За победу над ногайцами казаки получили от Суворова 4000 пленных, 30 000 лошадей и до 20 000 овец. Этим походом мурзы были приведены в покорность и обещали вернуться в прежние места. Но татары, напуганные, стали тысячами уходить с Кубани и из Крыма в пределы Турции. Крымский хан Шагин-Гирей зиму 1783–1784 года находился среди кубанских татар, но Суворов убедил его возвратиться в Крым.
Покорение Крыма и вынос границ России на линию Кубани совершенно изменили и общее положение в степной полосе и черноморско-азовское побережье. Азиатские народы, составлявшие в течение веков непосредственную угрозу казакам и границам московских владений, прекращали свое существование. Событие это должно было внести изменения и во внутренний быт донских и днепровских казаков. Потемкин после Первой турецкой войны был занят организацией присоединенного края. Он производил на юге постройки укрепленных пунктов, увеличивал число войск и спешно строил верфи и флот для Черного моря. Торопясь заселить земли пустынного края, привлекал инородцев. С 1776 года весь южный и юго-восточный край был объединен под одной властью, и Новороссийский край, Астрахань и Приазовье составили генерал-губернаторство, управляющим которого был назначен Потемкин.
Левое побережье Днепра до Крыма получило название Малороссии и было разделено на три губернии, границы которых не совпадали с границами полковых районов днепровских казаков. Во внутренней организации казачьих поселений производились важные изменения. Судьба каждого казачьего образования зависела теперь от сложившегося внутреннего их быта и меры приспособленности к условиям мирного труда. Наименее пригодными к мирному образу жизни оказались запорожские казаки. По своей организации они были приспособлены исключительно для военной жизни. С прекращением военных набегов и необходимости отражать их они должны были прекратить свое существование. В 1775 году указом императрицы Запорожская Сечь, по выражению в указе, «как богопротивная и противоестественная община, не пригодная для продления рода человеческого», уничтожалась. Запорожская Сечь, учрежденная вначале как стража, мало-помалу превратившаяся в особое сонмище, вконец разрушалась, и с уничтожением Сечи исчезало самое название запорожских казаков. Часть запорожских казаков рассеялась, а часть бежала в Турцию и образовала Сечь в Добрудже.
Днепровские казаки превращались в полки регулярной армии, они составили Острожский, Изюмокий, Ахтырский и Харьковский полки и были превращены в гусарские полки. Слободское приднепровское население было превращено в «слободскую украинскую губернию».
Донские казаки, чьи атаманы теперь утверждались верховной властью, что усилило также власть старшины, переживали сильные внутренние непорядки. В 1764 году по жалобам казаков была назначена комиссия для проверки экономического положения на Дону. В 1772 году, по заключению комиссии, включавшей атамана Кирсанова и старшину Юдина, атаман Степан Ефремов оказался не в состоянии дать отчетность по веденному им хозяйству на Дону и с 8 на 9 ноября 1772 года был арестован и отправлен в Москву. Главные обвинения, предъявленные ему, заключались в незаконном захвате большой площади земель, взяточничестве и лихоимстве. Он был осужден и сослан в Сибирь. Вместо него атаманом Войска был назначен Алексей Иванович Иловайский.
Дело атамана Данилы Ефремова, благодаря совпадению во времени с начавшимся бунтом Пугачева, принимало характер не только экономических непорядков на Дону, но и связывалось с отношением его к российской императорской власти. Степан Ефремов был атаманом на Дону «наследственным», назначенным при его отце, пожизненном атамане Войска. Он имел личные заслуги перед императрицей. В 1762 году, будучи во главе легкой станицы в Петербурге, Степан Ефремов принимал участие в перевороте 28 июня, возведшем Екатерину на престол. За участие станицы в походе на Ораниенбаум Ефремову была пожалована сабля в серебряной оправе с именем императрицы. Старшины Поздеев, войсковой дьяк Янов, есаулы Сулин и Ребриков получили именные золотые медали в 30 червонцев с надписью: «30 июня 1762 года». В 1765 году Степан Ефремов, чтобы укрепить положение атамана на Дону, представил в Военную коллегию проект коренного преобразования управления Войска, в котором предлагал: «В войсковой канцелярии по назначению атамана и его председательством присутствуют восемь искусных и сведущих старшин для заведывания текущими военными и гражданскими делами. Все Войско Донское разделяется на 20 полков постоянных по 600 человек и по 100 резервных каждый, всего рядовых 12 000, готовых выступить во всякое время, в несколько дней по первому требованию. Остальные же казаки во время командирования 20 полков на службу должны оберегать русские границы и казачьи городки от набегов татар. Название полкам дать по главным казачьим городкам, и платье они должны иметь казачье одноцветное. Назначение полковников и старшин в полки зависит от власти атамана. Суд должен производиться в войсковой канцелярии».
