С приходом Советской власти Мария получила телеграмму с требованием расформировать батальон, что она и сделала. После Бочкарева отправилась в Петроград, где прямо на вокзале была арестована и от-везена в Смольный. У нее отобрали документы, шашку, наган и на семь дней посадили в Петропавловскую крепость. Затем снова привезли в Смольный и предложили поступить на службу Советской власти. Она отказалась, сказав, что слишком измучена войной и в гражданской войне принимать участия не желает. Бочкареву снабдили деньгами и отправили на родину, в Томск.
Все это случилось уже после свержения Керенского, которому Мария была предана абсолютно. Она была убеждена, что Советская власть потворствует немцам и намеревается посадить на престол Вильгельма. Большевики были для нее врагами.
По возвращении домой в Томск Мария стала жить с отцом и матерью. Все свое время она проводила в хлопотах по дому и не помышляла более о ратных делах.
Неожиданно в 1918 году у нее открылась старая рана на ноге. Необходимо. бы-ло ехать в Москву на лечение. Но прямо на станции ее опять арестовали и посадили на гауптвахту, оттуда Бочкарева была переведена в Бутырскую тюрьму. Там ее продержали два месяца. Почти все это время она провела в тюремной больнице, мучаясь болями в ноге.
Домой Мария вернулась к Великому посту. Боль в ноге все чаще и чаще давала о себе знать. Кроме того, женщина очутилась в бедственном финансовом положении. Чтобы как-то исправить ситуацию, Бочкарева вместе с 15-летней сестрой отправляется во Владивосток Там она обращается за помощью к американскому консулу: ей нужны деньги и возможность уехать с сестрой в Америку. А вскоре она уже плыла на пароходе «Буква Ш» в Америку на лечение. В Сан-Франциско Марии была устроена пышная встреча. В ее честь местные женщины дали обед. После гостеприимного Сан-Франциско она отправилась в Нью-Йорк. Там Бочкаревой удалось пристроить на учебу сестру. Сама же Мария отправилась в Вашингтон, где легла в госпиталь.
Америка принимала ее тепло. Президент Вильсон пригласил ее как первую женщину-офицера на обед. Им даже удалось немного поговорить. Вильсона очень интересовала политическая ситуация в России, но Мария, чувствуя, что сама до конца не разобралась в этой ситуации, ответила уклончиво.
Закончив лечение, Бочкарева направляется в Лондон. Там она попадает под покровительство богатой суфражистки мисс Панкхерст. Эта женщина не только обеспечила ей финансовую поддержку, но и устроила свидание с военным министром Англии. Уже через него Бочкарева добивается пятиминутной аудиенции у короля. На ветре-чу Мария явилась при параде: офицерская форма, полный комплект наград. Король встретил ее радушно и сказал, что очень рад видеть вторую Жанну д’Арк За несколько минут их беседы королю удалось убедить Марию в том, что ей просто необходимо участвовать в гражданской войне — это ее долг как офицера. Единственное, что она сказала: «Сттушаюсь!»
Секретарь короля обеспечил ей каюту на пароходе, направляющемся в Архангельск, кроме того, к ней адъютантом был приставлен русский офицер Филипов.
По прибытии Мария направилась к командующему Архангельским фронтом генералу Мурашевскому. Разговор получился трудным. Бочкарева категорически отказалась возглавить формирование мужского отряда, да и вообще она не собиралась принимать участия в гражданской войне. Результатом отказа стал арест. И только благодаря хлопотам адъютанта и ходатайству генерала Пуля она отделалась легким испугом: ее посадили под домашний арест сроком на 7 дней. На дворе стоял сентябрь 1918 года.
Накануне Нового года Бочкареву ставят в известность, что в ее услугах больше не нуждаются и ей надлежит снять военную форму и погоны. Мария посчитала такое требование сверхоскорбительным и сказала об этом генерал-губернатору Архангельска Миллеру. Она рассказала о том, что отказалась выполнить приказ Мурашевского лишь потому, что считает себя инвалидом, а поэтому не следует искать в ее действиях следов измены. Миллер отказался ей помочь. Тогда она обратилась к заместителю генерала Пуля — английскому генералу. Он оказался более человечным. Уже через несколько дней в газете появился приказ, разрешающий поручику Бочкаревой носить форму, погоны и числиться в резерве чинов с окладом 750 рублей в месяц.
В июле 1919 года Мария узнала, что формируется экспедиция в Сибирь. В задачу экспедиции входило доставить оружие и обмундирование для армии Колчака. Возглавлял операцию офицер Савицкий. Мария добилась разрешения отправиться вместе с экспедицией на родину.
10 августа 1919 года 8 кораблей отчалили от архангельской пристани. Путь предстоял долгий и нелегкий. Домой Мария добралась только через несколько месяцев. Там она обнаружила совершенно обнищавших родителей. Те породили в ее душе первые зернышки сомнения в правоте белого движения. Немного поразмыслив, Бочкарева направилась в Омск к генералу Колчаку просить отставку.
