После того как Далай-лама покинул Лхасу, повстанцы решили, что могут начать полномасштабное наступление на Народно-освободительную армию, а также на партийные и правительственные органы. 19 марта в Лхасе насчитывалось 7 тыс. повстанцев, вооруженных пушками и пулеметами. Они заняли дворец Потала, холм Чакпори, Норбулингку и многие другие здания в Лхасе, осадили штаб-квартиру Тибетского военного округа НОАК и Тибетский рабочий комитет КПК. 20 марта в оз:40 повстанцы перешли в наступление на органы местного самоуправления, НОАК и другие учреждения. В тот же день в 03:40 Тибетский военный округ решил нанести ответный удар силами двух полков при поддержке артиллерии. Народно-освободительная армия заняла укрепленную базу повстанцев на холме Чакпори в 18:00, прервав связь между мятежниками Норбулингка и Лхасой. После ночных боев войска НОАК освободили захваченные повстанцами крепости, за исключением монастыря Джокханг и дворца Потала. Утром 22 марта мятежники в них также сдались. Так восстание в городе было полностью подавлено. Далай-лама бежал в уезд Лхунцзе провинции Шаньнань 26 марта. На встрече с местной аристократией и мятежниками калон Сурханг от имени Далай-ламы XIV объявил о создании «Временного правительства Тибета». Уезд Лхунцзе был объявлен «временной столицей». «Временное правительство Тибета» немедленно выпустило заявление, в котором утверждалось, что Тибет уже много лет назад был «независимой теократией». 28 марта премьер-министр Чжоу Эньлай издал приказ, согласно которому силы Тибетского военного округа НОАК должны были подавить восстание и распустить «Временное правительство Тибета».
Подготовительному комитету Тибетского автономного района было поручено взять на себя местную власть. Панчен-ламу назначили исполняющим обязанности главы комитета в отсутствие Далай-ламы. Пагбала Гелег Намгяй был назначен на должность заместителя директора, а Нгапо Нгаванг Джигме – на должность второго заместителя и генерального секретаря. Государственный совет также отстранил от должностей 18 восставших членов комитета, включая Сурханга, Нойшара Туптена Тарпу и Шаингу, и предложил наказать их в соответствии с законом. 31 марта Далай-лама пересек «Линию Макмагона» и вошел в зону, контролируемую Индией, где сразу попросил у индийского правительства политического убежища. 19 декабря 1964 года Государственный совет издал указ об отстранении Далай-ламы XIV от должности главы и члена Подготовительного комитета Тибетского автономного района.
НОАК потребовалось более двух лет, чтобы освободить Тибет от мятежников. По указанию Центрального народного правительства Тибетский рабочий комитет КПК и Подготовительный комитет Тибетской автономной области приступили к демократическим реформам с целью полного уничтожения местного феодального крепостничества. Они свергли власть феодалов, освободили миллион крепостных и выделили им землю и скот. Тибетская теократия была упразднена. Между тем власть придерживалась политики мирных преобразований, покупая излишки земли и средств производства у лояльных к новой власти землевладельцев, чтобы сгладить оппозиционные настроения и облегчить внедрение реформ.
28 июня 1965 года Тибетский рабочий комитет КПК сообщил Центральному народному правительству, что 1 сентября планирует созвать Первый Тибетский региональный народный конгресс для избрания членов регионального народного комитета и утверждения создания Тибетской автономной области. План был утвержден Госсоветом 23 августа. Тибетский рабочий комитет КПК был переименован в Комитет Тибетского автономного района КПК. 30 августа состоялось последнее заседание Подготовительного комитета Тибетского автономного района, на котором был утвержден отчет о его работе. Подготовительный комитет выполнил свою историческую миссию.
