Свое верховенство над христианской Европой Иннокентий III обосновывал тем, что только под руководством церкви можно собрать силы для возвращения Святой земли. Однако Четвертый крестовый поход (1204), инспирированный самым могущественным папой Средневековья, был обращен не против язычников, а против отколовшихся христиан. Фальшивое идеологическое прикрытие с завоевательных войн постепенно стиралось. Первоначальной целью Четвертого крестового похода было, разумеется, отвоевание Святой земли. Но при Иннокентии III на первый план вышел вопрос восстановления унии с восточной церковью. В такой атмосфере нетрудно было обратить оружие крестоносцев, с вожделением смотревших на чужое добро, против раскольников. Закулисным кукловодом новой завоевательной авантюры стала Венеция. Этот богатый торговый город, город-республика, формально все еще находился под юрисдикцией Византии. В сущности же Византия стала для Венеции конкурентом в средиземноморской торговле. Чтобы устранить этого конкурента и обеспечить гегемонию Венеции в восточной части Средиземного моря, венецианский дож Энрико Дандоло и решил повернуть войско крестоносцев, шедшее на Иерусалим, против Зары, города в Далмации (город тогда был венгерским), а затем и против Византии. В 1204 г., после длительной осады, крестоносцы ворвались в Константинополь; последовали три дня грабежей и убийств, – в итоге город, тысячелетний оплот греческой культуры, был почти полностью разрушен. Великая Византийская империя ютилась теперь на узенькой полосе Малой Азии, между лагерями латинских рыцарей-христиан и турками. Рыцари-грабители провозгласили создание так называемой Латинской империи, которая на протяжении полувека обеспечивала возможность для систематического грабежа Балкан. Церковь и папа могли быть довольны: новый, латинский константинопольский патриарх возвратился в общее лоно церкви. Венеция же получила огромные военные трофеи.
Крестовый поход, обратившийся против христиан, показал, какому чудовищному искажению подверглась на протяжении всего одного столетия идея, которая в свое время питалась, по всей вероятности, вполне искренними религиозными чувствами. Пожалуй, самым абсурдным в период понтификата Иннокентия III был момент, когда даже не рыцари-грабители, а безумные фанатики объявили крестовый поход детей (1212). Принесенные в жертву абсурдной идее, дети уже в дороге гибли тысячами. Часть малолетних «крестоносцев» была посажена на корабли, но владельцы кораблей отдали их в руки пиратов, и дети попали в рабство. Какую-то часть детского «войска», огромной толпой бредущего из Германии в Италию, папе удалось все же вернуть домой.
Иннокентий III обеспечил папству неограниченную власть в сфере церковной администрации. Это продемонстрировал IV Латеранский Вселенский собор (11–30 ноября 1215 г.), который стал кульминацией и итогом понтификата Иннокентия. (В Латеранский дворец прибыло около пятисот епископов, восьмисот аббатов и представителей государей. Среди участников были патриархи Иерусалимский и Константинопольский.) Заседаниями руководил лично папа – как правовед. Вселенский собор выработал 70 канонов, касающихся главным образом реформы церковной жизни, вопросов вероучения, церковного права и церковной дисциплины, порядка проведения святой мессы, таинств исповеди и покаяния. Было принято решение, запрещающее создавать новые монашеские ордена. Принято постановление о борьбе с ересями, распространившимися на Балканах, в Северной Италии и Южной Франции: богумилами, патаренами, альбигойцами и вальденсами. Чтобы поддержать Крестовые походы против еретиков, в 3-м каноне были возведены в ранг церковного закона распоряжения папы по созданию инквизиции. И, наконец, собор объявил о создании унии всех христиан для подготовки нового Крестового похода за возвращение Святой земли.
Борьба против еретиков представляла собой одну из главных задач средневекового папства, так как ереси угрожали единству церкви. Еще III Латеранский Вселенский собор 1179 г. осудил вальденскую и альбигойскую ереси, но самые беспощадные меры против них были предприняты лишь при Иннокентии III. Своими корнями средневековые ереси восходят к временам григорианских реформ, когда внутри церкви появлялись, среди прочих, весьма радикальные ответвления реформаторства, направленные против церковной иерархии. В XI в. проявления радикализма еще удавалось подключать к успешному осуществлению реформаторских тенденций внутри папства.