Однако существовали и иные версии произошедшего, записанные современниками по горячим следам. Князь Андрей Курбский писал: «…Некоторые говорят, что по повелению царя Митрополит был удавлен в том монастыре одним лютым и бесчеловечным кромешником (опричником. —
Так или иначе, большинство источников свидетельствуют, что святитель Филипп, нестарый еще человек, умер насильственной смертью, как мученик.
Иноки вырыли могилу и погребли святителя за алтарем.
В первый год по смерти Ивана Грозного гроб с телом Филиппа был перевезен на Соловки, где какой-то безвестный монах написал его «Житие». В 1652 году царь Алексей Михайлович, по совету патриарха Никона, решил искупить грех своего державного предшественника. Соборным решением Филипп был причтен к лику святых, а его открытые мощи были поставлены в кремлевском Успенском соборе, в память правителям о высшей правде и Божьем суде.
С низложением и смертью Филиппа умолк единственный голос в Русской Церкви, протестовавший против опричнины. В течение последующей жизни Грозного на московской кафедре сменилось три митрополита — Кирилл, Антоний и Дионисий; все они молча попустительствовали беззакониям царя.
Сломив сопротивление Церкви и боярской думы, Грозный развязал себе руки. Над страной поднимался кровавый вал опричного террора, в котором суждено было захлебнуться и самим палачам.
Разгром заговора Федорова не принес успокоения Ивану. В 1568 году произошло одно внешнеполитическое событие, которое усилило царскую подозрительность.
Дело касалось Швеции, где царствовал полубезумный Эрик XIV. Шведская знать была недовольна им, и Эрик, чтобы удержать за собой престол, казнил около сотни дворян и епископов и заточил в тюрьму своего брата Юхана, герцога Финляндского. Вслед за тем, не чувствуя достаточных сил, чтобы удерживать Ревель от покушений Дании и Польши, король предложил царю заключить союзный договор. Иван ответил согласием, но поставил весьма странное условие. Юхан был женат на сестре Сигизмунда, Екатерине, к которой безуспешно сватался Грозный перед тем, как взять в жены Марию Темрюковну; и вот теперь царь потребовал, чтобы Эрик выдал ему Екатерину, обещая взамен уступить Швеции Эстонию на вечные времена. Трудно сказать, чем руководствовался царь, делая столь необычное и даже позорное предложение; возможно, им владело желание унизить Сигизмунда, за которым числилось немало грехов: польский король не признавал царского титула Ивана и его наследственных прав на Ливонию и, кроме того, отказался выдать Курбского. Но вероятнее, что Иван хотел иметь заложницу, чтобы пресечь попытки Сигизмунда оказать военную помощь Ливонии.