Насколько правдоподобны возведенные на новгородцев, псковичей и тверичей обвинения в измене? Показания привлеченных к делу лиц в основном сводятся к признанию в намерении «предаться» польскому королю. На это обыкновенно возражают, что подследственные оговорили себя под пытками. Но ведь пытки были тогда неизменной и всеми признанной частью судопроизводства, в необходимости которой не сомневались и сами истязуемые. Следуя логике указанного возражения, легко можно прийти к выводу, что вплоть до 1801 года, то есть до отмены в России пыток, российские суды отправляли на плаху и виселицу сплошь кристально чистых людей, оговоривших себя на следствии. Не следует забывать, что моральная готовность людей XVI века к пыткам в совокупности с глубокой религиозностью (подтверждением ложного обвинения можно было погубить душу — ничего более страшного люди Средневековья не могли себе представить) позволяли им с большой стойкостью переносить мучения. Сочинения того времени пестрят сообщениями о несгибаемом мужестве многих жертв опричного террора. Чего стоит один рассказ о некоем оклеветанном боярине, который был посажен на кол: он умирал в страшных муках целые сутки и при этом все время твердил: «Господи, помилуй царя!» Подобные примеры, повторяю, можно приводить десятками. Таким образом, сам по себе довод о применении пыток не может подорвать выводы следствия.
Некоторые историки усматривают абсурдный характер «изменного дела» в том, что оно строится на двух вроде бы взаимоисключающих обвинениях: намерении заговорщиков возвести на престол князя Старицкого и в то же время перейти под власть польского короля. Но противоречие здесь только кажущееся. Ранее мы видели, что Сигизмунд предлагал князю Михаилу Воротынскому стать русским государем на условиях вассального подчинения польской короне.
Главное подозрение в изменнических сношениях с Литвой пало на архиепископа Пимена, духовные власти и именитых людей Твери, Новгорода и Пскова. Антимосковские настроения в этих областях действительно были довольно сильны, отъезды в Литву, как мы знаем, вполне обычны. От того времени до нас дошло 23 «проклятые грамоты» — обещания бояр не «искать» себе другого государя, кроме московского; эти несостоявшиеся отъездчики — сплошь виднейшие люди государства. Не следует также забывать, что в Смутное время Новгород без единого выстрела открыл ворота шведам и признал над собой власть шведского королевича Филиппа. То, что нам известно о нравственных качествах архиепископа Пимена, не позволяет подозревать у него развитое чувство патриотизма. Современники единогласно говорят о нем как о низком угоднике и политическом интригане; именно под его руководством на соборе 1368 года по ложным обвинениям был осужден митрополит Филипп. О человеке, который обвинил святого в «порочной жизни» и волшебстве, вряд ли можно утверждать, что он с порога отмел польские предложения; очевидно, что Пимен должен был прежде всего рассмотреть их с точки зрения собственной выгоды. Имеется сообщение, что он признал подлинность своей подписи под обнаруженной в Новгороде «изменнической грамотой» к властям Речи Посполитой. Во всяком случае, для Ивана вина Пимена была несомненна; только этой убежденностью царя можно объяснить тотальное ограбление духовенства: по понятиям того времени, монахи и священники являлись как бы «холопами» возглавлявшего епархию иерарха и несли ответственность за его действия.