовское побережье, и влияние ее в Крыму становилось господствующим. Многовековая борьба с азиатским миром оканчивалась победой России. Победа эта, однако, была не окончательной. Турция согласилась на эти условия только в силу сложившихся тяжелых обстоятельств и не торопилась приводить их в исполнение. Она не выводила войска с Тамани и готовилась к новой войне, поднимая против России крымских и ногайских татар. И русские войска, хоть и были выведены из-за Дуная в 1775 году, но 2-я армия оставалась на южных границах и содержалась в полной готовности, занимая следующее положение: против Крыма был расположен корпус Прозоровского: 8 полков пехоты и 4 кавалерии, артиллерийский полк и 7 полков донских казаков. Корпус генерала Токиллио, в составе которого находилось 4 полка донских казаков, был расположен в Польше, в правобережье Днепра корпус генерала Бриякина – на Кубани.
Под влиянием активизирующей деятельности турок на Кубани и в Крыму начинались народные мятежи, поэтому части корпуса Прозоровского были введены в Крым, и шахом был поставлен сторонник России – Шатин-Гирей. Турция же на помощь восставшим готовила флот. Но мятеж был усмирен до прибытия турецкого десанта.
Главной производительной силой в Крыму были христианские народы – в основном греки и армяне. В их руках сосредоточилось земледелие, садоводство, составлявшие главные доходы крымских ханов. Румянцев приказал Суворову выселить все христианское население из Крыма в Азовскую область, в результате чего из Крыма было выселено 30 000 греков и армян. Хану были уплачены убытки, влиятельным лицам были обещаны подарки, и в Крыму было восстановлено спокойствие.
После проведения необходимых мер в Крыму Суворов был назначен начальником войск на Кубани. Прибыв на Кубань, Суворов начал принимать меры к умиротворению края. Главную угрозу составляли набеги горских народов. Суворов произвел рекогносцировку Тамани и устья Кубани и наметил места для постройки крепостей. Турецкий флот все время находился в устье Кубани и поддерживал связь с населением, среди которого было немало сторонников Турции. Для усиления войск Суворов просил прислать ему донских казаков.
В августе 1782 года Суворов получил от Потемкина назначение командовать кубанским корпусом. 28 июля 1783 года ногайцами была принесена присяга на подданство императрице Екатерине. По проекту Потемкина ногайцы должны были быть переселены в уральские степи. Это вызвало среди ногайцев волнение. Потемкиным было принято решение повременить. Однако Суворов приступил к выполнению приказа и начал отправлять ногайцев небольшими партиями вдоль постов, установленных от реки Еи до Дона. Ногайцы в пути подняли открытый мятеж, перебили сопровождавшую команду русских и пошли обратно в свои прежние кочевья. Мятеж распространился среди всех орд, и ногайцы двинулись за Кубань. Крымский хан, ставленник русских, тоже примкнул к ногайцам, покинул Крым и прибыл на Кубань. Потемкин приказал Суворову выслать его в Крым, но хан бежал к кубанским горцам. Решено было остановить мятеж. В сентябре Суворов выступил с 16 ротами, 16 эскадронами, 6 полками донских казаков и 15 орудиями. Поднявшись вверх по Кубани, к его отряду присоединилось еще 10 полков донских казаков с атаманом Иловайским. Переправившись через Кубань, Суворов напал на ногайцев, хотя нападение это больше напоминает простую резню. Убитых ногайцев оказалось до 2000 человек. После этого Иловайский с казаками двинулся по правому берегу р. Лабы, а Суворов – левым. У урочища Сарачитер татары снова были атакованы, убито было их до 1000 и взято в плен 1000 человек.
