Он пишет о первом разе, когда переспал с ней:
Каким-то образом Сара узнала об этом. Любовники едва ли вели себя осмотрительно, казалось, что они почти добивались разоблачения. Положение Анны стало безвыходным: незамужняя, без друзей, без живых родственников, без средств, она сдалась на милость Сары Лиддли. Презираемой жене нечего было предложить. На этот раз Джону не оставили выбора: если он не уволит любовницу сразу, то потеряет жену, детей, репутацию и карьеру. Трудно сказать, что из этого имело для него наибольший вес. Конечно, из его дневника ясно, что он страстно любил своих дочерей.
Неохотно, со слезами на глазах, он позвал Анну в свой кабинет, вложил ей в руку деньги и поцеловал на прощание. Она уныло отправилась в Лондон, прижимая к себе маленький саквояж с жалкими немногочисленными вещами и лист бумаги с именами людей, знакомых ее любовнику, людей, которые, по его словам, могли бы оказать ей помощь. Это случилось в июле 1846 года.
Дневник молчит о том, что происходило в следующие несколько месяцев. В нем нет никаких записей. Не сохранилось и писем, в которых бы рассказывалось или упоминалось о событиях того периода. Дневник возобновляется в конце сентября гневной, испуганной записью, в которой Лиддли сообщает, что заразился сифилисом. О его недоумении свидетельствует почти бессвязность записей на протяжении следующей недели или около того. Он знает, что не мог заразиться от своей жены. Но ему еще труднее принять неприятную правду, что его заразила Анна, это скромное, почти святое создание, которое он так боготворил и ради которого так рисковал.
Заметное ухудшение психического состояния Лиддли происходит буквально в считанные месяцы, что подробно зафиксировано на страницах его дневника. Его страдания от потери Анны, горечь и растерянность из-за ее очевидной неверности, ненависть к жене и растущая холодность по отношению к детям — все это вместе взятое пошатнуло его рассудок. В переписке того периода, один или два экземпляра которой сохранились, он превосходит все прежние границы в своем стремлении подняться над обыденностью, найти в попрании моральных правил путь к истине.
Однако в этот момент в его философствование врывается роковой поворот. Кажется, что он в каком-то смысле начал думать об Анне как о фокусе, линзе, через которую он мог более ясно видеть картину космоса. Однажды он приводит цитату из поддельного розенкрацевского памфлета начала XVII века «
Теперь, видя, что источник его вдохновения загрязнен, а сам он испорчен телесно и душевно, он начал воспринимать знания и мудрость как атрибуты зла.
Эти чувства усугубились в начале января следующего года, когда, к его ужасу, Анна Сарфатти появилась на пороге его дома, замерзшая, голодная, почти мертвая и очень близкая к своему сроку. Сара не позволила ей войти в дом. Вопреки ее протестам, вопреки собственному чувству отвращения, Лиддли отвел свою любовницу в какую-то пристройку, где долго и мучительно ухаживал за ней, чтобы в конце концов ее потерять.
Она родила ребенка, мальчика, которого, по настоянию Сары, отвезли в местный дом для подкидышей. Лиддли назвал его Джоном, в честь себя. Позже, по рекомендации Лиддли, его усыновила бездетная пара, дружившая с его родителями, по фамилии Де ла Мере. Они жили недалеко от Лиддли — Петитойе — в Спиталфилде.