Прежде всего Иннокентий III реформировал папский двор. Он создал четкую, прозрачную систему канцелярского делопроизводства, дав пример организации современного чиновничьего государства. Иннокентия III по праву считают вторым основателем Папского государства. При нем Patrimonium Petri стал действительно государством, абсолютной монархией, где каждый подданный – не что иное, как чиновник, который находится под неограниченной властью единственного господина, папы. Вначале он добился максимальной ясности в Риме: потребовал от префекта, императорского назначенца, чтобы тот ушел в отставку, и вернул ему должность лишь в день папской интронизации, когда тот принес ему вассальную присягу. В отставку послал Иннокентий и сенатора, избранного народом Рима, и на его место назначил другого, послушного сенатора, который также признал себя вассалом. Подобным же образом Иннокентий требовал вассальной клятвы от всех сановников Папского государства – и добивался желаемого.
Германское владычество в Италии рухнуло в 1197 г., со смертью Генриха VI, и для Иннокентия III открылась возможность не только вернуть утраченные Церковным государством земли (recuperatio), но и добавить к ним новые. Для достижения своих целей папа пользовался разными средствами – например, с успехом играл на антигерманских настроениях итальянцев. Так, ему удалось вернуть Романью (вместе с Равенной), заполучить Анкону (провинция Марке). С присоединением герцогства Сполето (Умбрия) территория Папского государства обрела гораздо большую цельность. Иннокентию удалось решить – в свою пользу – вызывавший бесконечные споры вопрос о наследстве Матильды. Успешно реализовал папа свои права сюзерена и по отношению к Сицилии и Южной Италии. Влияние его значительно укрепилось при вдовствующей королеве Констанции, а когда королева скончалась (1198), она оставила завещание, по которому Иннокентий III стал регентом Сицилии и опекуном малолетнего Фридриха II. В период понтификата Иннокентия III папство прочно овладело, наряду с Patrimonium Petri, землями Анконы, Сполето и Радикофано (тоже так называемое наследство Матильды). Что же касается планов на Романью, Болонью и Пентаполь, то эти планы не смог до конца реализовать даже он, хотя считалось, что эти области тоже относятся к Церковному государству.
Иннокентий считал себя не просто vicarius Christi (наместником Христа), но главой христианского мира. Он вмешивался в каждое важное событие своей эпохи, беря на себя роль всеведущего судии, который способен сохранить или восстановить данный Богом порядок вещей. Иннокентий III рассуждал так: во главе каждой отдельной страны стоит король, но над каждой из них восседает на троне святой Петр и его преемник – папа, который, будучи сюзереном, жалует королю императорство. Подобного рода убеждения папе проще всего было реализовать в Германии, где бушевала гражданская война. В 1198 г. князья избрали сразу двух королей: Филиппа II (Швабского) и Оттона IV (Гогенштауфена). Папа поддержал Оттона, так как тот более убедительно пообещал уважать папские привилегии. Спустя какое-то время Филипп был убит, и на арене остался только Оттон, которого папа в 1209 г. короновал в императоры Священной Римской империи. Но после того как Оттон IV нарушил какой-то пункт договора, заключенного с папой, Иннокентий отлучил его от церкви (1210). Звон золотых монет, долетевший из Рима, магически подействовал на германских князей: они низложили Оттона, его место в 1212 г. занял шестнадцатилетний сын Генриха VI, Фридрих II, опекуном которого как раз и был папа.
Иннокентий III вмешивался и во внутренние дела других стран. В частности, его попытки найти новых вассалов в Англии увенчались успехом. Английский король Иоанн Безземельный, ввязавшийся в безнадежную войну с французами и рискующий потерять трон, попросил папу о помощи в борьбе и с французами, и с собственным дворянством. Иннокентий откликнулся на просьбу, потребовав взамен, чтобы король объявил свою страну ленным владением папы (это произошло в 1213 г.) и взял на себя обязательство выплачивать налог по 1000 марок в год.
Над расширением сферы своей власти как сюзерена и над приобретением новых вассалов Иннокентий III, с большим или меньшим успехом, трудился и в других регионах Европы: главным образом в Арагоне, Португалии, Дании, Польше, Чехии и Венгрии. Не раз вмешивался он в междоусобную борьбу за трон венгерских королей из дома Арпадов. Когда будущий король Андраш II был еще герцогом, папа под угрозой отлучения от церкви обязал его возглавить Крестовый поход в Святую землю. Когда король Имре завоевал Сербию, папа поддержал венгерскую экспансию на Балканах, ожидая, что Имре искоренит тамошние ереси (богумилов и патаренов).
