Первым городом, подвергшимся широкому погрому, была Тверь. Подступив к Твери, Иван велел опричникам обложить город, а сам остановился в одном из ближних монастырей. Три дня опричники грабили архиепископский двор, церкви и монастыри. Затем разбой и насилия внезапно прекратились, и следующие два дня прошли спокойно. Тверичи уже было вздохнули с облегчением, думая, что гроза миновала. Но на шестой день опричники вновь бросились в город и принялись громить посад — врывались в дома, ломали утварь, высекали двери, ворота, сжигали амбары с товарами… В Твери содержались две-три сотни литовских пленников, захваченных в Полоцке в 1563 году. В глазах царя они представляли силу, на которую могли опереться заговорщики, так как только часть литовцев сидела в тюрьмах, а значительное их количество было размещено в домах тверичей. Иван распорядился умертвить всех пленников. Из тверичей пострадали те, «которые породнились и сдружились с иноземцами», — несколько десятков человек. Опричники притащили их на берег Волги, рассекли на части и спустили останки под лед.
Из Твери царь направился в Торжок, где повторилось то же самое. Жертвами казней здесь стали в основном ссыльные псковичи с женами и детьми, числом 30 человек, около 200 литовских пленников и 15 пленных крымских татар. Последние едва не положили конец истории царствования благоверного царя Ивана Васильевича. Пленные татары были знатными мурзами, поэтому им оставили кое-какое холодное оружие, главным образом длинные ножи. Когда царь в сопровождении Малюты Скуратова и небольшого отряда опричников зашел во двор, где содержались татары, чтобы убить их, мурзы в отчаянии бросились на своих убийц. В короткой рукопашной схватке Малюта получил тяжелое ранение, двое опричников были убиты; один татарин бросился с ножом на самого Ивана, но был зарублен царской охраной. Видя, что татары намереваются дорого продать жизнь, Грозный вызвал стрельцов, и они расстреляли пленников из пищалей. Открытое сопротивление опричникам в Торжке — один из немногих известных нам случаев подобного рода. Еще с двумя стычками местного населения с опричниками на севере читатель уже знаком по вышеприведенному рассказу Штадена — и это, пожалуй, все. Присутствие царя оказывало на русских людей парализующее действие.
Далее путь Ивана на Новгород пролегал через Вышний Волочок, Валдай, Яжелбицы. Здесь царь не задержался, так что эти населенные пункты не пострадали. Передовые опричные отряды добрались до Новгорода 2 января. Они окружили город крепкими заставами, дабы «ни един человек из града не убежал». Затем, видимо выполняя приказ царя, опричники опечатали казну городских и окрестных монастырей и приходов, арестовали несколько сот игуменов, соборных старцев и священников и передали приставам с приказом содержать их «во узах железных».
6 января, под вечер, к Новгороду подошел Иван с остальным опричным войском и встал лагерем на Городище. По его приказу арестованных духовных поставили на правеж, вымучивая у них по 20 рублей с каждого (летописец сообщает, что их забили «палицами насмерть», но, вероятно, это относится к нескольким лицам, которые не выдержали побоев; большинство этих несчастных таскали на правеж еще и год спустя).
Через два дня, в воскресенье, Иван дал знать, что приедет в Софийский собор слушать обедню. Архиепископ Пимен с духовенством и народом вышел встречать царя на волховский мост. Здесь Грозный принародно наложил на святителя опалу. Отвергнув благословение Пимена и не приложившись к кресту из его рук, царь сказал:
— Ты, злочестивец, в руке держишь не крест животворящий, а вместо креста оружие. Ты со своими злыми соумышленниками, жителями сего города, хочешь этим оружием уязвить наше царское сердце. Вы хотите отчину нашей царской державы Великий Новгород отдать иноплеменнику, польскому королю Жигимонту-Августу. С этих пор ты уже не назовешься пастырем и сопре- стольником святой Софии, а назовешься ты волк, хищник, губитель, изменник нашему царскому венцу!
Слова царя вызвали всеобщее замешательство. Но Иван прекратил беспорядок, приказав архиепископу служить обедню. По окончании литургии Пимен, по обычаю, пригласил царя в архиепископские палаты «хлеба ясти». Иван с опричниками прошел в трапезную. Едва сев и отведав угощения, царь вдруг возопил «гласом великим и с яростию»:
— Гойда!
Это был условный знак опричникам к расправе («гойда» по-татарски значит «ну же», «ну», то есть побуждение к действию; в русский язык это слово впоследствии вошло как «айда»), Пимена схватили; опричники бросились грабить архиепископский двор и казну. Дворецкий Салтыков, царский духовник Евстафий и опричные бояре отправились в Софийский собор, завладели ризницей и выломали древние Корсунские ворота. Это было вторичное изъятие у Новгорода «казны старых епископов» (первый раз конфискацию новгородских церковных сокровищ произвел Иван III, но позже Василий III вернул их новгородцам). Затем опричники стали забирать опечатанную ранее монастырскую и церковную казну. Иван тем временем уехал в Городище.