1 ноября 1956 г. папа обратился к всемирной церкви с новой энцикликой, «Laetamur admodum», в которой сказал о том, каким великим событием является освобождение Миндсенти и Стефана Вышиньского, а также о том, каково значение освободительной борьбы двух наций, венгров и поляков: «наконец-то народам Польши и Венгрии забрезжила заря нового мира, основанного на справедливости». В то же время он выразил тревогу в связи с Суэцким кризисом, увидев в нем опасность новой мировой войны. Кардинал Миндсенти же в своем радиовыступлении 3 ноября первым делом поблагодарил Рим. «Прежде всего хочу выразить свою личную благодарность Святому Отцу, Его Святейшеству папе Пию XII, за то, что он так часто вспоминал о главе венгерской католической церкви».
Если папа с неподдельной радостью и симпатией следил за освободительной борьбой венгерской нации, надеясь на ее победу, то с еще большим сочувствием он отнесся к постигшей ее новой трагедии. На второй день советской агрессии, 5 ноября, в энциклике «Datis nuperrimus» он возвысил голос в защиту венгров, осудил насилие и призвал католиков всего мира также выразить свой протест. Вскоре после этого, 10 ноября, он вновь обратился по радио к народам и лидерам наций с эмоциональной речью, в которой, повторяя пафос предыдущей энциклики, еще раз осудил агрессию, особо упомянув кровавые события в Венгрии. Выступления папы сыграли большую роль в том, что в эти недели и месяцы во всем мире, но главным образом в Западной Европе и Америке состоялись грандиозные демонстрации в поддержку освободительной борьбы венгров и с осуждением русских и правительства Кадара.
Заявлений, речей и письменных работ Пия XII, посвященных общественным вопросам, за два десятилетия его понтификата накопилось на три объемистых тома. При этом, в отличие от своих предшественников, он не брался излагать в энцикликах и выступлениях аутентичную позицию церкви касательно социальных проблем, роли рабочего класса и «реального» социализма. В то же время в своих речах и высказываниях он с одобрением отзывался о разворачивающейся в Западной Европе социальной рыночной экономике, которая развивалась в рамках политических институтов парламентской конституционной демократии.
Во время войны папа предоставил теологам еще большую свободу, чем его предшественник. Его энциклика «Mystici corporis» от 29 июня 1943 г., посвященная институту католической церкви, сущности церкви, вызвала бурную дискуссию. Дело в том, что папа видел в церкви мистическое тело Христово, этот его тезис часть теологов и поставили под сомнение. В энциклике «Divino afflante spiritu» от 30 сентября 1943 г. Пий XII предоставлял исследователям бóльшую свободу в изучении Библии, особенно в применении научных методов. Однако со второй половины 40-х годов Пий XII отвергал принцип cogestio (соправление, сотрудничество). Так, в энциклике «Mediator Dei et hominum» от 27 ноября 1947 г. он попытался сугубо авторитарным путем закрыть длившуюся на протяжении двадцати лет дискуссию о литургической реформе. В энциклике он объявил непригодным принцип концелебрации и установил в литургии строгий иерархический порядок. Непреодолимую пропасть между духовенством и мирянами он считал естественной. «Однако из того факта, что христиане принимают участие в Евхаристической Жертве, не следует, что они обладают равным образом священнической властью»[135], – читаем мы в энциклике. Папа считал ошибочным мнение, согласно которому священнической властью обладает или первоначально обладал каждый христианин. Заблуждение считать, будто иерархия священнослужителей возникла позже, а не была создана Христом. Эти утверждения в энциклике были направлены уже против церковно-исторических исследований и обновления теологической методологии.
С конца 40-х годов в теологических взглядах Пия XII произошел консервативный поворот. Его энциклика «Humani generis» от 12 августа 1950 г. содержала осуждение философских заблуждений Нового времени, возвращая тем самым церковь к курсу, проводимому Пием IX («Quanta сura») и Пием X («Pascendi»). Проникновение новейших результатов науки в теологию и историю церкви расценивали в Ватикане как проявление модернизма, и энциклика папы вызвала настоящий ураган критики со стороны неомодернистов. Идейно-идеологический поворот в воззрениях папы совпал с дальнейшим ужесточением его политической позиции и с осуждением прогрессивных католических движений.