Удивив всех неожиданным объявлением о созыве Вселенского собора, Иоанн XXIII на этом не остановился. 17 мая 1959 г. он назначил первую комиссию по подготовке собора. И обратился к епископам католической церкви, к монашеским орденам, к университетам с призывом вносить предложения по повестке дня собора, по проблемам, которые необходимо было обсудить. А 5 июня 1960 г. особым рескриптом создал Центральную подготовительную комиссию собора, в подчинении которой находились десять профилированных комиссий и два секретариата. Задачей этого органа была разработка проекта решений собора – с учетом мнений, высказанных в огромной массе поступающих предложений. Комиссиями под строгим контролем Курии были составлены 73 проекта решений, которые одобрила Центральная комиссия.
Папа проявлял нетерпение, стремясь ускорить ход подготовки собора. Одной из причин его нетерпения было, несомненно, то, что он был тяжело болен и знал свой диагноз (рак). Другой, еще более, пожалуй, серьезной причиной было желание помешать Курии саботировать собор. Конечно, у консерваторов, ссылавшихся на необходимость основательно, не спеша подготовиться к собору, была своя цель: поставить собор, как в свое время сделал Пий IX, перед свершившимся фактом, низвести его до уровня послушной машины для голосования.
25 декабря 1961 г. Иоанн XXIII в апостольской конституции «Humanae salutis» объявил о начале собора и одновременно о закрытии I Ватиканского собора. Этот акт имел принципиальное значение: тем самым папа воспрепятствовал стремлению интегралистов рассматривать предстоящий собор как продолжение I Ватиканского и на этом основании проводить его в духе Первого. На собор папа пригласил также и отколовшиеся христианские церкви. В моту проприо «Concilium» (2 февраля 1962 г.) папа назначил открытие собора на 11 октября 1962 г.
На торжественное открытие II Ватиканского собора в базилику Святого Петра прибыло 2540 делегатов. Заседания собора проводились там же. Второй Ватиканский собор был самым многолюдным собранием в истории церкви. Также впервые в истории церкви приглашение папы приняли 18 некатолических церквей. В своей речи на открытии собора, 11 октября 1962 г., Иоанн XXIII снова обозначил задачу собора в соответствующем духу времени обновлении церкви, в ее разумной реорганизации, с тем, чтобы церковь тем самым продемонстрировала понимание основных тенденций развития мира и присоединилась к этому процессу. Это был великий момент, своего рода увертюра новой эпохи. Отдав должное решениям Тридентского и I Ватиканского соборов, папа высказал пожелание, чтобы итогом настоящего собора стала церковь, открытая миру. Выход из самоизоляции, из осуждения всего нового, приток в древнее здание церкви свежего воздуха – все это может быть достигнуто не путем утверждения новых догм и тем более не путем осуждения и отрицания реальности, а посредством ясного, понятного для всех изложения существующих вероучительных истин. (Папа Иоанн неоднократно заявлял, что церковь располагает вполне достаточным количеством догматов, дефиниций и суждений; задача собора не в вынесении непогрешимых суждений о мире и вере, а в проведении конструктивных реформ. Действительно, II Ватиканский собор стал эпохальным событием, не приняв при этом ни одного нового догмата.)
Первая сессия собора проходила между 11 октября и 8 декабря 1962 г. (Председательствовали на заседаниях поочередно десять членов президиума, назначенного папой. Некоторые заседания начинались с богослужения, проводившегося попеременно по латинскому и греческому ритуалам.) Позитивный ход работы первой сессии парализовала борьба между консервативной партией интегралистов, поддерживаемой большинством Курии, и непримиримо противостоящими ей епископами, приверженцами реформаторских идей, выдвинутых прогрессивными теологами. Успех партии реформ зависел от того, сумеет ли она вырвать руководство собором из рук Курии и консервативной партии.
На первом же заседании, 13 октября 1962 г., произошло нечто вроде «путча». Президиум собора предложил, чтобы в состав десяти комиссий собора, занимавшихся разработкой проектов решений и предварительным обсуждением их, были доизбраны и так уже находящиеся там в явном большинстве куриальные и консервативные церковники. Однако против них выступили прогрессисты во главе с кардиналами Беа и Сюненсом, и они сумели переломить ситуацию в пользу прогрессивного лагеря. Французский кардинал Льенар предложил отложить довыборы комиссий, поскольку «соборные отцы» еще недостаточно хорошо знают друг друга. Его поддержал кельнский архиепископ кардинал Фрингс. Большинство собора приняло предложение оппозиции. Тем самым aggiornamento одержало на соборе первую большую победу. Президиум отложил довыборы. А 16 октября список оппозиции на довыборах собрал большинство голосов. Таким образом, в комиссиях (одна треть членов которых была назначена папой) было обеспечено нужное представительство прогрессистов.
