На следующий день португальцы потребовали у заморина выплатить огромную дань и подписать унизительный договор, навязывавший ему положение раба Мануэла. Властитель не имел денег, не желал терять независимости. Два дня он тянул с ответом. На третьи сутки адмирал вновь обстрелял город, спустил вечером в воду изуродованных заложников с отрубленными руками, отрезанными носами и ушами. Обливаясь кровью, часть несчастных индийцев добралась до земли. Трупы утонувших туземцев волны рассеяли по гавани. Ограбив и спалив захваченные корабли, да Гама поплыл за пряностями в Кочин. Его дядя Висенте Судре с семью каравеллами блокировал Калькутту, уничтожал арабские и местные суда. Красивый город с резными пагодами превратился в груду развалин, пожары уничтожили деревянные дома. Люди онемели от горя. Заморин бежал из разрушенного дворца в Поннани, копил силы для борьбы с португальцами. Мелкие князья поддерживали его.
В Кочине Васко отпраздновал победу, заложил крепость, закупил недостающие пряности и благовония. Правитель города одобрил его начинания, обещал дать армию и корабли для войны с Калькуттой. Союзники думали, будто после бомбардировки города заморин не оправится от поражения, побоится воевать с моряками. Они ошиблись. Властитель пострадавшего, но не покоренного города готовился к сражениям. Арабские купцы помогали ему. Пока адмирал веселился в Кочине и думал о том, как перевезти слонов в Лиссабон, моплахи собрали десятки судов и присоединили к индийской флотилии. Получилась внушительная армада в полторы сотни разнотонных кораблей с примитивным оружием. Морские сражения с Васко да Гамой и Жуаном да Новой показали туземным командирам, что, увидев каравеллы, основная масса суденышек разбежится в стороны, но заморин надеялся на победу.
Висенте Судре снял блокаду Калькутты, ушел на запад грабить возвращавшихся из Мекки паломников. Васко да Гама собрался вернуться за слонами в Каннанур. Узнав о его намерении, индийцы с арабами вышли из гавани. Неподалеку от Калькутты 12 февраля 1503 года флот заморина встретился с адмиралом. Имея колоссальное численное превосходство, туземцы уступали европейцам в оснащении и маневренности судов. Это определило исход сражения. Пушки каравелл разгромили индийцев, тяжелые парусники раздавили легкие восточные джонки. Сея панику, баркасы обратились в бегство. Арабы не выдержали натиска португальцев, поплыли догонять союзников. Васко хотел второй раз зайти в Калькутту, полностью уничтожить город, но капитаны уговорили его не рисковать грузом, плыть на родину. Адмирал согласился вернуться в Лиссабон.
Когда Васко покинул Малабарское побережье, заморин надумал напасть на вышедший из повиновения Кочин, вырезать христианский гарнизон крепости, но подплыть к городу не мог из-за семи кораблей Судре, топивших арабские суда. Это определило характер похода. Заморин собрал пятьдесят тысяч воинов, подошел сушей к непокорному Кочину, потребовал выдать неверных, пообещал за это заключить с раджей союз против португальцев. Тот посчитал, будто ему выгоднее опереться на моряков. На подступах к городу завязались ожесточенные сражения. На помощь заморину вдоль берега двигалась многочисленная флотилия, грозившая потеснить каравеллы, запереть Кочин с моря. Не обладавший смелостью племянника, Судре предпочел уклониться от боя, сбежать в Аденский залив Красного моря, чтобы без риска нападать на арабские корабли. Полсотни португальских солдат оказались запертыми в крепости перед наступавшей калькуттской армией. Раджа терпел одно поражение за другим. Бои шли на окраинах города, европейцы принимали в них участие, но не могли сдержать напора индийцев. Флотилия соседей приближалась к гавани. В последний момент раджа с войском и уцелевшими португальцами бросил Кочин на произвол судьбы, удалился на остров в океане. Его богатства, фактория с товарами да Гамы, тысячи пленных горожан достались заморину. Властитель Калькутты пересчитал добычу, начал тщательно готовить вторжение на остров, чтобы казнить раджу и неверных.
Господь наказал за предательство дядю адмирала. В Баб-эль-Мандебском проливе эскадра попала в бурю. Висенте Судре утонул вместе с флагманом. Выполняя приказ Васко да Гамы, обезглавленная флотилия решила вернуться в Кочин, курсировать у берегов, пресекать торговлю моплахов. Моряки починили корабли, поплыли на восток. Сильные встречные ветры задержали их у Лаккадивских островов. Новость о подходе каравелл опередила португальцев. Не дожидаясь возвращения эскадры, заморин покинул захваченный город, отменил план высадки на острове.
У Локкадивских островов флотилия погибшего Судре встретила новую португальскую эскадру из Лиссабона. В ее составе плыл капитан Аффонсу де Албукерки, коему будет суждено завершить формирование колониальных владений Португалии в Индии. Сводная эскадра достигла Кочина, спасла раджу и солдат от гибели. Они вернулись в разоренный город, заново отстроили крепость.
Корабли Васко да Гамы пересекли Индийский океан, собрали золото на восточном берегу Африки, вернулись в столицу 11 октября 1503 года.
